[日本語] English
万見
- PDB-5kzy: Crystal structure of the xenopus Smoothened cysteine-rich domain ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kzy
タイトルCrystal structure of the xenopus Smoothened cysteine-rich domain (CRD) in complex with cyclopamine
要素Smoothened
キーワードSIGNALING PROTEIN / Hedgehog signaling / GPCR / cysteine-rich domain / sterol
機能・相同性
機能・相同性情報


tissue development / patched binding / pattern specification process / commissural neuron axon guidance / smoothened signaling pathway / central nervous system development / G protein-coupled receptor activity / cilium / dendrite / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain ...Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclopamine / Protein smoothened
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.484 Å
データ登録者Huang, P. / Kim, Y. / Salic, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM092924 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM110041 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Cellular Cholesterol Directly Activates Smoothened in Hedgehog Signaling.
著者: Huang, P. / Nedelcu, D. / Watanabe, M. / Jao, C. / Kim, Y. / Liu, J. / Salic, A.
履歴
登録2016年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Smoothened
B: Smoothened
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6284
ポリマ－26,8052
非ポリマー8232
水81145
1
A: Smoothened
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8142
ポリマ－13,4021
非ポリマー4121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Smoothened
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8142
ポリマ－13,4021
非ポリマー4121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.725, 54.592, 51.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Smoothened


分子量: 13402.384 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 35-154 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: Smo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q98SW5
#2: 化合物 ChemComp-CY8 / Cyclopamine / (3alpha,8alpha,14beta,22S,23R)-17,23-epoxyveratraman-3-ol / シクロパミン


分子量: 411.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H41NO2 / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES and 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.484→50 Å / Num. obs: 8483 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/av σ(I): 9.093 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.484-2.542.40.7460.538189.7
2.54-2.592.60.5290.853193.9
2.59-2.642.80.5820.659194.9
2.64-2.6930.4760.788197.9
2.69-2.753.10.4580.812198.9
2.75-2.823.30.3390.905198.8
2.82-2.893.50.3340.895198.8
2.89-2.963.50.3150.911199.1
2.96-3.053.60.2810.878199.5
3.05-3.153.70.2330.922199.5
3.15-3.263.70.1760.968199.1
3.26-3.393.70.1660.937199.8
3.39-3.553.60.150.968199.5
3.55-3.733.60.1550.936199.6
3.73-3.973.60.1320.947198.4
3.97-4.273.50.1290.961197.9
4.27-4.73.50.1210.977196.6
4.7-5.383.50.1160.972198.2
5.38-6.783.50.0950.979199.3
6.78-503.30.1010.973191.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KZV

5kzv


解像度: 2.484→37.475 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2765 387 5.21 %
Rwork0.2167 --
obs0.2198 7425 85.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 168.99 Å2 / Biso mean: 42.2601 Å2 / Biso min: 14.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.484→37.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1780 0 60 45 1885
Biso mean--54.56 36.52 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0652595
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.606743
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4837-2.84290.2921870.23691704179163
2.8429-3.58140.28251480.23652677282598
3.5814-37.47940.26921520.20112657280996
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.42830.2491-1.57043.09621.61113.1203-0.05470.19920.0959-0.222-0.0103-0.0027-0.05650.1796-0.01580.20930.0237-0.01790.20740.08080.1556-9.28156.25-4.5314
24.42650.2483-1.97622.5494-0.54263.888-0.14370.6295-0.2727-0.26030.03720.01790.0816-0.2508-0.01210.25150.0021-0.02150.2704-0.00320.2629-7.705329.3098-18.3973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 36 through 152)A36 - 152
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 36 through 148)B36 - 148

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る