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- PDB-5kqb: Identification and structural characterization of LytU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kqb
タイトルIdentification and structural characterization of LytU
要素Peptidase M23
キーワードHYDROLASE / lysostaphin / LytU / peptidoglycan / zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


lysostaphin / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysostaphin / lysostaphin
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Raulinaitis, V. / Tossavainen, H. / Permi, P.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Identification and structural characterization of LytU, a unique peptidoglycan endopeptidase from the lysostaphin family.
著者: Raulinaitis, V. / Tossavainen, H. / Aitio, O. / Juuti, J.T. / Hiramatsu, K. / Kontinen, V. / Permi, P.
履歴
登録2016年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase M23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3382
ポリマ－16,2721
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area100 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area8820 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Peptidase M23 / Peptidase family M23


分子量: 16272.134 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 49-192 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: lytM_3, AS858_11005, ERS093009_01996 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D6GI13, UniProt: Q2G1F1*PLUS, lysostaphin
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D HN(COCA)CB
161isotropic13D C(CO)NH
1101isotropic13D HBHA(CO)NH
191isotropic13D H(CCO)NH
1121isotropic13D (H)CCH-COSY
1151isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1141isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1111isotropic13D 1H-15N NOESY
1131isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] LytU, 20 mM Bis-Tris buffer, 93% H2O/7% D2O
Label: sample_1 / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMLytU[U-13C; U-15N]1
20 mMBis-Tris buffer1
試料状態Ionic strength units: Not defined / Label: sample_1 / pH: 6.5 / 圧: ambient atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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