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- PDB-5l03: Crystal structure of 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l03
タイトルCrystal structure of 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE Synthase from BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI bound to L-tryptophan hydroxamate
要素2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
キーワードLYASE / MEP Pathway / IspF / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
N-hydroxy-L-tryptophanamide / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.469 Å
データ登録者Blain, J.M. / Ghose, D. / Gorman, J.L. / Goshu, G.M. / Ranieri, G. / Zhao, L. / Bode, B. / Meganathan, R. / Walter, R.L. / Hagen, T.J. / Horn, J.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R15AI113653-01 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0953323 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Synthesis and Characterization of the Burkholderia pseudomallei IspF Inhibitor L-tryptophan hydroxamate
著者: Blain, J.M. / Ghose, D. / Gorman, J.L. / Goshu, G.M. / Ranieri, G. / Zhao, L. / Bode, B. / Meganathan, R. / Walter, R.L. / Hagen, T.J. / Horn, J.R.
履歴
登録2016年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9817
ポリマ－50,5663
非ポリマー4154
水7,837435
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area15520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.515, 68.126, 60.659
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-387-

HOH

21A-442-

HOH

31A-467-

HOH

41B-317-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 1 and (name N or name...
21(chain B and (resseq 1 or (resid 2 and (name...
31(chain C and (resseq 1 or (resid 2 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETMETMET(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA11
12METMETARGARG(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA1 - 1581 - 158
13METMETARGARG(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA1 - 1581 - 158
14METMETARGARG(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA1 - 1581 - 158
15METMETARGARG(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA1 - 1581 - 158
21METMETMETMET(chain B and (resseq 1 or (resid 2 and (name...BB11
22ASPASPASPASP(chain B and (resseq 1 or (resid 2 and (name...BB22
23METMETARGARG(chain B and (resseq 1 or (resid 2 and (name...BB1 - 1581 - 158
24METMETARGARG(chain B and (resseq 1 or (resid 2 and (name...BB1 - 1581 - 158
25METMETARGARG(chain B and (resseq 1 or (resid 2 and (name...BB1 - 1581 - 158
26METMETARGARG(chain B and (resseq 1 or (resid 2 and (name...BB1 - 1581 - 158
27METMETARGARG(chain B and (resseq 1 or (resid 2 and (name...BB1 - 1581 - 158
28METMETARGARG(chain B and (resseq 1 or (resid 2 and (name...BB1 - 1581 - 158
31METMETMETMET(chain C and (resseq 1 or (resid 2 and (name...CC11
32ASPASPASPASP(chain C and (resseq 1 or (resid 2 and (name...CC22
33METMETARGARG(chain C and (resseq 1 or (resid 2 and (name...CC1 - 1581 - 158
34METMETARGARG(chain C and (resseq 1 or (resid 2 and (name...CC1 - 1581 - 158
35METMETARGARG(chain C and (resseq 1 or (resid 2 and (name...CC1 - 1581 - 158
36METMETARGARG(chain C and (resseq 1 or (resid 2 and (name...CC1 - 1581 - 158
37METMETARGARG(chain C and (resseq 1 or (resid 2 and (name...CC1 - 1581 - 158
38METMETARGARG(chain C and (resseq 1 or (resid 2 and (name...CC1 - 1581 - 158

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要素

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS


分子量: 16855.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: ispF, DP46_3085, ERS012314_03919, SY87_14040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A069B2G5, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-6ZB / N-hydroxy-L-tryptophanamide / N-hydroxy-L-tryptophanamide / N-ヒドロキシ-L-トリプトファンアミド


分子量: 219.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13N3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: Tris,NaCl, PEG 4000, ZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.469→30.7209 Å / Num. obs: 79230 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 19.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2142精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.469→30.714 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 3889 4.92 %
Rwork0.1788 --
obs0.1798 79098 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.65 Å2 / Biso mean: 28.6638 Å2 / Biso min: 9.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.469→30.714 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3286 0 19 435 3740
Biso mean--24.76 39.89 -
残基数----450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9194549
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5321182
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1797X-RAY DIFFRACTION4.71TORSIONAL
12B1797X-RAY DIFFRACTION4.71TORSIONAL
13C1797X-RAY DIFFRACTION4.71TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4688-1.48670.27541150.25782324243986
1.4867-1.50550.25081280.25382477260592
1.5055-1.52530.26181240.24392556268094
1.5253-1.54620.28161450.23022592273796
1.5462-1.56830.2211310.23652670280198
1.5683-1.59170.25561280.225127332861100
1.5917-1.61660.22831390.214127152854100
1.6166-1.64310.2371360.206326982834100
1.6431-1.67140.18741290.202927172846100
1.6714-1.70180.24511340.205227112845100
1.7018-1.73450.21931500.193427432893100
1.7345-1.76990.23161250.190726942819100
1.7699-1.80840.18371630.183426902853100
1.8084-1.85050.20261350.190627082843100
1.8505-1.89670.21961320.21132730286299
1.8967-1.9480.25281450.229127122857100
1.948-2.00530.2311590.188326732832100
2.0053-2.070.19971510.173527382889100
2.07-2.1440.17931360.173526852821100
2.144-2.22980.18751640.183327092873100
2.2298-2.33130.22961490.19282730287999
2.3313-2.45410.18711440.19092682282699
2.4541-2.60780.18111290.166527512880100
2.6078-2.8090.20421570.175227062863100
2.809-3.09150.2091610.169527282889100
3.0915-3.53830.17631120.159527712883100
3.5383-4.45570.16281460.145627302876100
4.4557-30.72090.181220.160528362958100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.4211 Å / Origin y: -39.5666 Å / Origin z: 15.3822 Å
111213212223313233
T0.0846 Å2-0.0196 Å20.0136 Å2-0.3065 Å20.0306 Å2--0.1115 Å2
L1.5435 °20.0262 °20.6117 °2-0.7936 °20.2166 °2--1.8692 °2
S-0.0768 Å °0.3966 Å °0.0624 Å °-0.0501 Å °0.0595 Å °-0.1165 Å °-0.0189 Å °0.5935 Å °0.0071 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 158
2X-RAY DIFFRACTION1allA163
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 158
4X-RAY DIFFRACTION1allB163
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 158
6X-RAY DIFFRACTION1allC163
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 507
8X-RAY DIFFRACTION1allQ1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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