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- PDB-5l09: Crystal Structure of Quorum-Sensing Transcriptional Activator fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l09
タイトルCrystal Structure of Quorum-Sensing Transcriptional Activator from Yersinia enterocolitica in complex with 3-oxo-N-[(3S)-2-oxotetrahydrofuran-3-yl]hexanamide
要素Quorum-sensing transcriptional activator
キーワードTRANSCRIPTION / alpha-beta structure / pheromone binding protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


quorum sensing / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-482 / ACETIC ACID / Quorum-sensing transcriptional activator
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica serotype O:8 / biotype 1B
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, Y. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Winans, S.C. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIAID-DMID-NIHA12011124 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Quorum-Sensing Transcriptional Activator from Yersinia enterocolitica
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Winans, S.C. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Structure summary
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: citation_author / pdbx_SG_project ...citation_author / pdbx_SG_project / pdbx_audit_support / struct_keywords
Item: _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_keywords.text
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Quorum-sensing transcriptional activator
B: Quorum-sensing transcriptional activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,75619
ポリマ－42,3042
非ポリマー1,45117
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.878, 122.775, 107.603
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Quorum-sensing transcriptional activator


分子量: 21152.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica serotype O:8 / biotype 1B (strain NCTC 13174 / 8081) (腸炎エルシニア)
株: NCTC 13174 / 8081 / 遺伝子: yenR, YE1599 / プラスミド: pMCSG81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1JMX7

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非ポリマー , 5種, 153分子

#2: 化合物 ChemComp-482 / 3-oxo-N-[(3S)-2-oxotetrahydrofuran-3-yl]hexanamide / N-(3-オキソヘキサノイル)-L-ホモセリンラクトン


分子量: 213.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15NO4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 2.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 29198 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 22.36 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 5.34 / CC1/2: 0.935 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10pre_2104: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L07

5l07


解像度: 2→31.939 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.77
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2033 2774 5.1 %random
Rwork0.169 ---
obs0.1708 54350 97.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.939 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2666 0 93 136 2895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9973851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.451723
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005489
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9937-2.02810.26611010.21172211X-RAY DIFFRACTION84
2.0281-2.06490.29871360.19782378X-RAY DIFFRACTION90
2.0649-2.10460.20821370.19762452X-RAY DIFFRACTION93
2.1046-2.14760.25181360.18682546X-RAY DIFFRACTION96
2.1476-2.19430.24111470.19432584X-RAY DIFFRACTION98
2.1943-2.24530.21741190.18762635X-RAY DIFFRACTION99
2.2453-2.30140.23971540.18482595X-RAY DIFFRACTION99
2.3014-2.36370.22551370.17572624X-RAY DIFFRACTION99
2.3637-2.43320.24441320.19252612X-RAY DIFFRACTION99
2.4332-2.51170.21981510.18532630X-RAY DIFFRACTION99
2.5117-2.60140.20181270.1792631X-RAY DIFFRACTION99
2.6014-2.70550.17871270.17142650X-RAY DIFFRACTION99
2.7055-2.82860.22671460.1662622X-RAY DIFFRACTION99
2.8286-2.97760.23781610.16692619X-RAY DIFFRACTION99
2.9776-3.1640.21241450.17042641X-RAY DIFFRACTION100
3.164-3.40810.17921480.16422613X-RAY DIFFRACTION100
3.4081-3.75060.19591560.15412633X-RAY DIFFRACTION100
3.7506-4.29220.17721620.14492639X-RAY DIFFRACTION100
4.2922-5.40340.1721460.14082642X-RAY DIFFRACTION100
5.4034-31.94310.17331060.1812619X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00410.0028-0.00450.0105-0.00250.0043-0.0362-0.0243-0.0049-0.1044-0.0813-0.03290.01960.053400.13490.02420.0110.17670.01860.165219.7114.0482-9.3495
20.0305-0.00520.00110.0945-0.0060.07070.03210.08790.0897-0.0091-0.03680.0243-0.01970.034-0.0070.06240.00710.00130.09920.03520.131415.366925.9243-2.3972
30.00620.0054-0.00150.00870.00850.00590.0035-0.01080.00290.0630.03450.0296-0.0294-0.01690.0110.40550.03510.35580.3159-0.03070.23977.841616.05324.791
40.00830.0023-0.00110.00830.00130.0026-0.0291-0.04540.00710.1262-0.0007-0.00840.0231-0.0128-0.02580.6132-0.05770.11940.17840.0097-0.038417.57778.515126.2718
50.00190.0036-0.0030.0223-0.02950.036-0.00850.07120.00450.1697-0.026-0.0702-0.0090.0202-0.03350.1918-0.0059-0.03820.12570.00520.092923.59341.816715.1046
60.0008-0.0002-0.00130.0003-0.00040.00140.0170.0096-0.01810.02350.0167-0.00240.0021-0.0015-00.4581-0.04490.01260.19780.07550.152820.9354-5.705325.0618
70.013-0.00860.01420.007500.0185-0.06290.00760.00120.0874-0.0494-0.02360.00790.0328-0.01360.19490.00450.03560.12230.01510.112816.90689.213415.9015
80.00280.0012-0.00090.0014-0.0010.00040.01990.00180.01610.01540.00870.00890.0320.0036-00.2783-0.06090.04930.2190.03430.30615.0944-2.681712.7815
90.0071-0.00510.00470.0206-0.00680.01010.0191-0.03960.04610.08610.03650.0417-0.0947-0.00690.00060.19840.02010.18850.0906-0.02930.150510.827320.975317.4862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 165 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 6 through 27 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 28 through 61 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 62 through 94 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 95 through 105 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 106 through 128 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 129 through 144 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 145 through 169 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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