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万見
- PDB-5kq5: AMPK bound to allosteric activator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kq5
タイトルAMPK bound to allosteric activator
要素
  • (5'-AMP-activated protein kinase subunit ...) x 2
  • 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
キーワードTRANSFERASE / Kinase Allosteric Activator
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic elongation factor-2 kinase activator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / positive regulation of mitochondrial transcription / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly ...eukaryotic elongation factor-2 kinase activator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / positive regulation of mitochondrial transcription / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cold acclimation / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / regulation of bile acid secretion / positive regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of skeletal muscle tissue development / import into nucleus / CAMKK-AMPK signaling cascade / regulation of vesicle-mediated transport / nucleotide-activated protein kinase complex / : / tau-protein kinase / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / protein kinase regulator activity / cellular response to ethanol / negative regulation of TOR signaling / protein localization to lipid droplet / response to caffeine / motor behavior / bile acid and bile salt transport / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / lipid biosynthetic process / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / tau-protein kinase activity / cholesterol biosynthetic process / AMP binding / fatty acid oxidation / fatty acid homeostasis / negative regulation of lipid catabolic process / cellular response to nutrient levels / regulation of microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of autophagy / cellular response to glucose starvation / response to UV / positive regulation of protein localization / energy homeostasis / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of adipose tissue development / positive regulation of glycolytic process / cellular response to calcium ion / response to gamma radiation / response to activity / positive regulation of D-glucose import / cellular response to glucose stimulus / ADP binding / regulation of circadian rhythm / response to hydrogen peroxide / Wnt signaling pathway / autophagy / fatty acid biosynthetic process / cellular response to hydrogen peroxide / response to estrogen / neuron cellular homeostasis / glucose metabolic process / cellular response to prostaglandin E stimulus / rhythmic process / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / glucose homeostasis / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / nuclear speck / response to xenobiotic stimulus / protein phosphorylation / apical plasma membrane / axon / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / chromatin binding / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #60 / Double Stranded RNA Binding Domain / PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : ...Double Stranded RNA Binding Domain - #60 / Double Stranded RNA Binding Domain / PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Other non-globular / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Special / Immunoglobulin E-set / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6VT / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / STAUROSPORINE / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Calabrese, M.F. / Kurumbail, R.G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery and Preclinical Characterization of 6-Chloro-5-[4-(1-hydroxycyclobutyl)phenyl]-1H-indole-3-carboxylic Acid (PF-06409577), a Direct Activator of Adenosine Monophosphate- ...タイトル: Discovery and Preclinical Characterization of 6-Chloro-5-[4-(1-hydroxycyclobutyl)phenyl]-1H-indole-3-carboxylic Acid (PF-06409577), a Direct Activator of Adenosine Monophosphate-activated Protein Kinase (AMPK), for the Potential Treatment of Diabetic Nephropathy.
著者: Cameron, K.O. / Kung, D.W. / Kalgutkar, A.S. / Kurumbail, R.G. / Miller, R. / Salatto, C.T. / Ward, J. / Withka, J.M. / Bhattacharya, S.K. / Boehm, M. / Borzilleri, K.A. / Brown, J.A. / ...著者: Cameron, K.O. / Kung, D.W. / Kalgutkar, A.S. / Kurumbail, R.G. / Miller, R. / Salatto, C.T. / Ward, J. / Withka, J.M. / Bhattacharya, S.K. / Boehm, M. / Borzilleri, K.A. / Brown, J.A. / Calabrese, M. / Caspers, N.L. / Cokorinos, E. / Conn, E.L. / Dowling, M.S. / Edmonds, D.J. / Eng, H. / Fernando, D.P. / Frisbie, R. / Hepworth, D. / Landro, J. / Mao, Y. / Rajamohan, F. / Reyes, A.R. / Rose, C.R. / Ryder, T. / Shavnya, A. / Smith, A.C. / Tu, M. / Wolford, A.C. / Xiao, J.
履歴
登録2016年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
C: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,42613
ポリマ－118,2593
非ポリマー2,16810
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12220 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area35280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.500, 124.500, 402.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細Hetero-trimer (ABC) as determined with copurification, gel-filtration, functional evidence.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 / AMPK subunit alpha-1 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA ...AMPK subunit alpha-1 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase kinase / HMGCR kinase / Tau-protein kinase PRKAA1


分子量: 57779.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkaa1, Ampk1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P54645, non-specific serine/threonine protein kinase, EC: 2.7.11.27, [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase, tau-protein kinase

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5'-AMP-activated protein kinase subunit ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 / AMPKb / 5'-AMP-activated protein kinase 40 kDa subunit


分子量: 23045.273 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 68-270 / Mutation: S108D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkab1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80386
#3: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / AMPKg


分子量: 37434.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkag1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80385

-
非ポリマー , 6種, 10分子

#4: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-6VT / 6-chloranyl-5-[4-(1-oxidanylcyclobutyl)phenyl]-1~{H}-indole-3-carboxylic acid / PF-06409577


分子量: 341.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16ClNO3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#8: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: ~750 mM Ammonium Acetate, 500 mM Lithium Sulfate, 100 mM trisodium citrate, 1% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. obs: 25248 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 89.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Χ2: 1.375 / Net I/av σ(I): 12.371 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 105416
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.4-3.463.10.681194.2
3.46-3.523.40.577194.8
3.52-3.593.70.573196.7
3.59-3.663.90.532197.2
3.66-3.744.20.5197.6
3.74-3.834.30.367197.7
3.83-3.924.20.427197.3
3.92-4.034.40.29197.4
4.03-4.154.40.24197.3
4.15-4.284.50.2197.1
4.28-4.434.40.168197.1
4.43-4.614.40.139196.8
4.61-4.824.40.126196.3
4.82-5.074.40.119196.4
5.07-5.394.40.12196.6
5.39-5.84.40.118196.2
5.8-6.384.40.109195.7
6.38-7.294.30.079194.8
7.29-9.154.20.044194.9
9.15-303.90.034192.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.11.6精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QFG

4qfg


解像度: 3.41→29.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9079 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8672 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.44 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.443
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1248 4.95 %RANDOM
Rwork0.2207 ---
obs0.2225 25221 96.47 %-
原子変位パラメータBiso max: 216.2 Å2 / Biso mean: 115.34 Å2 / Biso min: 57.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.0578 Å20 Å20 Å2
2---6.0578 Å20 Å2
3---12.1157 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.41→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6089 0 141 0 6230
Biso mean--130.88 --
残基数----804
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2042SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes110HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes995HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6380HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion879SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7314SEMIHARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6380HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8744HARMONIC21.16
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.12
LS精密化 シェル解像度: 3.41→3.55 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3017 123 4.51 %
Rwork0.2429 2604 -
all0.2455 2727 -
obs--94.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3509-0.1142-0.22831.35020.89592.36980.1233-0.04360.1406-0.1577-0.15070.1966-0.6186-0.35130.02750.34540.0693-0.01880.1956-0.1391-0.205929.1056-75.1895-15.9195
21.9767-0.6795-2.02690.38521.38433.61850.0120.02030.2315-0.12540.09320.1936-0.57-0.2278-0.10510.41140.1153-0.0080.1284-0.1005-0.171635.2615-67.5603-30.9449
33.8935-2.4422-1.29264.59253.00595.10090.0309-0.72860.6907-0.18830.7945-0.9241-0.37030.9308-0.8254-0.0060.17250.1080.246-0.3907-0.044622.0795-40.707616.4466
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A10 - 548
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B78 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C28 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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