[日本語] English
万見
- PDB-5kvr: X-Ray Crystal Structure of a Fragment (1-75) of a Transcriptional... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kvr
タイトルX-Ray Crystal Structure of a Fragment (1-75) of a Transcriptional Regulator PdhR from Escherichia coli CFT073
要素Pyruvate dehydrogenase complex repressor
キーワードTRANSLATION / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / Transcriptional Regulator PdhR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvate dehydrogenase complex repressor / Pyruvate dehydrogenase complex repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6:H1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Sandoval, J. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-Ray Crystal Structure of a Fragment (1-75) of a Transcriptional Regulator PdhR from Escherichia coli CFT073
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Sandoval, J. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyruvate dehydrogenase complex repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7731
ポリマ－8,7731
非ポリマー00
水1,62190
1
A: Pyruvate dehydrogenase complex repressor

A: Pyruvate dehydrogenase complex repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5462
ポリマ－17,5462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.270, 45.270, 59.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-170-

HOH

21A-190-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Pyruvate dehydrogenase complex repressor


分子量: 8773.154 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-75 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O6:H1 (strain CFT073 / ATCC 700928 / UPEC) (大腸菌)
株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC / 遺伝子: pdhR, c0140 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: P0ACM0, UniProt: P0ACL9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% P3350, NH4Acetate 0.2M, B-Tr 0.1M pH 5.5 Cryo-condition: paratone

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月6日 / 詳細: Be Lens
放射モノクロメーター: Single Laue Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→23.61 Å / Num. obs: 15449 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.36→1.4 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.009 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 94.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXDEV_2203精密化
XDSOct 15, 2015データ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D4S

5d4s


解像度: 1.36→23.61 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 792 5.14 %
Rwork0.177 --
obs0.178 15422 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→23.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数610 0 0 90 700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.675840
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.96254
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004112
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.36-1.44520.31761330.29962320X-RAY DIFFRACTION96
1.4452-1.55680.26221280.21572431X-RAY DIFFRACTION100
1.5568-1.71340.21161260.18742419X-RAY DIFFRACTION100
1.7134-1.96130.23691390.1792437X-RAY DIFFRACTION100
1.9613-2.47060.2271360.17332442X-RAY DIFFRACTION100
2.4706-23.61650.17221300.16282581X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る