ソフトウェア 名称 バージョン 分類 PHENIX(1.10.1_2155)精密化 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 3nd3解像度 : 2.261→21.649 Å / SU ML : 0.11 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 1.97 / 位相誤差 : 28.14 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.2334 189 4.97 % Rwork 0.1937 - - obs 0.1958 3802 93.14 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.261→21.649 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 12 682 0 10 704
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.01 771 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.341 1193 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d9.923 384 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.054 161 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.054 34
LS精密化 シェル 解像度 : 2.2605→21.6505 ÅRfactor 反射数 %反射 Rfree 0.2334 189 - Rwork 0.1937 3613 - obs - - 93 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 6.1913 -2.1784 5.607 5.1834 0.5002 3.9755 0.2349 0.0358 -0.6591 0.163 0.089 0.3879 0.6121 -0.3399 -0.3042 0.4864 -0.1314 0.0542 0.4174 0.0509 0.5789 7.9968 16.2726 2.8187 2 5.7613 -1.9476 3.0982 2.6827 -5.6376 5.5773 0.307 -0.2554 -0.532 -0.1133 0.141 0.3357 0.561 -0.0444 -0.497 0.5378 -0.0897 -0.0346 0.4412 -0.0978 0.6463 10.0121 14.9684 7.732
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain A2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain B