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- PDB-5l36: Crystal Structure of a human FasL mutant in complex with human DcR3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l36
タイトルCrystal Structure of a human FasL mutant in complex with human DcR3
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
キーワードAPOPTOSIS / FasL / CD95L / DcR3 / TNF ligand and receptor / decoy receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / inflammatory cell apoptotic process / release of sequestered calcium ion into cytosol by endoplasmic reticulum / cytoplasmic vesicle lumen / FasL/ CD95L signaling / retinal cell programmed cell death / TNFs bind their physiological receptors / intracellular chloride ion homeostasis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited ...positive regulation of phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / inflammatory cell apoptotic process / release of sequestered calcium ion into cytosol by endoplasmic reticulum / cytoplasmic vesicle lumen / FasL/ CD95L signaling / retinal cell programmed cell death / TNFs bind their physiological receptors / intracellular chloride ion homeostasis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / T cell apoptotic process / endosomal lumen acidification / necroptotic signaling pathway / response to growth factor / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / FOXO-mediated transcription of cell death genes / necroptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway / lysosomal lumen / negative regulation of angiogenesis / cytokine activity / apoptotic signaling pathway / caveola / cellular response to type II interferon / cell-cell signaling / positive regulation of neuron apoptotic process / signaling receptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of apoptotic process / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6 / Tumor necrosis factor receptor 6B, N-terminal / : / Tumour necrosis factor / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family ...Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6 / Tumor necrosis factor receptor 6B, N-terminal / : / Tumour necrosis factor / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Liu, W. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094662 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094665 米国
Albert Einstein Cancer CenterP30CA013330 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Complex of Human FasL and Its Decoy Receptor DcR3.
著者: Liu, W. / Ramagopal, U. / Cheng, H. / Bonanno, J.B. / Toro, R. / Bhosle, R. / Zhan, C. / Almo, S.C.
履歴
登録2016年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5163
ポリマ－36,4932
非ポリマー231
水543
1
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
ヘテロ分子

B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
ヘテロ分子

B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5499
ポリマ－109,4806
非ポリマー693
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area11500 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area41860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.267, 127.267, 206.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B / Decoy receptor 3 / DcR3 / Decoy receptor for Fas ligand / M68


分子量: 19044.217 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-195 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF6B, DCR3, TR6, UNQ186/PRO212 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: O95407
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6 / Apoptosis antigen ligand / APTL / CD95 ligand / CD95-L / Fas antigen ligand / FasL


分子量: 17449.154 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 130-281 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FASLG, APT1LG1, CD95L, FASL, TNFSF6
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpB1_S (その他)
参照: UniProt: P48023
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M Sodium Acetate:Acetic Acid pH4.5; 1M Ammonium Phosphate Dibasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50.01 Å / Num. obs: 11951 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.735 / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / CC1/2: 0.812 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MSV

4msv


解像度: 3.1→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 12.808 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.581 / ESU R Free: 0.317
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2226 570 4.8 %RANDOM
Rwork0.1779 ---
obs0.18 11245 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 161.72 Å2 / Biso mean: 58.229 Å2 / Biso min: 22.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å2-0.22 Å2-0 Å2
2---0.44 Å2-0 Å2
3---1.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2273 0 1 3 2277
Biso mean--34.01 30.82 -
残基数----291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg21.9463182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09734875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8135287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.41722.547106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.69715368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9391519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3895.5081160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3865.5091159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.7848.2221443
LS精密化 シェル解像度: 3.099→3.179 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 39 -
Rwork0.252 831 -
all-870 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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