PDB-5l07: Crystal Structure of Quorum-Sensing Transcriptional Activator fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l07

タイトル

Crystal Structure of Quorum-Sensing Transcriptional Activator from Yersinia enterocolitica

要素

Quorum-sensing transcriptional activator

キーワード

TRANSCRIPTION / alpha-beta structure / pheromone binding protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kim, Y. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Winans, S.C. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Quorum-Sensing Transcriptional Activator from Yersinia enterocolitica
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Winans, S.C. / Joachimiak, A. / CSGID

履歴

登録	2016年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月8日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l07.cif.gz	152.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l07.ent.gz	122.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l07_validation.pdf.gz	473.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l07_full_validation.pdf.gz	478.9 KB	表示
XML形式データ	5l07_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	5l07_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/5l07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/5l07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l09C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4v0h-2 5t6b-1 5t6b-3 3a8x-1 6kih-10 5t6b-4 3a8x-2 4l43-d 2iw1-d 6pql-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP52406

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Quorum-sensing transcriptional activator

B: Quorum-sensing transcriptional activator

ヘテロ分子

43.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Quorum-sensing transcriptional activator

B: Quorum-sensing transcriptional activator

ヘテロ分子

A: Quorum-sensing transcriptional activator

B: Quorum-sensing transcriptional activator

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
86.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.371, 123.399, 106.907
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Quorum-sensing transcriptional activator 分子量: 21152.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 遺伝子: yenR, ERS137951_02004 / プラスミド: pMCG81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0T9SEJ2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 2.5 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 21587 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 28 Å² / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.703 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / CC_1/2: 0.824 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2104: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→34.661 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.65

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2142	1054	5.13 %	random
R_work	0.1726	-	-	-
obs	0.1748	20559	92.39 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.661 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2666	0	64	75	2805

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2796
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.892	3767
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.385	1680
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	408
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	479

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1917-2.2915	0.2731	104	0.2003	1930	X-RAY DIFFRACTION	75
2.2915-2.4122	0.2264	123	0.1896	2327	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4122-2.5633	0.2557	122	0.1927	2434	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5633-2.7612	0.2306	123	0.1815	2471	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7612-3.0389	0.234	140	0.183	2576	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0389-3.4783	0.2472	156	0.1799	2561	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4783-4.3809	0.1809	145	0.1553	2576	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3809-34.6652	0.1889	141	0.1615	2630	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1292	-0.0867	-0.7426	0.6037	-0.4191	2.2022	0.0314	0.4416	0.0216	-1.0898	-0.1154	-0.5374	-0.0303	0.327	-0.3438	0.928	-0.0023	0.7254	0.4298	0.0789	0.3624	25.1352	16.1071	29.016
2	0.7437	0.5062	0.4631	1.397	-0.5763	1.6405	-0.0121	0.2879	-0.1086	-1.7638	0.0961	-0.0798	0.1708	-0.1359	0.0163	0.8389	-0.0132	0.0117	0.3051	-0.0555	0.1475	12.455	7.0528	31.3116
3	0.5118	-0.2545	0.4649	0.1358	-0.3125	3.4678	0.1637	0.4377	-0.475	-1.4163	0.2445	-0.2203	0.6646	-0.2338	0.5776	0.9306	-0.0518	0.0547	0.2593	-0.1006	0.428	10.8084	-4.661	32.7449
4	1.2499	0.9626	0.3905	4.9046	1.7695	3.2143	-0.0257	0.23	-0.307	-1.2514	0.0522	-0.1753	0.2839	0.2201	0.151	0.3295	-0.0196	0.1395	0.17	-0.0026	0.1704	17.148	8.8229	37.9324
5	3.9889	1.6535	3.0761	2.9	4.1696	6.3205	-0.2044	-0.1689	-0.6863	0.7062	-0.0503	0.0055	1.1783	0.1941	0.1244	0.3984	0.0756	0.1975	0.3454	0.0192	0.6212	27.1158	-1.4818	43.7027
6	3.333	-0.3366	1.3147	5.42	-2.7527	4.5738	0.0199	0.4282	0.4783	-0.5248	0.168	-0.2396	-0.6773	0.3294	-0.0325	0.4346	-0.009	0.2332	0.1779	0.0621	0.3506	21.2125	21.5437	35.7013
7	2.1726	0.6296	-1.4039	5.0053	0.1186	4.446	0.2264	-0.2973	-0.2993	0.5489	-0.2618	0.3913	-0.141	-0.2645	0.1256	0.244	-0.0402	0.0474	0.222	-0.0078	0.1825	12.5724	14.933	63.4057
8	9.1245	-1.3469	1.7928	4.2084	-0.3504	2.919	0.0586	-0.0632	0.1377	0.2208	-0.3144	0.0788	0.2858	0.104	0.1565	0.1597	-0.0268	0.0539	0.229	0.0492	0.1972	15.31	23.2919	59.2794
9	3.0578	-0.8292	0.6164	2.535	-0.6554	2.151	-0.0263	-0.3787	0.4237	0.2671	-0.0797	0.195	-0.2943	-0.3782	0.1194	0.15	0.0326	0.002	0.2618	-0.083	0.3179	8.6074	30.7426	60.3878
10	1.4686	-0.0365	0.4539	5.1987	2.6246	4.3757	0.0596	0.1684	0.5124	-0.4027	-0.0025	-0.2075	-0.288	0.1327	0.0826	0.1515	-0.012	0.046	0.1707	0.0232	0.2299	18.9433	29.8227	48.0259
11	1.9383	-3.9743	0.4676	8.1837	-0.9388	0.1235	0.0461	-0.0069	0.4901	-0.226	0.1113	-0.4084	-0.7587	0.1053	0.0457	0.7645	-0.2467	-0.1249	0.7585	0.3244	0.9277	19.9873	39.1556	47.9092
12	7.7669	-1.3626	5.2802	9.1344	-3.5041	4.5029	-0.1602	0.093	1.4439	0.2029	-0.0704	-0.3784	-0.7577	0.4154	0.1065	0.3735	-0.0398	-0.0664	0.5216	-0.1511	0.628	18.1693	39.0041	62.2212
13	4.3082	0.8318	0.179	3.7822	0.9544	2.8828	0.1121	-0.4088	0.0906	0.2847	-0.0737	0.0016	-0.0778	-0.0384	0.0116	0.1491	0.0086	0.0142	0.1556	0.0119	0.1574	18.7504	24.9647	55.1488
14	4.87	0.6037	0.0492	2.7413	0.4446	2.695	-0.0993	0.2211	-0.3763	-0.0002	0.1184	-0.0996	0.122	-0.1193	0.0079	0.104	0.0281	-0.0244	0.1069	0.0334	0.1573	16.7057	14.8461	55.4066

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 85 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 109 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 110 through 133 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 134 through 144 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 145 through 170 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 6 through 27 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 28 through 38 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 39 through 68 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 69 through 85 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 86 through 96 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 97 through 105 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 106 through 133 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 134 through 170 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)