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- PDB-5kyx: crystal structure of Sec23 and TANGO1 peptide1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kyx
タイトルcrystal structure of Sec23 and TANGO1 peptide1 complex
要素
  • Protein transport protein Sec23A
  • Protein transport protein Sec24D
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPII coat / collagen secretion / cargo adapter / vesicle
機能・相同性
機能・相同性情報


COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / GTPase activator activity / SNARE binding ...COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / GTPase activator activity / SNARE binding / protein localization to plasma membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / in utero embryonic development / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Zn-finger domain of Sec23/24 / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain ...Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Zn-finger domain of Sec23/24 / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Gelsolin-like domain superfamily / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / von Willebrand factor, type A domain / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein Sec24D / Protein transport protein Sec23A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.516 Å
データ登録者Ma, W. / Goldberg, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: TANGO1/cTAGE5 receptor as a polyvalent template for assembly of large COPII coats.
著者: Ma, W. / Goldberg, J.
履歴
登録2016年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein Sec23A
B: Protein transport protein Sec24D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,0284
ポリマ－172,8972
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area62360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.956, 141.871, 152.434
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein transport protein Sec23A / SEC23-related protein A


分子量: 86249.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC23A
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q15436
#2: タンパク質 Protein transport protein Sec24D / SEC24-related protein D


分子量: 86647.852 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 266-1032 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC24D, KIAA0755
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: O94855
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 5.5 %(w/v) PEG 4000, 100 mM MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 25117 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 12.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.516→48.772 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2552 2002 7.97 %
Rwork0.1947 --
obs0.1996 25117 88.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.516→48.772 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11704 0 2 0 11706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73716229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4334489
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281806
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042109
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5162-3.60420.2657960.2551143X-RAY DIFFRACTION63
3.6042-3.70160.31451260.25641338X-RAY DIFFRACTION73
3.7016-3.81050.31941080.2491366X-RAY DIFFRACTION74
3.8105-3.93340.30541320.24681513X-RAY DIFFRACTION82
3.9334-4.07390.30621390.22221606X-RAY DIFFRACTION86
4.0739-4.23690.30111360.20721653X-RAY DIFFRACTION90
4.2369-4.42960.2241600.18341695X-RAY DIFFRACTION92
4.4296-4.6630.24981350.17541757X-RAY DIFFRACTION94
4.663-4.95490.22081500.17351759X-RAY DIFFRACTION95
4.9549-5.3370.22391640.18421787X-RAY DIFFRACTION96
5.337-5.87330.25311580.20161868X-RAY DIFFRACTION99
5.8733-6.72130.24871550.21241851X-RAY DIFFRACTION98
6.7213-8.46090.27081680.19251830X-RAY DIFFRACTION96
8.4609-48.77660.23361750.16121949X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0568-0.21790.04330.3571-0.1889-0.01720.32970.1367-0.9041-0.00710.0637-0.7175-0.0188-0.07470.00260.596-0.0301-0.12110.6366-0.06170.7518.7719-96.3493-9.8694
20.0775-0.02260.1409-0.0095-0.03560.14680.10680.3552-0.25370.117-0.15840.1243-0.04630.092200.7619-0.0383-0.23920.73430.05350.912221.4123-88.46382.9601
30.43240.4263-0.20320.93650.86540.85150.015-0.04650.10110.06220.0170.0142-0.15430.023300.6012-0.04910.04690.58870.01030.62535.8126-67.2032-9.6889
40.33370.15050.18470.00330.58880.3373-0.03520.166-0.2465-0.07740.0847-0.40280.06510.129800.68380.00920.01360.6371-0.09650.58088.4063-92.9533-27.57
50.02040.01070.12980.1201-0.02980.2688-0.38380.2011-0.08330.05040.05690.4845-0.0325-0.06040.00020.5703-0.03270.04480.6757-0.04731.1554-18.0325-93.2475-20.0352
60.2213-0.180.36170.2553-0.56880.40090.22530.22880.21420.05660.21650.3710.1478-0.53370.01040.6498-0.0122-0.15420.7645-0.14290.6964-12.4874-90.3078-24.5251
7-0.0263-0.1858-0.01331.59790.28880.58620.0225-0.0601-0.0447-0.0514-0.10160.1409-0.0243-0.073700.47750.02140.03660.58-0.03980.6351-1.2767-11.5559-8.2182
80.12080.50910.20171.10620.49490.07790.1803-0.1584-0.05340.308-0.2248-0.6736-0.03340.2621-00.7908-0.0708-0.03490.7599-0.01210.89714.69955.20446.0023
90.0059-0.21540.02060.37240.49490.3338-0.51920.16350.3475-0.3319-0.09070.1436-0.1512-0.0741-0.00010.81260.0084-0.18710.83430.07330.978614.74682.032811.6934
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 77 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 78 through 140 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 141 through 491 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 492 through 607 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 608 through 678 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 679 through 762 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 802 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 803 through 952 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 953 through 1033 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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