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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kv1 | |||||||||||||||
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タイトル | Human cyclophilin A at 278K, Data set 3 | |||||||||||||||
![]() | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A | |||||||||||||||
![]() | ISOMERASE / Conformational variation / Radiation damage | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding / Basigin interactions / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / positive regulation of viral genome replication / Binding and entry of HIV virion / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / activation of protein kinase B activity / neutrophil chemotaxis / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / Assembly Of The HIV Virion / negative regulation of protein kinase activity / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / protein folding / Platelet degranulation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Russi, S. / Gonzalez, A. / Kenner, L.R. / Keedy, D.A. / Fraser, J.S. / van den Bedem, H. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage. 著者: Russi, S. / Gonzalez, A. / Kenner, L.R. / Keedy, D.A. / Fraser, J.S. / van den Bedem, H. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 416.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 416.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5kulC ![]() 5kunC ![]() 5kuoC ![]() 5kuqC ![]() 5kurC ![]() 5kusC ![]() 5kuuC ![]() 5kuvC ![]() 5kuwC ![]() 5kuzC ![]() 5kv0C ![]() 5kv2C ![]() 5kv3C ![]() 5kv4C ![]() 5kv5C ![]() 5kv6C ![]() 5kv7C ![]() 5kvwC ![]() 5kvxC ![]() 5kvzC ![]() 5kw0C ![]() 5kw3C ![]() 5kw4C ![]() 5kw5C ![]() 5kw7C ![]() 5kw8C ![]() 5kxkC ![]() 5kxlC ![]() 5kxmC ![]() 5kxnC ![]() 5kxoC ![]() 5kxpC ![]() 5kxrC ![]() 5kxsC ![]() 5kxtC ![]() 5kxwC ![]() 5kxxC ![]() 5kxyC ![]() 5kxzC ![]() 5ky1C ![]() 5f66S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17905.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.49→38.66 Å / Num. obs: 28413 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 80442 / Scaling rejects: 313 |
反射 シェル | 解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.896 / CC1/2: 0.418 / % possible all: 64.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5F66 解像度: 1.7→34.02 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.47
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.08 Å2 / Biso mean: 20.8708 Å2 / Biso min: 3.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→34.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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