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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kod | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of GH3.5 Acyl Acid Amido Synthetase from Arabidopsis thaliana | ||||||
要素 | Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.5 | ||||||
キーワード | LIGASE / ANL / adenylating enzyme / acyl acid amido synthetase / adenylation ligase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 indole-3-acetic acid amido synthetase activity / positive regulation of camalexin biosynthetic process / camalexin biosynthetic process / : / acid-amino acid ligase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) / response to auxin / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.202 Å | ||||||
データ登録者 | Jez, J.M. / Westfall, C.S. / Zubieta, C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016 タイトル: Arabidopsis thaliana GH3.5 acyl acid amido synthetase mediates metabolic crosstalk in auxin and salicylic acid homeostasis. 著者: Westfall, C.S. / Sherp, A.M. / Zubieta, C. / Alvarez, S. / Schraft, E. / Marcellin, R. / Ramirez, L. / Jez, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kod.cif.gz | 918 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kod.ent.gz | 764.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kod.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/5kod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/5kod | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4eqlS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69358.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GH3.5, At4g27260, M4I22.70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) 参照: UniProt: O81829, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) #2: 化合物 | ChemComp-AMP / #3: 化合物 | ChemComp-IAC / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 20% PEG-8000 0.1 M N-cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid, pH 9.5 2 mM MgCl2 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine 5 mM IAA 5 mM AMP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→42.2 Å / Num. obs: 108566 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2.26 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 11.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4EQL 解像度: 2.202→42.164 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.202→42.164 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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