PDB-5l4x: Crystal structure of FimH lectin domain in complex with 4-Deoxy-H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l4x

タイトル

Crystal structure of FimH lectin domain in complex with 4-Deoxy-Heptylmannoside

要素

Protein FimH

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / FimH / Type 1 pilus / urinary tract infection / UTI / carbohydrate / lectin / mannose / cell adhesion

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Zihlmann, P. / Rabbani, S. / Maier, T. / Ernst, B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: High-Affinity Carbohydrate-Lectin Interactions: How Nature Makes it Possible
著者: Zihlmann, P. / Jiang, X. / Sager, C.P. / Fiege, B. / Jakob, R.P. / Siegrist, S. / Zalewski, A. / Rabbani, S. / Eris, D. / Silbermann, M. / Pang, L. / Muhlethaler, T. / Sharpe, T. / Maier, T. / Ernst, B.

履歴

登録	2016年5月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l4x.cif.gz	191.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l4x.ent.gz	155.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l4x_validation.pdf.gz	649.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l4x_full_validation.pdf.gz	649.4 KB	表示
XML形式データ	5l4x_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	5l4x_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/5l4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/5l4x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l4tC 5l4uC 5l4vC 5l4wC 5l4yC 4xo8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l4v-2 4avj-1 5l4y-1 4lov-d 5l4w-3 5fwr-4 5l4t-1 4buq-1 6gty-3 5l4t-2 6gtw-2 5l4v-1 4avi-1 4av0-2 5f3f-d 7ayn-3 5abz-2 5fwr-1 4avj-2 1uwf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein FimH

B: Protein FimH

ヘテロ分子

34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.079, 68.380, 95.629
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein FimH 分子量: 16916.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / プラスミド: pTRC99a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08191
#2: 糖	ChemComp-6KU / heptyl 4-deoxy-4-deoxy-alpha-D-mannopyranoside / 4-Deoxy-Heptylmannoside / heptyl 4-deoxy-4-deoxy-alpha-D-mannoside / heptyl 4-deoxy-4-deoxy-D-mannoside / heptyl 4-deoxy-4-deoxy-mannoside タイプ: D-saccharide / 分子量: 262.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₆O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Hepes pH 7 and 25-30% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→32.194 Å / Num. obs: 60681 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.98 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1938	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XO8

4xo8

解像度: 1.9→32.194 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.29

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2045	2976	4.9 %
R_work	0.1768	-	-
obs	0.1781	60681	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.194 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2392	0	36	391	2819

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2490
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.092	3420
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.517	872
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	402
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	438

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9001-1.9312	0.2819	142	0.2656	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9312-1.9645	0.2575	123	0.2421	2780	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9645-2.0002	0.2551	145	0.2283	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0002-2.0387	0.1943	141	0.2273	2787	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0387-2.0803	0.2202	131	0.2015	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0803-2.1255	0.2706	141	0.1925	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1255-2.175	0.2302	153	0.1843	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.175-2.2293	0.1874	128	0.1757	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2293-2.2896	0.2155	140	0.174	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2896-2.357	0.2082	162	0.1665	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.357-2.433	0.2362	133	0.1614	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.433-2.5199	0.1665	146	0.1617	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5199-2.6208	0.2003	150	0.1655	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6208-2.74	0.1822	146	0.1648	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.8844	0.2023	124	0.1746	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8844-3.065	0.2333	160	0.1683	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.065-3.3014	0.2326	143	0.1768	2742	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3014-3.6332	0.1728	142	0.1647	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6332-4.158	0.2054	133	0.1535	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
4.158-5.235	0.159	128	0.1468	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
5.235-32.1987	0.185	165	0.1977	2724	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.57	0.2687	0.9803	0.4638	0.309	1.6364	0.0406	0.0135	0.0787	0.0229	0.0128	0.0034	-0.4206	0.0445	-0.0623	0.2159	-0.0442	0.0049	0.1403	0.005	0.1925	-15.3913	-0.6451	10.595
2	0.403	0.1772	0.6112	0.7346	-1.1571	3.5997	-0.0114	0.0456	-0.0388	0.0403	0.0951	-0.0112	0.0716	-0.0879	-0.0844	0.1728	-0.0142	-0.0084	0.1513	-0.0091	0.1495	-20.0274	-7.691	4.6218
3	1.045	-0.7358	0.9376	1.5448	-1.4327	2.6697	0.1692	0.0277	-0.0703	-0.0667	0.1251	0.1725	0.4096	-0.3315	-0.2452	0.1965	-0.0301	-0.0151	0.1676	0.0309	0.1816	-24.9935	-13.0522	7.4828
4	0.4583	0.1545	0.461	0.5156	-0.0222	3.2841	0.0258	0.01	-0.0086	-0.0166	0.0344	-0.0147	0.0453	0.1281	-0.0808	0.1463	-0.0203	0.0085	0.1461	0.0099	0.1507	-16.1358	-6.1791	9.3922
5	2.558	0.1552	-0.265	2.5334	-1.9263	4.7957	-0.0536	-0.0825	-0.2828	-0.1019	-0.0269	0.0874	0.5139	-0.2587	0.0181	0.1764	-0.0268	-0.0119	0.1912	-0.0192	0.1838	-47.2658	0.3105	3.0924
6	0.444	-0.0421	-0.7754	0.6759	-0.6834	2.0878	0.1085	-0.0004	-0.0639	0.0431	-0.0101	0.0059	0.3168	0.063	0.0153	0.1878	-0.0456	0.0027	0.1808	-0.0168	0.2116	-47.2438	0.9391	23.9072
7	0.1398	-0.0242	-0.5943	0.2664	0.4194	3.0011	0.0077	0.0245	-0.081	0.0611	0.0253	-0.0987	0.2032	-0.1137	-0.0562	0.1589	-0.0056	-0.0093	0.1808	0.0047	0.1788	-38.7492	1.3581	6.0045
8	3.0375	-0.4482	-4.2584	1.0744	0.7638	6.7812	0.3109	0.3396	0.303	-0.042	0.0985	-0.1272	-0.5092	-0.3677	-0.2771	0.1716	-0.0028	0.0072	0.2149	-0.0012	0.1739	-42.4327	12.5179	9.8809
9	1.3913	1.0419	-1.1219	0.8106	-0.6676	4.2393	0.2011	-0.2363	0.072	0.0828	-0.0366	-0.1314	-0.0214	0.0744	-0.0469	0.1885	-0.019	-0.0029	0.1263	-0.0095	0.1612	-43.5621	10.4831	24.2643
10	0.8674	-0.8603	-0.9817	1.5497	1.8526	2.3828	0.1091	-0.0554	0.0118	-0.3217	0.1401	-0.1741	-0.3563	0.393	-0.1636	0.2223	-0.0417	0.0285	0.2161	-0.0277	0.223	-35.9856	12.8979	12.8514
11	0.5331	-0.7229	-1.6969	0.9699	2.2783	5.4526	-0.0493	0.0041	-0.146	-0.0709	-0.1434	-0.0039	0.4798	0.2114	-0.0826	0.1703	0.0168	0.0058	0.1701	0.0046	0.2273	-36.3289	-0.134	3.5544
12	0.9772	0.4052	-0.1377	1.1578	0.2951	2.1085	0.2056	-0.2299	0.1308	0.2123	-0.0967	0.0541	0.1094	0.0991	-0.0388	0.1878	-0.0135	0.001	0.1715	0.0149	0.1872	-47.1004	6.5975	28.8521
13	2.1813	0.5283	-3.5694	0.7512	-0.4734	6.9756	0.2659	-0.0698	-0.0114	0.0024	-0.1674	-0.1179	-0.7136	0.2617	-0.1757	0.1523	-0.0285	0.0123	0.1629	-0.007	0.1648	-44.8309	10.5266	8.5226
14	0.1424	0.1868	-0.1963	0.8088	-0.1701	1.7193	0.0493	0.0305	0.0193	-0.0713	0.0315	0.0019	0.0445	-0.1256	-0.0721	0.1246	0.023	-0.0105	0.1673	0.0006	0.1686	-47.0532	6.5832	12.3907

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 40 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 41 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 95 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 158 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 15 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 16 through 32 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 33 through 53 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 54 through 64 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 65 through 77 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 78 through 95 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 96 through 104 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 105 through 124 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 125 through 135 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 136 through 158 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)