PDB-5l22: PrtD T1SS ABC transporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l22

タイトル

PrtD T1SS ABC transporter

要素

ABC transporter (HlyB subfamily)

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / T1SS / ABC transporter / ATPase / secretion

機能・相同性

機能・相同性情報

type I protein secretion system complex / protein secretion by the type I secretion system / plasma membrane => GO:0005886 / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Morgan, J.L.W. / Zimmer, J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structure of a Type-1 Secretion System ABC Transporter.
著者: Morgan, J.L. / Acheson, J.F. / Zimmer, J.

履歴

登録	2016年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l22.cif.gz	446.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l22.ent.gz	370.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l22.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l22_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l22_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5l22_validation.xml.gz	37 KB	表示
CIF形式データ	5l22_validation.cif.gz	50 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l22	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4s0f-d 6lxe-d 6oeu-d 6paq-d 6par-2 2fvz-d 6r72-2 6a2d-d 5odo-d 6mg8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (9) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (9)

登録構造単位

B: ABC transporter (HlyB subfamily)

A: ABC transporter (HlyB subfamily)

ヘテロ分子

129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.672, 97.938, 179.823
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	ABC transporter (HlyB subfamily) 分子量: 64241.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア) 株: VF5 / 遺伝子: abcT5, aq_1097 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67184
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.76 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 16-21% PEG 1000, 100-400 mM (NH4)2SO4, with 10 mM MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0007 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0007 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.12→34.3 Å / Num. obs: 35413 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 3.12→3.27 Å / R_merge(I) obs: 0.809

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.15→33.536 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2758	1730	4.99 %
R_work	0.2234	-	-
obs	0.226	34695	98.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→33.536 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8499	0	56	0	8555

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8721
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.736	11832
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.088	3228
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	1402
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1461

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1501-3.2427	0.3986	136	0.3431	2559	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2427-3.3473	0.3312	140	0.2993	2764	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3473-3.4668	0.361	139	0.316	2708	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4668-3.6055	0.298	163	0.2688	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6055-3.7694	0.4016	128	0.3079	2693	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7694-3.9678	0.3277	156	0.2701	2664	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9678-4.2159	0.2889	147	0.2146	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2159-4.5407	0.2208	151	0.1763	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5407-4.9963	0.2407	129	0.1712	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9963-5.7162	0.243	152	0.1961	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7162-7.1902	0.2867	153	0.2407	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1902-33.5376	0.2312	136	0.1945	2855	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9053	1.5231	-0.0093	3.8919	-0.8377	5.389	-0.6758	0.4861	0.1457	2.4383	-0.3931	1.6013	-0.5634	-1.3562	0.4771	2.0596	0.0057	0.5544	1.1903	-0.4061	0.8071	4.392	19.4195	66.3033
2	2.5864	-0.5824	-3.2139	1.3146	1.153	4.8875	-0.0802	-0.7638	0.1128	0.7064	0.0088	0.3671	0.3458	-0.1605	0.0973	1.0138	0.0376	0.1229	0.9226	0.0004	0.9122	10.742	5.3687	49.3338
3	2.6088	-0.0208	-0.418	1.4843	-0.2213	1.1972	0.0674	-0.6339	0.5105	0.5169	0.0075	0.0138	-0.2537	0.1371	-0.1437	0.841	-0.0195	-0.072	0.4483	-0.1227	1.0265	39.2522	12.4275	24.5379
4	5.4604	-1.6848	-3.2179	3.6899	0.1575	7.5104	0.2455	-1.1885	0.5574	1.7516	-0.3401	1.6348	-0.1686	-0.925	-0.0555	1.3134	-0.3262	0.5102	1.4593	-0.3449	1.4187	-15.7999	-0.1028	50.6941
5	5.0425	0.4192	-5.4054	1.359	0.3927	8.7288	-0.4245	0.0343	-0.0331	0.7341	-0.3193	0.2662	0.8464	-1.5811	0.6606	1.226	-0.2039	0.3525	1.1148	-0.1843	1.264	-3.7538	0.6069	41.555
6	8.198	2.6448	0.3893	6.786	-3.0759	1.7388	-1.1157	0.5484	1.0965	0.6111	-0.055	-0.4241	-0.3959	-1.6158	0.9473	0.955	0.3497	0.2332	1.4276	-0.1594	1.7326	-13.4252	21.6532	48.303
7	6.0378	-2.0295	-5.7184	1.493	0.1508	6.9961	0.2915	-0.2796	0.8903	0.7256	0.1504	0.1371	-0.5118	-0.8649	-0.4767	1.1109	-0.0286	0.2148	0.9805	-0.381	1.2925	11.2896	19.6646	40.1283
8	7.7405	-3.7012	-7.0243	3.0535	2.6369	6.3511	0.2996	-1.2077	0.8223	0.2451	-0.0231	0.3918	0.1587	-0.3868	-0.2561	1.113	-0.0007	0.3645	1.5759	-0.3202	1.5648	-8.1125	12.0601	47.1692
9	4.7047	0.2719	-2.5551	5.1152	-0.3337	6.4416	0.0994	0.2438	0.4174	-0.2766	0.123	0.7311	-0.3732	-0.8455	-0.1871	0.6158	0.0086	-0.2273	0.3501	0.0774	0.9786	18.0146	3.9668	-2.1451
10	3.7506	1.2875	0.5615	5.2146	-0.1924	4.3238	0.403	-0.4387	-0.6384	0.3722	-0.2918	0.4549	0.5328	-0.1705	-0.1141	0.8857	-0.0099	0.052	0.267	0.0278	1.1166	29.035	-9.5075	10.7009
11	4.0811	-1.2863	1.3063	3.8446	-1.2731	4.5055	0.2423	0.5985	-0.5514	-0.8227	-0.3554	-0.172	0.5633	0.49	0.1955	0.793	-0.0545	-0.0788	0.3197	0.0571	0.9513	34.2038	-1.5306	-7.7234

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 10 through 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 58 through 262 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 263 through 559 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 11 through 55 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 56 through 154 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 155 through 179 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 180 through 265 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 266 through 312 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 313 through 392 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 393 through 500 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 501 through 559 )

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新型コロナ情報

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