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- PDB-5kvy: CRYSTAL STRUCTURE OF THE TWO TANDEM RRM DOMAINS OF PUF60 BOUND TO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kvy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE TWO TANDEM RRM DOMAINS OF PUF60 BOUND TO A PORTION OF AN ADML PRE-MRNA 3' SPLICE SITE ANALOG
要素
  • DNA (30-MER)
  • Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
キーワードSPLICING/DNA / TANDEM RRMS / PROTEIN-NUCLEIC ACID COMPLEX / SPLICING FACTOR / SPLICING-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA splice site recognition / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / cell junction / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / DNA binding / RNA binding ...alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA splice site recognition / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / cell junction / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Poly-U binding splicing factor, PUF60-like / PUF60, RNA recognition motif 1 / PUF60, RNA recognition motif 2 / PUF60, RNA recognition motif 3 / : / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...Poly-U binding splicing factor, PUF60-like / PUF60, RNA recognition motif 1 / PUF60, RNA recognition motif 2 / PUF60, RNA recognition motif 3 / : / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
Model detailsprotein / nucleic acid complex
データ登録者Hsiao, H.-H. / Crichlow, G.V. / Albright, R.A. / Murphy, J.W. / Lolis, E.J. / Braddock, D.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Cancer SocietyRSG-0-222-01 米国
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Unraveling the mechanism of recognition of the 3' splice site of the adenovirus major late promoter intron by the alternative splicing factor PUF60.
著者: Hsiao, H.T. / Crichlow, G.V. / Murphy, J.W. / Folta-Stogniew, E.J. / Lolis, E.J. / Braddock, D.T.
#1: ジャーナル: EMBO J. / 年: 2008
タイトル: Dimerization of FIR upon FUSE DNA binding suggests a mechanism of c-myc inhibition
著者: Crichlow, G.V. / Zhou, H. / Hsiao, H.H. / Frederick, K.B. / Debrosse, M. / Yang, Y. / Folta-Stogniew, E.J. / Chung, H.J. / Fan, C. / De la Cruz, E.M. / Levens, D. / Lolis, E. / Braddock, D.
履歴
登録2016年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.22020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年12月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_poly_seq_scheme ...atom_site / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq
Item: _atom_site.label_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id ..._atom_site.label_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
B: Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
C: DNA (30-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7154
ポリマ－55,6803
非ポリマー351
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.438, 62.438, 83.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細Authors have supported the biological unit analysis by performing size exclusion chromatography and light scattering

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要素

#1: タンパク質 Poly(U)-binding-splicing factor PUF60 / 60 kDa poly(U)-binding-splicing factor / FUSE-binding protein-interacting repressor / FBP- ...60 kDa poly(U)-binding-splicing factor / FUSE-binding protein-interacting repressor / FBP-interacting repressor / Ro-binding protein 1 / RoBP1 / Siah-binding protein 1 / Siah-BP1


分子量: 23408.537 Da / 分子数: 2 / 断片: tandem RRM domains / 変異: R123G, C129S, C255A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PUF60, FIR, ROBPI, SIAHBP1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UHX1
#2: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 8862.427 Da / 分子数: 1 / 断片: AdML3' / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence from the adenovirus major late pre-mRNA 3'splice site
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 0.1 M TRIS-HCl, 25% PEG 4000, 5-10 mM Barium Chloride Dihydrate, pH 8.7, mixed with 10 mg/ml protein-nucleic acid mixture in 50 mM TRIS-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 micromolar EDTA.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月9日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 26419 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QFJ

2qfj


解像度: 1.95→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: DATA WERE DE-TWINNED DURING REFINEMENT PROCESS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1139 4.3 %RANDOM, AFTER APPLICATION OF DETWINNING
Rwork0.196 ---
obs-24917 94.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.013 Å20 Å20 Å2
2---0.013 Å20 Å2
3---0.027 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3005 66 24 219 3314
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it2.5471.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it4.3792
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.02 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3358 115 -
Rwork0.2727 2280 -
obs--91.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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