PDB-5kta: Apo FdhC- a nucleotide-linked sugar GNAT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kta

タイトル

Apo FdhC- a nucleotide-linked sugar GNAT

要素

FdhC

キーワード

TRANSFERASE / GNAT / sugar / O-antigen

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter nosocomialis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Salinger, A.J. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Investigation of FdhC from Acinetobacter nosocomialis: A Sugar N-Acyltransferase Belonging to the GNAT Superfamily.
著者: Salinger, A.J. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.

履歴

登録	2016年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kta.cif.gz	54.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kta.ent.gz	37.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kta.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kta_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kta_full_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示
XML形式データ	5kta_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	5kta_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/5kta ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/5kta	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ktcC 5ktdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1s2b-d 1pjz-d 2pu3-d 4kea-6 5jd6-d 1wab-d 2vvc-5 1a2k-3 6m8t-d 1fj2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: FdhC

ヘテロ分子

22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.549, 69.549, 137.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-203- SO4

#1: タンパク質	FdhC 分子量: 22353.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter nosocomialis (バクテリア) 遺伝子: fdhC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5RDR9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.5 M AmSo4, 2% DMSO, 100 mM HEPPS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 16130 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
SADABS	2005/1	データスケーリング
SAINT	7.06A	データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Lab Model from SAD

解像度: 1.89→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 3.541 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2581	817	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1946	-	-	-
obs	0.19762	15290	98.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.496 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0.13 Å²	0 Å²
2-	-	0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.89→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1478	0	19	92	1589

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.846	1.935	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.064	3	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.321	5	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.478	24.651	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.626	15	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.337	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	394
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.252	2.209	715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.217	2.205	714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.343	3.293	893
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.342	3.295	894
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.144	2.514	825
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.142	2.515	826
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.841	3.622	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.37	17.657	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.369	17.667	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.894→1.943 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	75	-
R_work	0.253	1021	-
obs	-	-	92.33 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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