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- PDB-5kol: Crystal structure of the competence-damaged protein (CinA) superf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kol
タイトルCrystal structure of the competence-damaged protein (CinA) superfamily protein ECK1530/EC0983 from Escherichia coli
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / CinA / Competence-damaged protein / outer membrane biogenesis / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Disease
機能・相同性CinA-like / CinA, C-terminal / CinA-like, C-terminal / Competence-damaged protein / Maf protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / ACETATE ION / Inactive PncC family protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Wawrak, Z. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2016年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6778
ポリマ－73,4554
非ポリマー2224
水12,160675
1
A: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8554
ポリマ－36,7282
非ポリマー1282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15600 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8224
ポリマ－36,7282
非ポリマー942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.690, 89.150, 245.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-202-

ACT

21B-202-

ACT

31B-322-

HOH

41D-221-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 18363.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: ydeJ, ECs2146, Z2161 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XB29
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.5 M ammonium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→37.885 Å / Num. obs: 65002 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.838 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHENIX位相決定
HKL-3000データスケーリング
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A9S

2a9s


解像度: 1.91→37.885 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.55
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2511 3302 5.1 %RANDOM
Rwork0.2065 ---
obs0.2088 64773 98.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→37.885 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5140 0 12 678 5830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075282
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8377177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6831888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054850
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004931
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-1.93730.61171260.55112351X-RAY DIFFRACTION92
1.9373-1.96620.39951340.40222423X-RAY DIFFRACTION94
1.9662-1.99690.35111170.31422521X-RAY DIFFRACTION100
1.9969-2.02970.31691200.28562638X-RAY DIFFRACTION100
2.0297-2.06470.31781400.28522516X-RAY DIFFRACTION100
2.0647-2.10220.3481520.27642570X-RAY DIFFRACTION100
2.1022-2.14270.30361350.26152555X-RAY DIFFRACTION100
2.1427-2.18640.28181360.2522597X-RAY DIFFRACTION100
2.1864-2.23390.31071330.27882500X-RAY DIFFRACTION98
2.2339-2.28590.41191400.35272361X-RAY DIFFRACTION92
2.2859-2.3430.28691480.24632570X-RAY DIFFRACTION100
2.343-2.40640.2841540.23182540X-RAY DIFFRACTION100
2.4064-2.47720.27781350.21582579X-RAY DIFFRACTION100
2.4772-2.55710.2581580.21662584X-RAY DIFFRACTION100
2.5571-2.64850.28521140.21352576X-RAY DIFFRACTION100
2.6485-2.75450.28661340.21472577X-RAY DIFFRACTION100
2.7545-2.87980.23911340.20992586X-RAY DIFFRACTION100
2.8798-3.03160.28911420.20782596X-RAY DIFFRACTION100
3.0316-3.22140.23221440.2042597X-RAY DIFFRACTION100
3.2214-3.470.26021350.18992622X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.81890.21841390.17372588X-RAY DIFFRACTION100
3.8189-4.37080.20191320.15082632X-RAY DIFFRACTION100
4.3708-5.50410.15771330.14982680X-RAY DIFFRACTION100
5.5041-37.89210.19661670.16762712X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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