PDB-5kqw: Directed Evolution of Transaminases By Ancestral Reconstruction. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kqw

タイトル

Directed Evolution of Transaminases By Ancestral Reconstruction. Using Old Proteins for New Chemistries

要素

4-aminobutyrate transaminase

キーワード

TRANSFERASE / phylogenetics / directed evolution / transaminase / protein engineering

機能・相同性

Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Wilding, M. / Newman, J. / Peat, T.S. / Scott, C.

引用

ジャーナル: Green Chemistry / 年: 2017
タイトル: Reverse engineering: transaminase biocatalyst development using ancestral sequence reconstruction
著者: Wilding, M. / Peat, T.S. / Kalyaanamoorthy, S. / Newman, J. / Scott, C. / Jermiin, L.S.

履歴

登録	2016年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kqw.cif.gz	362.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kqw.ent.gz	292.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/5kqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/5kqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kqtSC 5kquC 5kr3C 5kr4C 5kr5C 5kr6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kqu-2 4a72-2 4brh-d 6jix-2 4ah3-1 5kr4-d 4ajr-1 4ah3-2 4bvp-d 4brd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-aminobutyrate transaminase

B: 4-aminobutyrate transaminase

C: 4-aminobutyrate transaminase

D: 4-aminobutyrate transaminase

ヘテロ分子

209 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-aminobutyrate transaminase

B: 4-aminobutyrate transaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 4-aminobutyrate transaminase

D: 4-aminobutyrate transaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.051, 125.179, 110.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	A	A	3 - 458	23 - 478
2	1	VAL	VAL	B	B	3 - 458	23 - 478
1	2	LEU	LEU	A	A	3 - 459	23 - 479
2	2	LEU	LEU	C	C	3 - 459	23 - 479
1	3	LEU	LEU	A	A	3 - 459	23 - 479
2	3	LEU	LEU	D	D	3 - 459	23 - 479
1	4	VAL	VAL	B	B	3 - 458	23 - 478
2	4	VAL	VAL	C	C	3 - 458	23 - 478
1	5	VAL	VAL	B	B	3 - 458	23 - 478
2	5	VAL	VAL	D	D	3 - 458	23 - 478
1	6	LEU	LEU	C	C	3 - 459	23 - 479
2	6	LEU	LEU	D	D	3 - 459	23 - 479

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	4-aminobutyrate transaminase 分子量: 52185.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: beta-alanine-pyruvate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 150 plus 150 nL drops with protein at 10 mg/mL and reservoir conditions of 15% PEG 8000, 17% glycerol, 150 mM MgCl2, 100 mM Tris pH 7.2. Seeding used to nucleate crystal formation.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→47.2 Å / Num. obs: 85391 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC_1/2: 0.654 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5kqt

5kqt

解像度: 2.23→47.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.813 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19198	4237	5 %	RANDOM
R_work	0.16374	-	-	-
obs	0.16514	81119	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.983 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	-0 Å²	-0.88 Å²
2-	-	-0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.23→47.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14005	0	30	564	14599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	14447
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	13702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.56	1.956	19590
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.995	3	31564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.926	5	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.689	23.77	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.386	15	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.287	15	81
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	16514
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.667	2.121	7352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.665	2.121	7351
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.531	3.175	9197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.531	3.175	9198
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.626	2.437	7095
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.626	2.437	7095
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.204	3.532	10394
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.727	40.767	61634
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.727	40.767	61635
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	30042	0.05
1	2	B	30042	0.05
2	1	A	30052	0.05
2	2	C	30052	0.05
3	1	A	30248	0.04
3	2	D	30248	0.04
4	1	B	30246	0.05
4	2	C	30246	0.05
5	1	B	30076	0.05
5	2	D	30076	0.05
6	1	C	29920	0.05
6	2	D	29920	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.23→2.288 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	350	-
R_work	0.281	5929	-
obs	-	-	99.07 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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