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- PDB-5kst: Stationary phase Survival protein E (SurE) from Xylella fastidios... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kst
タイトルStationary phase Survival protein E (SurE) from Xylella fastidiosa- XfSurE-TSAmp (Tetramer Smaller - crystallization with 3'AMP).
要素5'-nucleotidase SurE
キーワードHYDROLASE / Stationary phase survival protein E (SurE) / Xylella fastidiosa / crystallization.
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-nucleotidase activity / exopolyphosphatase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stationary-phase Survival Protein Sure Homolog; Chain: A, / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / Survival protein SurE / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / SurE-like phosphatase/nucleotidase superfamily / Survival protein SurE / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / PHOSPHATE ION / 5'-nucleotidase SurE
類似検索 - 構成要素
生物種Xylella fastidiosa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.759 Å
データ登録者Machado, A.T.P. / Fonseca, E.M.B. / Dos Reis, M.A. / Saraiva, A.M. / Dos Santos, C.A. / De Toledo, M.A.S. / Polikarpov, I. / De Souza, A.P. / Aparicio, R. / Iulek, J.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico (CNPq)140377/2008-5 ブラジル
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Conformational variability of the stationary phase survival protein E from Xylella fastidiosa revealed by X-ray crystallography, small-angle X-ray scattering studies, and normal mode analysis.
著者: Machado, A.T.P. / Fonseca, E.M.B. / Reis, M.A.D. / Saraiva, A.M. / Santos, C.A.D. / de Toledo, M.A.S. / Polikarpov, I. / de Souza, A.P. / Aparicio, R. / Iulek, J.
履歴
登録2016年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase SurE
B: 5'-nucleotidase SurE
C: 5'-nucleotidase SurE
D: 5'-nucleotidase SurE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,32118
ポリマ－117,9604
非ポリマー1,36114
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22140 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area36440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.001, 78.209, 82.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and ( ( resseq 1:129 or resseq 134:256...
211chain B and ( ( resseq 1:129 or resseq 134:256...
112chain C and ( ( resseq 1:126 or resseq 135:244...
212chain D and ( ( resseq 1:126 or resseq 135:244...

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
5'-nucleotidase SurE / Nucleoside 5'-monophosphate phosphohydrolase


分子量: 29490.037 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xylella fastidiosa (strain 9a5c) (バクテリア)
株: 9a5c / 遺伝子: surE, XF_0858 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PF20, 5'-nucleotidase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.1 M bis-tris propane pH 7.6, 0.14 M Sodium iodide, 20% (W/V) PEG 3350, 5 mM dithiotheitol and 0.1 manganese II chloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.428 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.428 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→77.957 Å / Num. obs: 24993 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.47 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 16.58
反射 シェル解像度: 2.76→2.84 Å / 冗長度: 5.13 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDS30/03/2013データ削減
XSCALE30/03/2013データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TY2

3ty2


解像度: 2.759→77.957 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 1254 5.02 %Random selection
Rwork0.1965 ---
obs0.1991 24988 97.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.759→77.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7763 0 30 198 7991
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057989
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8210941
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5242875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041440
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1819X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
21C1636X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D1636X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.759-2.86940.33721350.26632502X-RAY DIFFRACTION94
2.8694-30.30711410.25862635X-RAY DIFFRACTION97
3-3.15820.27211400.23712615X-RAY DIFFRACTION97
3.1582-3.35610.2971390.21522617X-RAY DIFFRACTION97
3.3561-3.61520.29051370.20152610X-RAY DIFFRACTION98
3.6152-3.9790.24021400.18152667X-RAY DIFFRACTION98
3.979-4.55470.20061430.1672682X-RAY DIFFRACTION98
4.5547-5.73820.23961380.18372680X-RAY DIFFRACTION99
5.7382-77.98860.20241410.17752726X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2340.2823-0.27521.5177-0.94171.88970.1066-0.20580.45060.215-0.00340.0912-0.23190.112-0.02920.3102-0.02440.01070.2171-0.05690.34347.644432.67122.5685
21.9484-0.24040.20321.2565-0.63972.0246-0.01860.0503-0.1981-0.18960.09510.05960.40780.0361-0.02570.4701-0.0101-0.04370.2424-0.02990.236947.56125.901520.9504
31.978-0.4295-0.37161.74680.37363.16570.0010.16280.2071-0.18320.0495-0.0215-0.2778-0.2972-0.04860.3262-0.0057-0.05860.32710.00650.263813.054132.874315.0088
41.7877-0.2524-0.26151.26420.70361.818-0.0976-0.1215-0.34780.506-0.07570.24380.7062-0.30410.08770.6062-0.09410.05270.3558-0.0240.364611.19186.871218.9063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:237 ) OR ( CHAIN B AND RESID 238:259 )A1 - 237
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:237 ) OR ( CHAIN B AND RESID 238:259 )B238 - 259
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 238:259 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1:237 )A238 - 259
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 238:259 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1:237 )B1 - 237
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:237 ) OR ( CHAIN D AND RESID 238:259 )C1 - 237
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:237 ) OR ( CHAIN D AND RESID 238:259 )D238 - 259
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 238:257 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1:237 )C238 - 257
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 238:257 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1:237 )D1 - 237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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