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- PDB-5l19: Crystal Structure of a human FasL mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l19
タイトルCrystal Structure of a human FasL mutant
要素Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
キーワードAPOPTOSIS / FasL / CD95L / TNF ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / inflammatory cell apoptotic process / release of sequestered calcium ion into cytosol by endoplasmic reticulum / cytoplasmic vesicle lumen / FasL/ CD95L signaling / retinal cell programmed cell death / intracellular chloride ion homeostasis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 ...positive regulation of phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / inflammatory cell apoptotic process / release of sequestered calcium ion into cytosol by endoplasmic reticulum / cytoplasmic vesicle lumen / FasL/ CD95L signaling / retinal cell programmed cell death / intracellular chloride ion homeostasis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / endosomal lumen acidification / necroptotic signaling pathway / T cell apoptotic process / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / response to growth factor / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / necroptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway / lysosomal lumen / negative regulation of angiogenesis / apoptotic signaling pathway / cytokine activity / caveola / : / cellular response to type II interferon / positive regulation of neuron apoptotic process / cell-cell signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to lipopolysaccharide / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6 / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily ...Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6 / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, W. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094662 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094665 米国
Albert Einstein Cancer CenterP30CA013330 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Complex of Human FasL and Its Decoy Receptor DcR3.
著者: Liu, W. / Ramagopal, U. / Cheng, H. / Bonanno, J.B. / Toro, R. / Bhosle, R. / Zhan, C. / Almo, S.C.
履歴
登録2016年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6113
ポリマ－17,4491
非ポリマー1612
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.690, 52.690, 87.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-455-

HOH

21A-461-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 6 / Apoptosis antigen ligand / APTL / CD95 ligand / CD95-L / Fas antigen ligand / FasL


分子量: 17449.154 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 130-281 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FASLG, APT1LG1, CD95L, FASL, TNFSF6
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpB1_S (その他)
参照: UniProt: P48023
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.71 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris:HCl, pH6.5, 20% (W/V) PEG3350, 0.01M Zinc Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 9993 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.942 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / CC1/2: 0.834 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
MOSFLMデータ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MSV

4msv


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.424 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21602 521 5.2 %RANDOM
Rwork0.16512 ---
obs0.16775 9414 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.706 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å2-0.48 Å20 Å2
2---0.95 Å2-0 Å2
3---3.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1176 0 6 61 1243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9991.9621636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11132587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3415149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00223.450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.19815205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.23155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6852.448599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6782.447598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2783.654747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2763.654748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9532.647611
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9212.628608
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2913.814884
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.1918.6411303
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.11318.5911292
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 44 -
Rwork0.221 675 -
obs--96.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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