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- PDB-5kvj: Crystal structure of the 16-mer doublestranded RNA. Northeast Str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kvj
タイトルCrystal structure of the 16-mer doublestranded RNA. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target RNA1
要素
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*UP*CP*CP*UP*CP*UP*AP*CP*AP*GP*GP*CP*G)-3')
  • RNA (5'-R(P*CP*GP*CP*CP*UP*GP*UP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*GP*G)-3')
キーワードRNA / double stranded RNA / dsRNA / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / PSI-Biology
機能・相同性ARGININE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.261 Å
データ登録者Vorobiev, S.M. / Ma, L.-C. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the 16-mer double stranded RNA.
著者: Vorobiev, S.M. / Ma, L.-C. / Montelione, G.T.
履歴
登録2016年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*UP*CP*CP*UP*CP*UP*AP*CP*AP*GP*GP*CP*G)-3')
B: RNA (5'-R(P*CP*GP*CP*CP*UP*GP*UP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4013
ポリマ-10,2262
非ポリマー1751
18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.299, 43.299, 124.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-207-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*UP*CP*CP*UP*CP*UP*AP*CP*AP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量: 5033.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*GP*CP*CP*UP*GP*UP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*GP*G)-3')


分子量: 5193.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H15N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 9
詳細: 2.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M BICINE, pH 9.0, dsRNA buffer: 0.025M NH4OAc, pH 5.5, 0.275 M NaCl, 0.005 M CaCl2, 0.001 M EDTA, 0.001 M TCEP, 0.025 M Arg, and 0.02% NaN3
PH範囲: 7.0-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 3824 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 37.2
反射 シェル解像度: 2.26→2.3 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3nd3
解像度: 2.261→21.649 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 189 4.97 %
Rwork0.1937 --
obs0.1958 3802 93.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.261→21.649 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12 682 0 10 704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3411193
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.923384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.05434
LS精密化 シェル解像度: 2.2605→21.6505 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 189 -
Rwork0.1937 3613 -
obs--93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1913-2.17845.6075.18340.50023.97550.23490.0358-0.65910.1630.0890.38790.6121-0.3399-0.30420.4864-0.13140.05420.41740.05090.57897.996816.27262.8187
25.7613-1.94763.09822.6827-5.63765.57730.307-0.2554-0.532-0.11330.1410.33570.561-0.0444-0.4970.5378-0.0897-0.03460.4412-0.09780.646310.012114.96847.732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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