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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kxa | ||||||
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タイトル | Selective Inhibition of Autotaxin is Effective in Mouse Models of Liver Fibrosis | ||||||
要素 | Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ENPP2 / autotaxin / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / lysophospholipase activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity ...Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / lysophospholipase activity / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / positive regulation of epithelial cell migration / regulation of cell migration / 運動性 / 走化性 / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / nucleic acid binding / hydrolase activity / 免疫応答 / calcium ion binding / extracellular space / zinc ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å | ||||||
データ登録者 | Stein, A.J. / Bain, G. / Hutchinson, J.H. / Evans, J.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Pharmacol. Exp. Ther. / 年: 2017 タイトル: Selective Inhibition of Autotaxin Is Efficacious in Mouse Models of Liver Fibrosis. 著者: Bain, G. / Shannon, K.E. / Huang, F. / Darlington, J. / Goulet, L. / Prodanovich, P. / Ma, G.L. / Santini, A.M. / Stein, A.J. / Lonergan, D. / King, C.D. / Calderon, I. / Lai, A. / Hutchinson, J.H. / Evans, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kxa.cif.gz | 165.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kxa.ent.gz | 126.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kxa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/5kxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/5kxa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4zgaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 99042.578 Da / 分子数: 1 / 変異: N54A, N411A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENPP2, ATX, PDNP2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q13822, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 5種, 10分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 化合物 | ChemComp-6Y7 / | #6: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.71 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Sodium Acetate pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 133 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-325 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.59→65.84 Å / Num. obs: 23660 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 1.1 % / Net I/σ(I): 7.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ZGA 解像度: 2.59→65.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 9.562 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.771 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.59→65.84 Å
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拘束条件 |
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