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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kol | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the competence-damaged protein (CinA) superfamily protein ECK1530/EC0983 from Escherichia coli | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / CinA / Competence-damaged protein / outer membrane biogenesis / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | CinA-like / CinA, C-terminal / CinA-like, C-terminal / Competence-damaged protein / Maf protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / ACETATE ION / Inactive PncC family protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Wawrak, Z. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: To be published 著者: Stogios, P.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2a9sS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18363.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.5 M ammonium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→37.885 Å / Num. obs: 65002 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.96 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.838 / % possible all: 94.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2A9S 解像度: 1.91→37.885 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.55
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→37.885 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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