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- PDB-5kqe: Solution structure of P2a-J2a/b-P2b of medaka telomerase RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kqe
タイトルSolution structure of P2a-J2a/b-P2b of medaka telomerase RNA
要素Telomerase RNA P2ab
キーワードRNA / Telomerase RNA TR Medaka P2ab
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Oryzias latipes (ヒメダカ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wang, Y. / Feigon, J.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM48123 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM112503 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM112294 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1517625 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC03-02ER63421 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural conservation in the template/pseudoknot domain of vertebrate telomerase RNA from teleost fish to human.
著者: Wang, Y. / Yesselman, J.D. / Zhang, Q. / Kang, M. / Feigon, J.
履歴
登録2016年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase RNA P2ab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4651
ポリマ－11,4651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 Telomerase RNA P2ab


分子量: 11464.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oryzias latipes (ヒメダカ)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic12D 1H-1H NOESY
123isotropic12D 1H-1H TOCSY
234isotropic12D 1H-1H NOESY
244isotropic12D 1H-1H TOCSY
155isotropic22D 1H-15N HSQC
265isotropic22D 1H-13C HSQC
172isotropic23D (H)CCH-TOCSY
282isotropic22D filtered/edited NOESY
193isotropic32D DQF-COSY
1103isotropic2JNN-COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution510 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1.0 mM [U-13C; U-15N] Telomerase RNA P2ab, 90% H2O/10% D2Olabelled sample13C_15N_H2O90% H2O/10% D2O
solution210 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1.0 mM [U-13C; U-15N] Telomerase RNA P2ab, 100% D2Olabelled sample13C_15N_D2O100% D2O
solution310 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1.0 mM Telomerase RNA P2ab, 90% H2O/10% D2Ounlabelled sampleH2O90% H2O/10% D2O
solution410 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 1.0 mM Telomerase RNA P2ab, 100% D2Ounlabelled sampleD2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMsodium phosphatenatural abundance5
100 mMpotassium chloridenatural abundance5
1.0 mMTelomerase RNA P2ab[U-13C; U-15N]5
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMpotassium chloridenatural abundance2
1.0 mMTelomerase RNA P2ab[U-13C; U-15N]2
10 mMsodium phosphatenatural abundance3
100 mMpotassium chloridenatural abundance3
1.0 mMTelomerase RNA P2abnatural abundance3
10 mMsodium phosphatenatural abundance4
100 mMpotassium chloridenatural abundance4
1.0 mMTelomerase RNA P2abnatural abundance4
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mMconditions_2836.4 1 atm283 K
2100 mMconditions_2986.4 1 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DMXBrukerDMX5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
X-PLOR NIH2.42Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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