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万見
- PDB-5l2i: The X-ray co-crystal structure of human CDK6 and Palbociclib. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l2i
タイトルThe X-ray co-crystal structure of human CDK6 and Palbociclib.
要素Cyclin-dependent kinase 6
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / cyclin-dependent kinase / kinase inhibitor / kinase selectivity / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin D2-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation ...cyclin D2-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation / astrocyte development / dentate gyrus development / gliogenesis / regulation of cell motility / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of cell-matrix adhesion / generation of neurons / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of cell cycle / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Notch signaling pathway / ruffle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / : / response to virus / regulation of erythrocyte differentiation / Oncogene Induced Senescence / G1/S transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of fibroblast proliferation / T cell differentiation in thymus / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / regulation of gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / cell division / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 6 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Cyclin-dependent kinase 6 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LQQ / Cyclin-dependent kinase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Chen, P. / Ferre, R.A. / Deihl, W. / Yu, X. / He, Y.-A.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2016
タイトル: Spectrum and Degree of CDK Drug Interactions Predicts Clinical Performance.
著者: Chen, P. / Lee, N.V. / Hu, W. / Xu, M. / Ferre, R.A. / Lam, H. / Bergqvist, S. / Solowiej, J. / Diehl, W. / He, Y.A. / Yu, X. / Nagata, A. / VanArsdale, T. / Murray, B.W.
履歴
登録2016年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4672
ポリマ－35,0191
非ポリマー4481
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.749, 101.749, 60.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 6 / Cell division protein kinase 6 / Serine/threonine-protein kinase PLSTIRE


分子量: 35019.215 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK6, CDKN6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00534, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-LQQ / 6-ACETYL-8-CYCLOPENTYL-5-METHYL-2-[(5-PIPERAZIN-1-YLPYRIDIN-2-YL)AMINO]PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-7(8H)-ONE / Palbociclib / パルボシクリブ


分子量: 447.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29N7O2 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化温度: 286.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1:1 (protein to well buffer) with well buffer containing: 0.1 M MES pH 6.0, 70 - 80 mM NH4NO3, 10 - 15% polyethyleneglycol 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 98.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 8324 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 100.71 Å2 / Net I/σ(I): 14.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
autoXDS20151015data processing
BUSTER位相決定
Aimless0.5.21データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3NUX

3nux


解像度: 2.75→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9388 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8762 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 3.599 / SU Rfree Blow DPI: 0.408
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3037 833 10.17 %RANDOM
Rwork0.2262 ---
obs0.2346 8187 99.96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 92.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.0007 Å20 Å20 Å2
2---8.0007 Å20 Å2
3---16.0015 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.489 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.75→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2085 0 33 0 2118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012197HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.163004HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d759SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes338HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2197HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion269SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2514SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.75→3.07 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3369 220 9.55 %
Rwork0.2657 2083 -
all0.2721 2303 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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