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- PDB-5l3f: LSD1-CoREST1 in complex with polymyxin B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l3f
タイトルLSD1-CoREST1 in complex with polymyxin B
要素
  • Lysine-specific histone demethylase 1A
  • Polmyxin B
  • REST corepressor 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-REPRESSOR Complex / LSD1 / KDM1A / CoREST1 / chromatin / epigenetic
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation ...positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / MRF binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA repair complex / negative regulation of DNA binding / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of neuroblast proliferation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of stem cell proliferation / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase complex / histone demethylase activity / positive regulation of cell size / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cellular response to cAMP / transcription repressor complex / negative regulation of protein binding / erythrocyte differentiation / epigenetic regulation of gene expression / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / HDACs deacetylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / promoter-specific chromatin binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / transcription corepressor activity / cellular response to UV / p53 binding / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of protein localization / chromatin organization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / SANT domain profile. / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Lysine-specific histone demethylase 1A / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Paenibacillus polymyxa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Speranzini, V. / Rotili, D. / Ciossani, G. / Pilotto, S. / Forgione, M. / Lucidi, A. / Forneris, F. / Velankar, S. / Mai, A. / Mattevi, A.
資金援助 イタリア, 米国, 11件
組織認可番号国
AIRCIG-15208 イタリア
MIURProgetto Bandiera Epigenomica - EPIGEN イタリア
RF-2010-2318330 イタリア
Sapienza Award Project 2014 イタリア
IIT-Sapienza Project イタリア
AIRC-Fondazione CariploTRIDEO Id. 17515 イタリア
MIURPRIN 2012CTAYSY イタリア
EUFP7 Projects BLUEPRINT/282510
A-PARADDISE/602080
Giovanni Armenise-Harvard foundationCareer development award 2013 米国
MIURProgramma Giovani Ricercatori Rita Levi-Montalcini 2013 イタリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2016
タイトル: Polymyxins and quinazolines are LSD1/KDM1A inhibitors with unusual structural features.
著者: Speranzini, V. / Rotili, D. / Ciossani, G. / Pilotto, S. / Marrocco, B. / Forgione, M. / Lucidi, A. / Forneris, F. / Mehdipour, P. / Velankar, S. / Mai, A. / Mattevi, A.
履歴
登録2016年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1A
B: REST corepressor 1
C: Polmyxin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,5314
ポリマ－102,7463
非ポリマー7861
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area37720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.204, 178.998, 235.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2


分子量: 81279.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RP plus / 参照: UniProt: O60341, 酸化還元酵素
#2: タンパク質 REST corepressor 1 / Protein CoREST


分子量: 20244.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RCOR1, KIAA0071, RCOR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9UKL0
#3: タンパク質・ペプチド Polmyxin B


分子量: 1221.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paenibacillus polymyxa (バクテリア)
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.3 M Na/K Tartrate 100 mM ADA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→49.61 Å / Num. obs: 32150 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2v1d

2v1d


解像度: 3.5→49.227 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2097 637 1.98 %
Rwork0.1863 --
obs0.1868 32130 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.227 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6293 0 138 0 6431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2448905
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8762550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056998
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051146
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.77020.31681230.3116226X-RAY DIFFRACTION100
3.7702-4.14940.28871090.23586236X-RAY DIFFRACTION100
4.1494-4.74940.20211270.16176247X-RAY DIFFRACTION100
4.7494-5.98210.2011350.17556319X-RAY DIFFRACTION100
5.9821-49.23190.17751430.15766465X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.38030.2725-0.51350.987-0.39031.083-0.04820.00460.31970.0333-0.1037-0.4104-0.14130.5259-0.00020.9218-0.0854-0.22331.0370.12641.139815.3259-56.2275-16.9013
2-0.0254-1.18270.56980.6165-0.2446-0.30260.0041-0.10860.12140.05570.0238-0.1342-0.2296-0.10660.00011.39260.1297-0.28191.3520.38621.6735-25.2093-14.8207-57.3859
30.8512-0.08910.08511.9326-0.15261.4943-0.09850.35560.1117-0.3238-0.2273-0.09070.14650.0267-0.00040.99060.0255-0.02051.13420.11381.04422.8199-62.7888-33.0494
40.0172-0.00610.00650.0301-0.0177-0.00130.14220.0076-0.1460.31150.21220.6077-0.3883-0.25940.00041.994-0.2895-0.26782.33990.28672.1885-19.9535-36.4734-38.2005
50.21210.1170.10340.12760.01040.0614-0.0665-0.2271-0.63820.1410.0774-0.180.2164-0.4642-0.00041.77070.021-0.34121.64340.46081.8973-28.3735-26.9258-62.7824
60.0086-0.00210.00930.0435-0.00940.0122-0.28110.0949-0.2069-0.1592-0.1191-0.12410.0481-0.0441-0.0011.43930.1858-0.28571.940.52111.8104-29.70232.2187-76.822
70.0136-0.00040.0054-0.00240.01430.00110.1159-0.7892-0.07150.3061-0.2244-0.2778-0.16020.20770.00051.7975-0.2665-0.36241.8493-0.04791.7903-32.817525.9858-66.9311
80.02830.0084-0.06190.21810.09590.2472-0.176-0.9236-0.32561.1428-0.2118-0.52450.20020.6564-0.00081.89540.0252-0.31591.71630.12221.3847-46.615423.85-59.1447
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 171 through 371 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 372 through 513 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 514 through 836 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 308 through 329 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 330 through 362 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 363 through 370 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 371 through 384 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 385 through 440 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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