PDB-5l2a: Structure of CNTnw N149S,F366A in an outward-facing state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l2a

タイトル

Structure of CNTnw N149S,F366A in an outward-facing state

要素

Nucleoside permease

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / transporter / elevator-type alternate access

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside transmembrane transporter activity / symporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria wadsworthii 9715 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

Hirschi, M. / Johnson, Z.L. / Lee, S.-Y.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Visualizing multistep elevator-like transitions of a nucleoside transporter.
著者: Hirschi, M. / Johnson, Z.L. / Lee, S.Y.

履歴

登録	2016年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l2a.cif.gz	232.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l2a.ent.gz	186.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l2a_validation.pdf.gz	698.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l2a_full_validation.pdf.gz	709 KB	表示
XML形式データ	5l2a_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	5l2a_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l24C 5l26SC 5l27C 5l2bC 5u9wC 5l28 PDB 未公開エントリ 5l29 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5l24-d 4pd8-1 6xwn-d 4pb2-1 5l2b-d 5u9w-d 3v8g-1 4pda-1 5l27-d 4pd7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside permease

B: Nucleoside permease

C: Nucleoside permease

ヘテロ分子

135 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.079, 119.079, 276.962
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Nucleoside permease 分子量: 44571.430 Da / 分子数: 3 / 変異: N149S, F366A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria wadsworthii 9715 (バクテリア) 遺伝子: nupC, HMPREF9370_1765 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: G4CRQ5
#2: 化合物	ChemComp-6ZL / 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-2-octyldecyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside 分子量: 949.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₈₀O₂₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.99 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Mg(OAc)2, 30% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.45→40 Å / Num. obs: 53483 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.98 / R_pim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 3.45→3.66 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / CC_1/2: 0.76 / R_rim(I) all: 0.6 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM	7.2.1	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5L26

5l26

解像度: 3.45→38.978 Å / SU ML: 0.69 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 38.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3067	3750	7.01 %
R_work	0.2722	-	-
obs	0.2746	53483	92.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.45→38.978 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8910	0	53	0	8963

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9119
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.871	12400
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.73	3090
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	1540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1533

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4502-3.4939	0.4649	148	0.4339	1851	X-RAY DIFFRACTION	90
3.4939-3.5398	0.4458	156	0.4034	1953	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5398-3.5883	0.3976	148	0.4115	1997	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5883-3.6395	0.4994	100	0.4659	1453	X-RAY DIFFRACTION	73
3.6395-3.6938	0.7084	32	0.6184	494	X-RAY DIFFRACTION	25
3.6938-3.7514	0.4649	160	0.4166	1988	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7514-3.8129	0.4423	154	0.4371	1963	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8129-3.8786	0.6064	93	0.5676	1280	X-RAY DIFFRACTION	64
3.8786-3.949	0.5985	79	0.4959	1057	X-RAY DIFFRACTION	54
3.949-4.0249	0.3765	133	0.2887	2017	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0249-4.107	0.3051	160	0.2935	2020	X-RAY DIFFRACTION	100
4.107-4.1962	0.3211	144	0.2769	1975	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1962-4.2937	0.2676	147	0.2717	1991	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2937-4.4009	0.2959	155	0.2426	1971	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4009-4.5197	0.2873	150	0.2386	1971	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5197-4.6525	0.26	152	0.2261	1972	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6525-4.8025	0.2767	155	0.2268	1999	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8025-4.9738	0.3325	140	0.2369	1986	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9738-5.1725	0.2815	164	0.2445	2017	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1725-5.4073	0.277	142	0.262	1974	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4073-5.6916	0.3509	150	0.2679	1982	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6916-6.0469	0.2904	140	0.2717	1938	X-RAY DIFFRACTION	97
6.0469-6.5118	0.2905	152	0.2569	1980	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5118-7.1635	0.3053	152	0.2426	1988	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1635-8.1917	0.2202	146	0.2052	1973	X-RAY DIFFRACTION	100
8.1917-10.2892	0.1821	146	0.1829	1984	X-RAY DIFFRACTION	99
10.2892-38.9802	0.3283	152	0.3019	1959	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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