+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l1z | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | TAR complex with HIV-1 Tat-AFF4-P-TEFb | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | transcription/RNA / HIV-1 TAR / protein-RNA complex / transcription / protein kinase / transcription-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / super elongation complex / trans-activation response element binding / P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / 7SK snRNA binding / positive regulation of viral transcription / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of muscle cell differentiation / regulation of mRNA 3'-end processing ...: / super elongation complex / trans-activation response element binding / P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / 7SK snRNA binding / positive regulation of viral transcription / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of muscle cell differentiation / regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to chromatin / modulation by virus of host chromatin organization / nucleus localization / host cell nucleolus / transcription elongation factor activity / actinin binding / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / positive regulation by host of viral transcription / RNA polymerase binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of protein localization to chromatin / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / replication fork processing / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / cellular response to cytokine stimulus / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / spermatid development / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / RNA-binding transcription regulator activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / cyclin-dependent kinase / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA repair / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / response to endoplasmic reticulum stress / cyclin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / molecular condensate scaffold activity / transcription elongation factor complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / euchromatin / PML body / fibrillar center / transcription coactivator binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / kinase activity / regulation of gene expression / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / cell population proliferation / host cell cytoplasm / transcription by RNA polymerase II / regulation of cell cycle / transcription cis-regulatory region binding / protein kinase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / cell division / protein phosphorylation / DNA repair / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.9 Å | ||||||
データ登録者 | Schulze-Gahmen, U. / Hurley, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Insights into HIV-1 proviral transcription from integrative structure and dynamics of the Tat:AFF4:P-TEFb:TAR complex. 著者: Schulze-Gahmen, U. / Echeverria, I. / Stjepanovic, G. / Bai, Y. / Lu, H. / Schneidman-Duhovny, D. / Doudna, J.A. / Zhou, Q. / Sali, A. / Hurley, J.H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5l1z.cif.gz | 148.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5l1z.ent.gz | 113.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5l1z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/5l1z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/5l1z | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 4ogrS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABD
#1: タンパク質 | 分子量: 38031.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK9, CDC2L4, TAK 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P50750, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 30618.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNT1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O60563 |
#4: タンパク質 | 分子量: 6784.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: tat 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P69697 |
-タンパク質・ペプチド / RNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 4分子 CN
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4130.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UHB7 |
---|---|
#5: RNA鎖 | 分子量: 7356.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
#6: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.93 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: crystallized from 50 mM Tris 8.5, 0.2M AmmAcetate, 6 mM MgCl2, 8% PEG 4K at 291 degree K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1158 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 5.28→500 Å / Num. obs: 4988 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 400.752 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.258 / Rrim(I) all: 0.272 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 48528 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID 4OGR 解像度: 5.9→500 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | Bsol: 308.491 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 696.31 Å2 / Biso mean: 424.4889 Å2 / Biso min: 245.73 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 5.9→500 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|