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万見
- PDB-5kxj: Crystal Structure of L-Aspartate Oxidase from Salmonella typhimur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kxj
タイトルCrystal Structure of L-Aspartate Oxidase from Salmonella typhimurium in the Complex with Substrate L-Aspartate
要素L-aspartate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta structure / alpha-beta-alpha sandwich / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


L-aspartate oxidase / L-aspartate oxidase activity / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-aspartate / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-aspartate oxidase / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain ...L-aspartate oxidase / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / L-aspartate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Kim, Y. / Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of L-Aspartate Oxidase from Salmonella typhimurium in the Complex with Substrate L-Aspartate
著者: Kim, Y. / Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Structure summary
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-aspartate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,05511
ポリマ－62,2401
非ポリマー81610
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: L-aspartate oxidase
ヘテロ分子

A: L-aspartate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,11122
ポリマ－124,4792
非ポリマー1,63220
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation19_555-x+1/4,-z+1/4,-y+1/41
Buried area4000 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area39230 Å2
手法PISA
3
A: L-aspartate oxidase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,33266
ポリマ－373,4376
非ポリマー4,89560
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation14_555-y+1/4,-x+1/4,-z+1/41
crystal symmetry operation19_555-x+1/4,-z+1/4,-y+1/41
crystal symmetry operation24_555-z+1/4,-y+1/4,-x+1/41
Buried area17090 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area112580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)290.937, 290.937, 290.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-856-

HOH

21A-946-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 L-aspartate oxidase / LASPO / Quinolinate synthase B


分子量: 62239.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: nadB, STM2641 / プラスミド: pMCSG28 / 詳細 (発現宿主): C-terminal 6 Histidine tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Magic / 参照: UniProt: Q8ZMX9, L-aspartate oxidase

-
非ポリマー , 5種, 257分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.1 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→50 Å / Num. obs: 84658 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 29.72 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 18.25
反射 シェル解像度: 1.87→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.903 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.524 / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2411: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→38.878 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.79
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1932 4299 5.1 %random
Rwork0.174 ---
obs0.175 84257 97.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→38.878 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3766 0 52 247 4065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7895547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.631515
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055615
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8701-1.89130.31821300.29672351X-RAY DIFFRACTION88
1.8913-1.91360.27471380.27382392X-RAY DIFFRACTION89
1.9136-1.93690.25021090.25052522X-RAY DIFFRACTION91
1.9369-1.96140.27241270.22422459X-RAY DIFFRACTION92
1.9614-1.98720.22421350.2262502X-RAY DIFFRACTION94
1.9872-2.01440.21821330.20082565X-RAY DIFFRACTION94
2.0144-2.04320.22791550.20432662X-RAY DIFFRACTION99
2.0432-2.07370.23271530.19372684X-RAY DIFFRACTION99
2.0737-2.10610.19851480.18352692X-RAY DIFFRACTION100
2.1061-2.14060.20791500.18322705X-RAY DIFFRACTION100
2.1406-2.17760.21811500.18552702X-RAY DIFFRACTION100
2.1776-2.21710.22941300.17682701X-RAY DIFFRACTION100
2.2171-2.25980.17921490.17052750X-RAY DIFFRACTION100
2.2598-2.30590.21031320.16872703X-RAY DIFFRACTION100
2.3059-2.3560.19181380.1682732X-RAY DIFFRACTION100
2.356-2.41080.1741430.16742717X-RAY DIFFRACTION100
2.4108-2.47110.21311290.16932697X-RAY DIFFRACTION100
2.4711-2.53790.17111520.16692709X-RAY DIFFRACTION100
2.5379-2.61260.17941570.17532730X-RAY DIFFRACTION99
2.6126-2.69690.22871430.16982707X-RAY DIFFRACTION99
2.6969-2.79330.20341560.1792720X-RAY DIFFRACTION99
2.7933-2.90510.21451530.17892699X-RAY DIFFRACTION99
2.9051-3.03720.17921380.18212739X-RAY DIFFRACTION99
3.0372-3.19730.23181450.18412702X-RAY DIFFRACTION99
3.1973-3.39750.17851330.17052735X-RAY DIFFRACTION98
3.3975-3.65960.18031310.16512744X-RAY DIFFRACTION98
3.6596-4.02760.16761850.15152692X-RAY DIFFRACTION97
4.0276-4.60960.13321370.14052735X-RAY DIFFRACTION97
4.6096-5.80450.18791670.16442717X-RAY DIFFRACTION96
5.8045-38.88650.21111530.1862793X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2131-0.05030.2861.12090.18532.2780.0041-0.05070.2125-0.0056-0.02160.108-0.1125-0.2011-0.01910.22630.0261-0.07080.1577-0.080.21723.251233.0237-6.1754
22.93610.7733-0.65753.42280.03672.59950.05780.46310.7421-0.69380.1088-0.1645-0.80070.1763-0.14980.6112-0.04540.01340.36610.01950.377543.985554.3643-3.6261
30.79270.39820.48321.28910.93491.69110.0544-0.05650.03280.0598-0.09860.11770.0118-0.04590.03520.2138-0.0024-0.04950.1917-0.05220.203833.211336.86197.0806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 202 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 203 through 353 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 354 through 535 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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