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万見
- PDB-5kzd: N-acetylneuraminate lyase from methicillin-resistant Staphylococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kzd
タイトルN-acetylneuraminate lyase from methicillin-resistant Staphylococcus aureus with bound sialic acid alditol
要素N-acetylneuraminate lyase
キーワードLYASE / TIM-barrel / inhibitor / N-acetylneuraminate lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-acetylneuraminate lyase / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RCJ / N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.334 Å
データ登録者North, R.A. / Watson, A.J.A. / Pearce, F.G. / Muscroft-Taylor, A.C. / Friemann, R. / Fairbanks, A.J. / Dobson, R.C.J.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2016
タイトル: Structure and inhibition of N-acetylneuraminate lyase from methicillin-resistant Staphylococcus aureus.
著者: North, R.A. / Watson, A.J. / Pearce, F.G. / Muscroft-Taylor, A.C. / Friemann, R. / Fairbanks, A.J. / Dobson, R.C.
履歴
登録2016年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylneuraminate lyase
B: N-acetylneuraminate lyase
C: N-acetylneuraminate lyase
D: N-acetylneuraminate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,5518
ポリマ－132,3064
非ポリマー1,2454
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9790 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area40810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.477, 109.444, 130.752
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
N-acetylneuraminate lyase / Neu5Ac lyase / N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate ...Neu5Ac lyase / N-acetylneuraminate pyruvate-lyase / N-acetylneuraminic acid aldolase / Sialate lyase / Sialic acid aldolase / Sialic acid lyase


分子量: 33076.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain USA300) (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / 遺伝子: nanA, SAUSA300_0315 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q2FJU9, UniProt: Q2G160*PLUS, N-acetylneuraminate lyase
#2: 化合物
ChemComp-RCJ / (2~{S},4~{S},5~{R},6~{R},7~{S},8~{R})-5-acetamido-2,4,6,7,8,9-hexakis(oxidanyl)nonanoic acid


分子量: 311.286 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H21NO9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 3350, sodium chloride, Tris, sialic acid alditols

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→38.179 Å / Num. obs: 49980 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 35.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.33-2.417.20.8730.774189.8
9.34-46.226.40.0290.999199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.29データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.334→38.179 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 2000 4.01 %
Rwork0.1934 --
obs0.1962 49898 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.1 Å2 / Biso mean: 36.4025 Å2 / Biso min: 15.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.334→38.179 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9080 0 84 177 9341
Biso mean--37.71 33 -
残基数----1136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18512592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3883496
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3338-2.39220.38621000.28992947304787
2.3922-2.45680.33822000.271433543554100
2.4568-2.52910.33851000.260634553555100
2.5291-2.61070.36351440.250434223566100
2.6107-2.7040.34561560.241933933549100
2.704-2.81220.34451000.249834823582100
2.8122-2.94020.30992000.245833323532100
2.9402-3.09510.30441000.237134823582100
3.0951-3.2890.29182000.234433883588100
3.289-3.54270.30131000.208835173617100
3.5427-3.89890.25542000.17234073607100
3.8989-4.46240.20381000.142535253625100
4.4624-5.61930.17871000.135235683668100
5.6193-38.18440.17682000.144636263826100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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