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万見
- PDB-5l57: Crystal structure of Iso-citrate Dehydrogenase R132H in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l57
タイトルCrystal structure of Iso-citrate Dehydrogenase R132H in complex with a novel inhibitor (compound 13a)
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
キーワードOXIDOREDUCTASE / R132H / Iso-citrate Dehydrogenase / Allosteric
機能・相同性
機能・相同性情報


Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / NAD binding / peroxisome / tertiary granule lumen / NADP binding / response to oxidative stress / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6N3 / Chem-NDP / Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.695 Å
データ登録者Levy, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery and Optimization of Allosteric Inhibitors of Mutant Isocitrate Dehydrogenase 1 (R132H IDH1) Displaying Activity in Human Acute Myeloid Leukemia Cells.
著者: Jones, S. / Ahmet, J. / Ayton, K. / Ball, M. / Cockerill, M. / Fairweather, E. / Hamilton, N. / Harper, P. / Hitchin, J. / Jordan, A. / Levy, C. / Lopez, R. / McKenzie, E. / Packer, M. / ...著者: Jones, S. / Ahmet, J. / Ayton, K. / Ball, M. / Cockerill, M. / Fairweather, E. / Hamilton, N. / Harper, P. / Hitchin, J. / Jordan, A. / Levy, C. / Lopez, R. / McKenzie, E. / Packer, M. / Plant, D. / Simpson, I. / Simpson, P. / Sinclair, I. / Somervaille, T.C. / Small, H. / Spencer, G.J. / Thomson, G. / Tonge, M. / Waddell, I. / Walsh, J. / Waszkowycz, B. / Wigglesworth, M. / Wiseman, D.H. / Ogilvie, D.
履歴
登録2016年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6413
ポリマ－46,4121
非ポリマー1,2292
水34219
1
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2826
ポリマ－92,8242
非ポリマー2,4584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_557y,x,-z+21
Buried area8080 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area33730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.866, 72.866, 182.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 46411.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 (DE3) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-6N3 / (1~{R},5~{S})-3-[6-(3-methylbutoxy)-5-[[(1~{R},3~{S})-5-oxidanyl-2-adamantyl]carbamoyl]pyridin-2-yl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxylic acid


分子量: 483.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H37N3O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.12M Ethylene Glycols, 0.1M Bicine pH 8.5, 50% (40% v/v PEG 500 MME, 20% w/v PEG 20K) [Morpheus A9] 200 plus 200nl drops (Mosquito)
Temp details: Cold Room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.695→46.72 Å / Num. obs: 14266 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07166 / Net I/σ(I): 27.39
反射 シェル解像度: 2.695→2.791 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5252 / Mean I/σ(I) obs: 4.65 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Inhouse

解像度: 2.695→46.72 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 27.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2557 1415 9.92 %
Rwork0.214 --
obs0.218 14260 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.695→46.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3187 0 83 19 3289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6024559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1481988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6951-2.79140.40121360.30181232X-RAY DIFFRACTION99
2.7914-2.90310.36951360.2691240X-RAY DIFFRACTION99
2.9031-3.03520.36051410.26941272X-RAY DIFFRACTION100
3.0352-3.19520.31771380.26151244X-RAY DIFFRACTION100
3.1952-3.39540.30881390.25671271X-RAY DIFFRACTION100
3.3954-3.65740.2941410.23421272X-RAY DIFFRACTION100
3.6574-4.02530.23321390.20151280X-RAY DIFFRACTION100
4.0253-4.60730.20031430.16821293X-RAY DIFFRACTION100
4.6073-5.8030.20521450.17971319X-RAY DIFFRACTION100
5.803-46.72660.2291570.20551422X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5196-0.28120.5481.66250.01471.9658-0.06790.13860.0685-0.16420.0699-0.0567-0.27050.14350.02640.4394-0.01050.04080.38340.01340.35413.058841.4438189.9679
20.2989-0.1266-0.38320.2413-0.26081.3758-0.057-0.16910.1801-0.09440.0523-0.0428-0.18550.16510.03230.4641-0.0050.07260.5308-0.0840.623532.019734.9304189.4707
34.2131.14361.53592.23561.16123.74-0.3490.0263-0.25840.150.3456-0.39740.06970.87180.06760.47190.1491-0.02060.5838-0.0110.464620.425823.5206196.1774
41.60480.6280.44041.8521-0.19891.8112-0.07680.17930.131-0.21050.11510.11790.25820.0764-0.05550.3440.04830.04770.36160.0090.3284-5.752330.5898190.5805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 132 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 133 through 222 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 223 through 287 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 288 through 414 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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