ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.9_1692精密化 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3CW5 解像度: 2.799→35.167 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.12
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2265 | 624 | 4.8 % |
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Rwork | 0.1969 | - | - |
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obs | 0.1982 | 13004 | 99.08 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.799→35.167 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 1623 | 1 | 5 | 1629 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.005 | 1812 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.14 | 2823 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d15.405 | 883 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.052 | 375 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.007 | 76 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.7986-3.08 | 0.3589 | 159 | 0.3841 | 3004 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 3.08-3.5254 | 0.2418 | 144 | 0.2238 | 3052 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 3.5254-4.4402 | 0.2463 | 169 | 0.1986 | 3070 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.4402-35.1694 | 0.1956 | 152 | 0.1694 | 3254 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 7.1262 Å / Origin y: 17.3952 Å / Origin z: -17.5451 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.9419 Å2 | 0.0798 Å2 | 0.0298 Å2 | - | 0.5869 Å2 | 0.0741 Å2 | - | - | 0.7827 Å2 |
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L | 2.3437 °2 | 0.3424 °2 | -1.4025 °2 | - | 1.5002 °2 | 0.4743 °2 | - | - | 5.917 °2 |
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S | -0.0574 Å ° | 0.4583 Å ° | -0.1723 Å ° | -0.2576 Å ° | -0.2462 Å ° | -0.0979 Å ° | 0.6156 Å ° | 0.404 Å ° | 0.3049 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |
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