PDB-5l2q: Serine/threonine-protein kinase 40 (STK40) kinase homology domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l2q

タイトル

Serine/threonine-protein kinase 40 (STK40) kinase homology domain

要素

Serine/threonine-protein kinase 40

キーワード

TRANSFERASE / pseudokinase SINK-homologous serine/threonine-protein kinase Sugen kinase 495

機能・相同性

機能・相同性情報

respiratory system process / glycogen metabolic process / lung alveolus development / lung morphogenesis / regulation of MAPK cascade / multicellular organism growth / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Durzynska, I. / Uljon, S. / Blacklow, S.C.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: STK40 Is a Pseudokinase that Binds the E3 Ubiquitin Ligase COP1.
著者: Durzynska, I. / Xu, X. / Adelmant, G. / Ficarro, S.B. / Marto, J.A. / Sliz, P. / Uljon, S. / Blacklow, S.C.

履歴

登録	2016年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l2q.cif.gz	439.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l2q.ent.gz	360.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l2q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l2q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2vz6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2e9n-d 1jg6-d 6iuq-2 1wmk-3 3gms-d 4e4m-4 2e9o-d 1po9-1 1lq1-2 2ivo-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Serine/threonine-protein kinase 40

B: Serine/threonine-protein kinase 40

A: Serine/threonine-protein kinase 40

D: Serine/threonine-protein kinase 40

145 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein kinase 40

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein kinase 40

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根拠: gel filtration
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3

C: Serine/threonine-protein kinase 40

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根拠: gel filtration
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4

D: Serine/threonine-protein kinase 40

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.550, 237.650, 55.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Elutes at expected monomer mass on SD200 size exclusion chromatography

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase 40 / SINK-homologous serine/threonine-protein kinase / Sugen kinase 495 / SgK495 分子量: 36150.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK40, SGK495, SHIK / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q8N2I9, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Serine/threonine-protein kinase 40 / SINK-homologous serine/threonine-protein kinase / Sugen kinase 495 / SgK495

分子量: 36150.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK40, SGK495, SHIK / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q8N2I9, non-specific serine/threonine protein kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)	解説
1	2.44	49.51	plate
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.5	100mM Tris-HCL 7.5 21% PEG 4000 6% Glycerol 5% Tert-butanol 200mM NaCl 1mM TCEP
293	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.5	100mM Tris-HCL 7.5 18% PEG 4000 9% Tert-butanol 75mM NaCl 1mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.53→59.41 Å / Num. obs: 45250 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.52
反射シェル	解像度: 2.53→2.62 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / CC_1/2: 0.6 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VZ6

2vz6

解像度: 2.53→59.413 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 40.16 / 位相誤差: 38.21 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2795	2407	5.32 %
R_work	0.2576	-	-
obs	0.2587	45250	98.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.53→59.413 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8279	0	0	66	8345

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8437
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.632	11524
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.807	5409
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5304-2.5821	0.3917	118	0.3896	2498	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5821-2.6382	0.3774	140	0.374	2596	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6382-2.6996	0.4197	142	0.3642	2498	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6996-2.7671	0.3607	142	0.3567	2570	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7671-2.8419	0.3673	142	0.3635	2430	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8419-2.9255	0.3844	130	0.3446	2630	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9255-3.0199	0.3944	106	0.3347	2522	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0199-3.1278	0.3681	139	0.3287	2559	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1278-3.253	0.3367	183	0.3231	2474	X-RAY DIFFRACTION	92
3.253-3.401	0.3257	143	0.2997	2484	X-RAY DIFFRACTION	93
3.401-3.5802	0.3087	133	0.2805	2494	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5802-3.8044	0.291	148	0.2705	2508	X-RAY DIFFRACTION	93
3.8044-4.098	0.2491	137	0.2413	2534	X-RAY DIFFRACTION	93
4.098-4.51	0.2346	110	0.2056	2501	X-RAY DIFFRACTION	93
4.51-5.1618	0.2219	157	0.2073	2514	X-RAY DIFFRACTION	92
5.1618-6.5	0.2772	159	0.248	2497	X-RAY DIFFRACTION	93
6.5-44.2354	0.222	154	0.1941	2532	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0802	-0.9707	0.3595	1.306	-0.4658	0.7468	0.1507	-0.8378	-1.4471	0.2332	0.4005	0.3809	-0.0599	-0.4633	-0.2247	0.7714	0.3261	-0.0236	0.7722	1.5171	2.0009	178.8938	-49.4008	71.7276
2	0.0736	-0.004	0.2152	5.4994	-0.7043	2.9227	0.123	-0.6576	-1.164	0.7626	0.3466	0.0177	-0.5517	-0.4197	-0.4588	0.87	0.2761	0.1168	1.062	0.8287	2.0597	189.85	-46.1964	75.9239
3	3.6607	4.1432	-0.1125	4.6928	-0.25	3.5899	0.3024	-0.8555	-1.487	-0.3024	0.2911	0.1403	-0.7821	-0.1514	-0.3535	1.2216	-0.0003	0.1417	0.7393	0.5301	1.0885	198.0892	-38.3668	66.804
4	2.551	1.8318	-0.1182	4.7303	-1.2392	0.3153	-1.169	1.5227	-0.518	-1.261	1.3316	-1.5791	-0.3275	0.1254	-0.0589	0.989	-0.4308	0.2933	1.0342	-0.3943	1.0205	162.6067	42.7962	48.3841
5	5.9267	4.2627	0.9941	5.7884	2.2601	3.4543	0.5523	-1.4488	0.6043	0.5972	-0.6792	0.6103	0.0418	-0.4807	0.2123	0.5473	-0.1528	0.1253	0.6709	-0.1943	0.5858	145.2278	41.3312	67.645
6	2.7422	-0.2775	-0.1146	3.2488	-0.256	4.4728	0.4822	-1.5065	0.1	0.9411	-0.6066	0.4505	0.4922	-0.3075	0.1578	0.574	-0.1769	0.1749	0.7077	-0.4336	1.4701	158.2864	10.3201	54.5202
7	4.1281	0.9893	-0.0447	4.3027	1.147	2.1422	-0.1237	-0.5865	0.6097	0	-0.2133	0.4473	-0.1163	0.0463	0.1712	0.3751	-0.0035	0.015	0.3631	-0.1625	0.7761	172.221	16.1364	45.3782
8	5.232	-0.0688	0.7623	5.8199	-0.8252	6.3108	-0.2216	-0.0293	0.2187	-0.0264	0.0067	-0.5703	-0.1324	1.2102	0.1117	0.3012	-0.0485	0.1004	0.4688	-0.117	0.8921	189.1794	18.2479	41.7866
9	0.4334	0.4919	-1.6933	3.7881	-2.3247	6.6466	0.4864	-0.2537	0.9053	0.8459	-0.4334	0.0283	-0.5179	0.3596	-0.1381	0.4825	-0.0255	-0.0361	0.4551	-0.0789	1.3475	174.8672	-7.3064	53.1157
10	4.1395	0.169	-0.2711	3.2808	-0.9643	2.9664	-0.3417	-0.2637	-0.2306	0.0121	-0.0163	-0.2445	0.2902	-0.0157	0.1841	0.3449	0.0553	0.1239	0.1791	0.0068	0.7226	164.2571	-18.0513	46.9689
11	4.7823	0.2088	-1.0377	4.3113	-0.7763	5.6102	-0.3007	0.0416	-0.6246	-0.1596	0.1529	0.6896	0.2098	-0.9902	0.2125	0.3743	-0.1401	0.0536	0.4218	-0.0771	0.933	142.617	-21.9084	45.2547
12	9.7298	0.8275	1.2569	5.1812	4.0207	7.2783	0.3048	0.1305	-1.1554	-0.4095	-0.1701	0.32	0.4634	0.1735	-0.0619	1.2274	-0.0945	0.1742	0.4964	-0.0636	1.6579	169.2443	-52.4614	42.4117
13	1.1134	1.3756	0.8731	4.8127	1.1851	2.1479	0.2493	0.3585	-0.7786	-0.0001	0.5982	-0.6586	0.4606	0.4437	-0.4115	1.0944	-0.2417	0.1679	-0.1063	0.0204	2.445	171.1819	-48.7641	40.9304
14	0.8035	1.1175	0.2644	3.4791	0.3876	0.8398	0.0175	-0.0939	-0.6074	0.1486	0.0916	0.3048	-0.0761	-0.127	-0.0272	0.7845	-0.0079	0.1157	0.3744	0.2381	1.3324	172.1066	-38.5691	51.4018
15	1.5099	0.4297	1.6668	2.1393	0.816	1.9101	-0.1157	-0.3133	-0.1165	-0.0345	0.319	1.4007	-0.3377	-0.1986	-0.3441	0.938	0.0276	0.1787	0.6003	0.4207	1.9661	151.5604	-55.7401	39.7574
16	4.2989	-0.9271	1.6245	2.3411	-0.5106	1.8995	0.3019	-0.3045	-1.553	-0.3368	0.1132	0.2862	0.4201	-0.0418	-0.1272	1.0168	0.0248	0.2979	0.5116	0.0746	1.5652	182.9572	-52.0884	50.0306
17	1.8491	-0.5862	0.3111	2.6987	-0.4046	1.4478	-0.4239	-0.604	-0.9037	-0.0251	0.5685	-0.055	-0.1845	-0.1341	-0.0315	0.813	-0.0002	0.2791	0.5501	0.4202	1.4434	182.5123	-41.0037	60.1939

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 235 through 288 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 289 through 320 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 321 through 336 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 37 through 151 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 152 through 335 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 30 through 100 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 101 through 269 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 270 through 336 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 26 through 48 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 49 through 229 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 230 through 336 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 30 through 48 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 49 through 83 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 84 through 111 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 112 through 134 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 135 through 170 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 171 through 234 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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