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- PDB-5kyw: crystal structure of Sec23 and TANGO1 peptide3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kyw
タイトルcrystal structure of Sec23 and TANGO1 peptide3 complex
要素
  • Protein transport protein Sec23A
  • Protein transport protein Sec24D
  • TANGO1 peptide3
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPII coat / collagen secretion / cargo adapter / vesicle
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle cargo loading / negative regulation of lymphocyte migration / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of cell adhesion ...vesicle cargo loading / negative regulation of lymphocyte migration / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of cell adhesion / endoplasmic reticulum organization / cell migration involved in sprouting angiogenesis / cargo receptor activity / COPII-mediated vesicle transport / positive regulation of leukocyte migration / lipoprotein transport / exocytosis / endoplasmic reticulum exit site / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / negative regulation of cell migration / GTPase activator activity / SNARE binding / protein localization to plasma membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Post-translational protein phosphorylation / intracellular protein transport / wound healing / ER to Golgi transport vesicle membrane / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / protein transport / in utero embryonic development / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / Zn-finger domain of Sec23/24 / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich ...Sec23/Sec24 helical domain / beta-sandwich domain of Sec23/24 / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / Zn-finger domain of Sec23/24 / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Gelsolin-like domain superfamily / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / von Willebrand factor, type A domain / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Variant SH3 domain / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein Sec24D / Protein transport protein Sec23A / Transport and Golgi organization protein 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ma, W. / Goldberg, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: TANGO1/cTAGE5 receptor as a polyvalent template for assembly of large COPII coats.
著者: Ma, W. / Goldberg, J.
履歴
登録2016年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein Sec23A
B: Protein transport protein Sec24D
C: TANGO1 peptide3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,9405
ポリマ－173,8093
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area61490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.625, 141.346, 151.878
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein transport protein Sec23A / SEC23-related protein A


分子量: 86249.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC23A
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q15436
#2: タンパク質 Protein transport protein Sec24D / SEC24-related protein D


分子量: 86647.852 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 266-1032 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEC24D, KIAA0755
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: O94855
#3: タンパク質・ペプチド TANGO1 peptide3


分子量: 912.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5JRA6*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
配列の詳細TANGO1 peptide3 LPPPFGPGM is derived from human TANGO1 protein (1800-1808)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 5.5 % (w/v) PEG 4000, 100 mM MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→82.512 Å / Num. obs: 36535 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 10.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.2→82.512 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 1827 5 %
Rwork0.21 --
obs0.2124 36535 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→82.512 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11697 0 2 0 11699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311959
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58816200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6287266
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2001-3.28660.4091560.36922598X-RAY DIFFRACTION99
3.2866-3.38330.37251430.32722636X-RAY DIFFRACTION99
3.3833-3.49250.32781250.3052634X-RAY DIFFRACTION100
3.4925-3.61730.39731280.28332661X-RAY DIFFRACTION100
3.6173-3.76220.27881330.26072642X-RAY DIFFRACTION100
3.7622-3.93340.29131250.22692659X-RAY DIFFRACTION100
3.9334-4.14080.261390.20632663X-RAY DIFFRACTION100
4.1408-4.40020.23481610.17652642X-RAY DIFFRACTION100
4.4002-4.73990.19791290.16622678X-RAY DIFFRACTION100
4.7399-5.21680.21321440.17052678X-RAY DIFFRACTION100
5.2168-5.97150.24161460.19462696X-RAY DIFFRACTION100
5.9715-7.52270.28581590.2162715X-RAY DIFFRACTION99
7.5227-82.53950.1931390.16872806X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4779-0.38373.63924.686-0.40824.8560.3666-0.2839-1.1562-0.38350.15470.57270.4253-0.4569-0.53690.52230.0312-0.05930.62040.06120.8983-22.7599-96.42276.4774
24.77753.56141.29068.12210.47971.3631-0.08690.5274-0.5183-0.83440.27280.36060.0596-0.2742-0.24920.61770.1297-0.02030.792-0.0480.7728-14.2095-82.8336-3.2379
32.40350.19210.78765.13771.94413.81780.01650.47680.3342-0.4355-0.0192-0.1668-0.24760.089-0.03410.81450.02480.11120.63750.14640.8706-2.2808-56.3951-0.6595
42.9940.79430.46624.2003-0.0531.69940.0022-0.14470.16480.21530.03380.2645-0.2151-0.1048-0.03340.64560.1184-0.00990.57810.04740.5898-6.4947-68.866114.3834
53.75180.54161.33423.2862-1.0985.52780.0833-0.9802-0.80720.29730.18180.39640.1639-0.7983-0.2310.47650.07670.22880.7240.18490.7739-15.7483-92.011420.454
64.1028-0.30440.41064.10520.01442.22240.0155-0.5656-0.69540.35130.1416-0.5708-0.00290.1227-0.07130.60520.0275-0.07060.71530.14440.73389.7135-91.543124.7524
71.57580.33950.25954.9722-0.01352.0964-0.0029-0.1713-0.06140.3532-0.08-0.092-0.09690.23650.05150.4633-0.01930.0360.60930.1060.53720.541-11.36828.5485
82.2888-0.5858-0.1714.751-0.30666.00370.09050.17690.1354-0.6719-0.12540.5945-0.4456-0.2639-0.04320.52050.0727-0.09160.59480.01170.9112-15.19525.1569-6.2914
93.59170.60461.19274.773-1.71767.1031-0.30010.09950.5182-0.0544-0.12430.0167-0.6826-0.30890.2890.7110.0788-0.20970.67630.03471.049-14.97872.168-11.4795
103.47383.20713.64292.9733.36523.8219-0.23220.05510.2813-0.33650.00910.3521-0.3648-0.07640.21651.7340.6778-0.30782.01130.0452.33734.9696-100.678120.2379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 98 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 99 through 140 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 141 through 246 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 247 through 456 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 457 through 557 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 558 through 762 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 802 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 803 through 955 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 956 through 1032 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1801 through 1803 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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