PDB-5l2v: Catalytic domain of LPMO Lmo2467 from Listeria monocytogenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l2v

タイトル

Catalytic domain of LPMO Lmo2467 from Listeria monocytogenes

要素

Chitin-binding protein

キーワード

CHITIN-BINDING PROTEIN / Lytic polysaccharide monooxygenase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin catabolic process / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serotype 1/2a

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Light, S.H. / Agostoni, M. / Marletta, M.A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Catalytic domain of LPMO Lmo2467 from Listeria monocytogenes
著者: Light, S.H. / Agostoni, M. / Marletta, M.A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2016年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l2v.cif.gz	280.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l2v.ent.gz	231.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bemS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6vuq-2 6vuq-3 6w7h-1 3jvi-d 1sno-d 4m21-1 6w8y-2 1xtm-3 2f0m-d 3gpo-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chitin-binding protein

B: Chitin-binding protein

ヘテロ分子

36.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chitin-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chitin-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.575, 139.712, 90.591
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- P33
2	1	A-586- HOH
3	1	A-637- HOH
4	1	A-676- HOH
5	1	A-763- HOH

#1: タンパク質	Chitin-binding protein 分子量: 17894.906 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-193 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 1/2a (strain 10403S) (バクテリア) 株: 10403S / 遺伝子: LMRG_01781 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3GIZ6
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein: 8.0 mg/ml, 0.01 M Tris HCl (pH 8.3); Screen: JCSG+ H9 (Qiagen),0.2 M AmSO4, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 25% (w/v) PEG3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→30 Å / Num. obs: 148923 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 66.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BEM

2bem

解像度: 1.1→29.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.824 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.145	7382	5 %	RANDOM
R_work	0.129	-	-	-
obs	0.129	141504	95.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→29.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2534	0	24	620	3178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	2776
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.954	3811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.926	3	5947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.609	5	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.238	25.478	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.951	15	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.085	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	614
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.525	0.733	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.523	0.733	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.699	1.109	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.699	1.109	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.751	0.862	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.748	0.862	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.877	1.243	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.149	9.597	3702
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.766	7.113	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.939	3	5336
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	27.415	5	119
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	6.34	5	5763

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.13 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	476	-
R_work	0.283	8676	-
obs	-	-	80.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3955	-0.0068	-0.1305	0.7418	0.0073	0.4287	-0.0076	-0.0243	-0.0027	0.0293	0.0132	0.0484	-0.0199	-0.0018	-0.0056	0.0084	-0.0005	0.0026	0.0027	0.0005	0.0366	21.9529	56.7287	43.4345
2	0.3248	0.1172	-0.252	0.8134	-0.2602	0.4802	-0.0083	0.0164	-0.0381	-0.0585	0.0064	0.0568	0.005	-0.0071	0.0019	0.0161	-0.004	-0.0017	0.0049	-0.0024	0.0387	22.6699	49.1591	35.5763
3	1.8046	0.4515	-0.3454	0.602	-0.2356	0.474	-0.0115	0.0353	-0.0086	-0.0091	0.0073	0.0364	-0.0072	0.0185	0.0041	0.0073	0.0009	0.0016	0.0053	-0.001	0.0477	22.4893	53.1647	38.4542
4	0.8514	0.0122	0.0432	0.7403	-0.004	0.4697	-0.0059	-0.0371	0.1211	0.0531	0.0132	-0.0306	-0.0347	-0.0053	-0.0073	0.0064	0.0014	-0.0041	0.0019	-0.0049	0.0584	51.872	52.2644	49.3459
5	0.7892	-0.147	-0.0555	0.6832	0.0945	0.3144	-0.0103	-0.0675	0.0229	0.0989	0.0167	-0.0363	0.0218	-0.0004	-0.0064	0.0149	0.0012	-0.0046	0.0068	0.0036	0.0474	51.5058	43.6313	51.6653
6	2.7199	-0.4631	-0.3626	0.6616	0.0642	0.6424	-0.037	-0.1181	0.0423	0.0381	0.0161	-0.0231	-0.0327	-0.0198	0.0209	0.0047	0.0037	-0.0043	0.0073	-0.0043	0.0603	52.2139	48.5106	50.5856

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 84
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	85 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	150 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 102
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	103 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	151 - 166

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関連情報:EMDBヘッダ

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