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万見
- PDB-5kym: Crystal Structure of the 1-acyl-sn-glycerophosphate (LPA) acyltra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kym
タイトルCrystal Structure of the 1-acyl-sn-glycerophosphate (LPA) acyltransferase, PlsC, from Thermotoga maritima
要素1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / integral membrane / membrane helices / HX4D acyltransferase / alpha-beta structure / 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase / 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / phospholipid biosynthetic process / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase / Phospholipid/glycerol acyltransferase / Acyltransferase / Phosphate acyltransferases
類似検索 - ドメイン・相同性
nonane / Chem-HGX / 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase / 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Robertson, R.M. / Yao, J. / Gajewski, S. / Kumar, G. / Martin, E.W. / Rock, C.O. / White, S.W.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: A two-helix motif positions the lysophosphatidic acid acyltransferase active site for catalysis within the membrane bilayer.
著者: Robertson, R.M. / Yao, J. / Gajewski, S. / Kumar, G. / Martin, E.W. / Rock, C.O. / White, S.W.
履歴
登録2016年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase
B: 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,49711
ポリマ－57,4882
非ポリマー5,0099
水181
1
A: 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9935
ポリマ－28,7441
非ポリマー2,2494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5046
ポリマ－28,7441
非ポリマー2,7605
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.836, 173.836, 173.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 244 / Label seq-ID: 1 - 244

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase


分子量: 28743.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: Tmari_1701 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: R4NS39, UniProt: Q9X219*PLUS, 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-HGX / 1-HEPTADECANOYL-2-TRIDECANOYL-3-GLYCEROL-PHOSPHONYL CHOLINE


分子量: 706.994 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H77NO8P
#3: 化合物 ChemComp-DD9 / nonane / ノナン


分子量: 128.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#4: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18-22% (w/v) polyethylene glycol 3350 (PEG3350), 0.1 M HEPES, and 0.2 M MgCl 2
PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→46.46 Å / Num. obs: 21613 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1879 / Net I/σ(I): 10.18
反射 シェル解像度: 2.802→2.901 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / CC1/2: 0.167 / % possible all: 99.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→46.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 40.064 / SU ML: 0.339 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.699 / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27703 1674 7.8 %RANDOM
Rwork0.21911 ---
obs0.22359 19924 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→46.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3859 0 278 1 4138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0092.0235652
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06439907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5585468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71221.716169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.86815711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.6551535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9775.9081887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9645.9051886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3018.8442350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.3018.8482351
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8016.8252339
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.86.8262340
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.963103303
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.76269.8094611
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.76169.8154612
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14236 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 122 -
Rwork0.367 1421 -
obs--99.74 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 51.5207 Å / Origin y: 72.7275 Å / Origin z: 40.9711 Å
111213212223313233
T0.1514 Å2-0.1034 Å2-0.1065 Å2-0.164 Å20.0618 Å2--0.1206 Å2
L0.3181 °20.3114 °2-0.0045 °2-0.9169 °20.531 °2--0.4811 °2
S-0.1947 Å °0.1714 Å °0.1618 Å °-0.1328 Å °0.2461 Å °0.112 Å °0.0367 Å °0.0601 Å °-0.0513 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 247
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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