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- PDB-5ku9: Crystal structure of MCL1 with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ku9
タイトルCrystal structure of MCL1 with compound 1
要素Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / channel activity / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / cell differentiation / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6XJ / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ferguson, A.D.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Structure Based Design of Non-Natural Peptidic Macrocyclic Mcl-1 Inhibitors.
著者: Johannes, J.W. / Bates, S. / Beigie, C. / Belmonte, M.A. / Breen, J. / Cao, S. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Cuozzo, J.W. / Dumelin, C.E. / Ferguson, A.D. / Habeshian, S. / Hargreaves, D. ...著者: Johannes, J.W. / Bates, S. / Beigie, C. / Belmonte, M.A. / Breen, J. / Cao, S. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Cuozzo, J.W. / Dumelin, C.E. / Ferguson, A.D. / Habeshian, S. / Hargreaves, D. / Joubran, C. / Kazmirski, S. / Keefe, A.D. / Lamb, M.L. / Lan, H. / Li, Y. / Ma, H. / Mlynarski, S. / Packer, M.J. / Rawlins, P.B. / Robbins, D.W. / Shen, H. / Sigel, E.A. / Soutter, H.H. / Su, N. / Troast, D.M. / Wang, H. / Wickson, K.F. / Wu, C. / Zhang, Y. / Zhao, Q. / Zheng, X. / Hird, A.W.
履歴
登録2016年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9135
ポリマ－36,4552
非ポリマー1,4583
水1,56787
1
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9683
ポリマ－18,2281
非ポリマー7402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9452
ポリマ－18,2281
非ポリマー7171
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.381, 60.647, 69.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 18227.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS, HOMO SAPIENS / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97287*PLUS, exopolyphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-6XJ / (3~{S})-3-azanyl-4-(4-bromophenyl)-~{N}-[(3~{S})-1-[2-[[(2~{R})-1-(3,4-dichlorophenyl)-4-(methylamino)-4-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-2-oxidanylidene-4,5-dihydro-3~{H}-1-benzazepin-3-yl]butanamide


分子量: 717.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36BrCl2N5O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→44.39 Å / Num. obs: 15285 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 42.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4g35

4g35


解像度: 2.2→44.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Rfactor Rfree error: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.274 / SU Rfree Blow DPI: 0.209 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.214
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 775 5.07 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.19 15275 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.9822 Å20 Å20.2026 Å2
2--0.0174 Å20 Å2
3---6.9648 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→44.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2311 0 91 88 2490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012444HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.963288HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d913SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes60HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes401HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2444HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion304SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2937SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.35 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 116 4.18 %
Rwork0.225 2660 -
all0.228 2776 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4118-0.78331.14143.32-0.58573.67920.06610.2293-0.1127-0.0943-0.1393-0.0037-0.2357-0.07260.0733-0.13260.060.0439-0.1979-0.0324-0.1731-0.5999-18.923319.1375
29.6117-2.8253-3.6135.3907-1.49055.705-0.38580.225-1.4066-0.2452-0.32330.51390.3701-0.52720.7092-0.23140.23920.14970.2548-0.0348-0.104-28.251-14.00825.1637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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