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- PDB-5kut: hMiro2 C-terminal GTPase domain, GDP-bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kut
タイトルhMiro2 C-terminal GTPase domain, GDP-bound
要素Mitochondrial Rho GTPase 2
キーワードHYDROLASE / Miro / GTPase / Parkin / Mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / mitochondrial outer membrane permeabilization / cellular homeostasis / regulation of mitochondrion organization / regulation of small GTPase mediated signal transduction / mitochondrion transport along microtubule / mitochondrion organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitochondrial outer membrane ...: / : / mitochondrial outer membrane permeabilization / cellular homeostasis / regulation of mitochondrion organization / regulation of small GTPase mediated signal transduction / mitochondrion transport along microtubule / mitochondrion organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitochondrial outer membrane / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial Rho GTPase 1/3, EF hand associated, type-1 / EF hand associated, type-2 / MIRO domain / Mitochondrial Rho GTPase / EF hand associated / EF hand associated / Miro domain profile. / Small GTPase / Ras family / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Mitochondrial Rho GTPase 1/3, EF hand associated, type-1 / EF hand associated, type-2 / MIRO domain / Mitochondrial Rho GTPase / EF hand associated / EF hand associated / Miro domain profile. / Small GTPase / Ras family / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Mitochondrial Rho GTPase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.693 Å
データ登録者Klosowiak, J.L. / Focia, P.J. / Rice, S.E. / Freymann, D.M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural insights into Parkin substrate lysine targeting from minimal Miro substrates.
著者: Klosowiak, J.L. / Park, S. / Smith, K.P. / French, M.E. / Focia, P.J. / Freymann, D.M. / Rice, S.E.
履歴
登録2016年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial Rho GTPase 2
B: Mitochondrial Rho GTPase 2
C: Mitochondrial Rho GTPase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1719
ポリマ－60,7683
非ポリマー1,4036
水6,828379
1
A: Mitochondrial Rho GTPase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7243
ポリマ－20,2561
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitochondrial Rho GTPase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7243
ポリマ－20,2561
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mitochondrial Rho GTPase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7243
ポリマ－20,2561
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.610, 122.760, 103.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-833-

HOH

21C-784-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Mitochondrial Rho GTPase 2 / hMiro-2 / Ras homolog gene family member T2


分子量: 20256.082 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminal GTPase domain (UNP residues 409-588) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOT2, ARHT2, C16orf39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IXI1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.84 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 14 mg/mL protein, 0.2 M magnesium formate, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月26日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→52.8 Å / Num. obs: 57061 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル最高解像度: 1.69 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4C0L

4c0l


解像度: 1.693→37.576 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 27.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 2804 4.96 %
Rwork0.2179 --
obs0.219 56761 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.693→37.576 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3769 0 87 379 4235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.645590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6772467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.693-1.71230.37451670.37643474X-RAY DIFFRACTION97
1.7123-1.73240.36672040.34743385X-RAY DIFFRACTION99
1.7324-1.75350.31812100.33993445X-RAY DIFFRACTION98
1.7535-1.77570.31891940.32693412X-RAY DIFFRACTION99
1.7757-1.79910.37141910.32833469X-RAY DIFFRACTION98
1.7991-1.82370.30431800.31663439X-RAY DIFFRACTION98
1.8237-1.84980.28361510.30633509X-RAY DIFFRACTION99
1.8498-1.87740.3391700.32313500X-RAY DIFFRACTION99
1.8774-1.90670.42151750.41743317X-RAY DIFFRACTION95
1.9067-1.9380.50281690.46613383X-RAY DIFFRACTION96
1.938-1.97140.37791490.31833471X-RAY DIFFRACTION99
1.9714-2.00730.26121840.2713461X-RAY DIFFRACTION99
2.0073-2.04590.27641520.25223570X-RAY DIFFRACTION99
2.0459-2.08760.26011750.24073512X-RAY DIFFRACTION100
2.0876-2.1330.26552060.24423431X-RAY DIFFRACTION99
2.133-2.18260.32291820.26023474X-RAY DIFFRACTION100
2.1826-2.23720.36951880.31873349X-RAY DIFFRACTION95
2.2372-2.29770.39391910.35173384X-RAY DIFFRACTION96
2.2977-2.36530.29081890.22973507X-RAY DIFFRACTION100
2.3653-2.44160.22362200.21663462X-RAY DIFFRACTION100
2.4416-2.52890.20471770.213518X-RAY DIFFRACTION100
2.5289-2.63010.23361610.21223528X-RAY DIFFRACTION100
2.6301-2.74970.24631920.2043477X-RAY DIFFRACTION100
2.7497-2.89470.21241830.20393548X-RAY DIFFRACTION100
2.8947-3.0760.2251750.21173498X-RAY DIFFRACTION100
3.076-3.31330.20831710.18943517X-RAY DIFFRACTION100
3.3133-3.64650.21381710.1793549X-RAY DIFFRACTION100
3.6465-4.17360.20641540.16493506X-RAY DIFFRACTION100
4.1736-5.2560.17832070.15023515X-RAY DIFFRACTION100
5.256-37.58540.15461930.1653441X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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