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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l44 | ||||||
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タイトル | Structure of K-26-DCP in complex with the K-26 tripeptide | ||||||
![]() | K-26 dipeptidyl carboxypeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / dipeptidyl carboxypeptidase / metalloprotease / K-26 tripeptide / angiotensin-1 converting enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Masuyer, G. / Acharya, K.R. / Kramer, G.J. / Bachmann, B.O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a peptidyl-dipeptidase K-26-DCP from Actinomycete in complex with its natural inhibitor. 著者: Masuyer, G. / Cozier, G.E. / Kramer, G.J. / Bachmann, B.O. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 295.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 235.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 55.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 76595.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 1036分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/K26.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/K26.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M sodium cacodylate, 20% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→33 Å / Num. obs: 128529 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 55.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB 1Y79 解像度: 1.75→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 2.6 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.122
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.319 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.75→33 Å
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拘束条件 |
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