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万見
- PDB-5krb: GCNF DNA Binding Domain - Oct4 DR0 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5krb
タイトルGCNF DNA Binding Domain - Oct4 DR0 Complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*T)-3')
  • Nuclear receptor subfamily 6 group A member 1
キーワードtranscription/dna / Nuclear Receptor / Transcription Factor / DNA Binding / Development / Protein-DNA complex / transcription-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear Receptor transcription pathway / gamete generation / estrogen response element binding / nuclear receptor activity / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...Nuclear Receptor transcription pathway / gamete generation / estrogen response element binding / nuclear receptor activity / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear receptor subfamily 6 group A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Weikum, E.R. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)1R01DK095750-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1F31GM113397-01A1 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: A Structural Investigation into Oct4 Regulation by Orphan Nuclear Receptors, Germ Cell Nuclear Factor (GCNF), and Liver Receptor Homolog-1 (LRH-1).
著者: Weikum, E.R. / Tuntland, M.L. / Murphy, M.N. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2016年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年4月5日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*AP*GP*A)-3')
B: Nuclear receptor subfamily 6 group A member 1
E: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*T)-3')
G: Nuclear receptor subfamily 6 group A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5538
ポリマ－29,2924
非ポリマー2624
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.649, 69.469, 84.536
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4996.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 6 group A member 1 / Germ cell nuclear factor / mGCNF / Retinoid receptor-related testis-specific receptor / RTR


分子量: 9747.570 Da / 分子数: 2 / Mutation: C104S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nr6a1, Gcnf / プラスミド: LIC MBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q64249
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*CP*T)-3')


分子量: 4800.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 20% PEG 3350, 3% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 18322 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 46.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.167 / Χ2: 1.695 / Net I/av σ(I): 17.342 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 95317
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.183.50.65614860.690.3710.7580.90980.2
2.18-2.263.80.56616410.7980.3060.6461.03687.9
2.26-2.3740.46617850.8450.2510.5321.1695.4
2.37-2.494.30.40418660.9040.210.4571.34699.1
2.49-2.654.70.37618720.9290.1860.4211.49599.9
2.65-2.855.60.40318940.9370.1840.4441.54299.8
2.85-3.146.40.30518960.9750.1310.3321.77299.7
3.14-3.596.40.15319030.9910.070.1692.06799.8
3.59-4.526.40.1319390.9820.0570.1432.17699.8
4.52-506.20.12720400.9780.0570.142.07399.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Previous low resolution structure

解像度: 2.101→37.944 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 910 4.99 %
Rwork0.2156 17318 -
obs0.2183 18228 95.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.51 Å2 / Biso mean: 61.9231 Å2 / Biso min: 36.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.101→37.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1244 650 4 43 1941
Biso mean--51.78 54.58 -
残基数----188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5652775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8411107
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1005-2.21120.341080.31172037214581
2.2112-2.34980.32481230.29142365248893
2.3498-2.53120.30651330.27672524265799
2.5312-2.78580.32431350.266225552690100
2.7858-3.18870.34531350.281625562691100
3.1887-4.01680.29441340.20632574270898
4.0168-37.94970.20961420.16872707284999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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