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万見
- PDB-5ko2: Mouse pgp 34 linker deleted mutant Hg derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ko2
タイトルMouse pgp 34 linker deleted mutant Hg derivative
要素Multidrug resistance protein 1A
キーワードHYDROLASE / Mouse pgp / multidrug resistance / drug transport / Mercury derivative
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone transport / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / Atorvastatin ADME / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / response to quercetin / cellular response to external biotic stimulus ...hormone transport / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / Atorvastatin ADME / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / response to quercetin / cellular response to external biotic stimulus / regulation of intestinal absorption / negative regulation of sensory perception of pain / response to antineoplastic agent / positive regulation of establishment of Sertoli cell barrier / Prednisone ADME / response to alcohol / ceramide translocation / terpenoid transport / ceramide floppase activity / response to glycoside / floppase activity / establishment of blood-retinal barrier / protein localization to bicellular tight junction / ABC-type oligopeptide transporter activity / ABC-family proteins mediated transport / cellular response to L-glutamate / response to thyroxine / establishment of blood-brain barrier / phosphatidylethanolamine flippase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / intercellular canaliculus / export across plasma membrane / response to vitamin D / ABC-type xenobiotic transporter / P-type phospholipid transporter / response to vitamin A / ABC-type xenobiotic transporter activity / response to glucagon / intestinal absorption / phospholipid translocation / cellular response to antibiotic / cellular hyperosmotic salinity response / maintenance of blood-brain barrier / cellular response to alkaloid / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to cadmium ion / lactation / cellular response to dexamethasone stimulus / cellular response to estradiol stimulus / response to progesterone / female pregnancy / brush border membrane / placenta development / circadian rhythm / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ATP-dependent translocase ABCB1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Xia, D. / Esser, L. / Zhou, F.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structures of the Multidrug Transporter P-glycoprotein Reveal Asymmetric ATP Binding and the Mechanism of Polyspecificity.
著者: Esser, L. / Zhou, F. / Pluchino, K.M. / Shiloach, J. / Ma, J. / Tang, W.K. / Gutierrez, C. / Zhang, A. / Shukla, S. / Madigan, J.P. / Zhou, T. / Kwong, P.D. / Ambudkar, S.V. / Gottesman, M.M. / Xia, D.
履歴
登録2016年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Data collection / Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance protein 1A
B: Multidrug resistance protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,39516
ポリマ－275,5872
非ポリマー2,80814
水00
1
A: Multidrug resistance protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,1978
ポリマ－137,7931
非ポリマー1,4047
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Multidrug resistance protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,1978
ポリマ－137,7931
非ポリマー1,4047
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.185, 114.741, 375.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Multidrug resistance protein 1A / ATP-binding cassette sub-family B member 1A / MDR1A / Multidrug resistance protein 3 / P-glycoprotein 3


分子量: 137793.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abcb1a, Abcb4, Mdr1a, Mdr3, Pgy-3, Pgy3 / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P21447, xenobiotic-transporting ATPase
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein is pre-incubated with p-chloromercury phenylsulfonate to a final concentration of 4 mM of the organo mercury compound. To 10.5 ul of protein/organomercury, 3.5 ul of the precipitant ...詳細: Protein is pre-incubated with p-chloromercury phenylsulfonate to a final concentration of 4 mM of the organo mercury compound. To 10.5 ul of protein/organomercury, 3.5 ul of the precipitant 25 mM HEPES 7.5 pH, 100 mM NaCl, 0.3 mM Cymal -7, 28% PEG400 was added. Reservoir: 50 mM HEPES 7.5pH, 100 mM NaCl and 30% PEG400.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→49.109 Å / Num. obs: 114118 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 114.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.154 / Χ2: 0.991 / Net I/av σ(I): 13.443 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 1309474
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.3-3.388.30.9680.217189.4
3.38-3.469.20.9050.302190.5
3.46-3.559.80.8290.474191.1
3.55-3.6610.30.6940.67191.4
3.66-3.7810.70.60.78191.4
3.78-3.91110.4790.886192
3.91-4.0711.30.3720.939191.8
4.07-4.2511.70.2820.967191.7
4.25-4.4812.10.2190.982192
4.48-4.7612.40.1750.988192
4.76-5.1312.50.1580.99191.7
5.13-5.6412.60.1490.99192
5.64-6.4612.80.1410.991192.4
6.46-8.13130.1060.996196.1
8.13-5014.10.1040.994197.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2443精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M1M

4m1m


解像度: 3.3→33.536 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2848 3756 3.31 %Random
Rwork0.243 ---
obs0.2444 113533 92.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→33.536 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18374 0 14 0 18388
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00518732
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66425295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5296807
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522914
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043215
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.34170.36691320.35893839X-RAY DIFFRACTION87
3.3417-3.38570.34811330.35783997X-RAY DIFFRACTION90
3.3857-3.4320.42581360.35333970X-RAY DIFFRACTION91
3.432-3.4810.35451370.35293988X-RAY DIFFRACTION90
3.481-3.53290.36211380.33934037X-RAY DIFFRACTION92
3.5329-3.5880.35441360.3263990X-RAY DIFFRACTION90
3.588-3.64680.34931430.33084054X-RAY DIFFRACTION92
3.6468-3.70960.38061320.30524000X-RAY DIFFRACTION91
3.7096-3.7770.321430.30534124X-RAY DIFFRACTION92
3.777-3.84950.36631350.29444020X-RAY DIFFRACTION92
3.8495-3.9280.31571350.28594094X-RAY DIFFRACTION92
3.928-4.01320.27871340.27823972X-RAY DIFFRACTION92
4.0132-4.10640.27891370.25774103X-RAY DIFFRACTION92
4.1064-4.2090.24421390.24974037X-RAY DIFFRACTION92
4.209-4.32250.2731430.2384030X-RAY DIFFRACTION92
4.3225-4.44940.24271400.22564100X-RAY DIFFRACTION92
4.4494-4.59270.23521390.20684029X-RAY DIFFRACTION92
4.5927-4.75640.21781390.2044037X-RAY DIFFRACTION93
4.7564-4.94630.20951380.20464087X-RAY DIFFRACTION92
4.9463-5.17060.24751390.2144074X-RAY DIFFRACTION92
5.1706-5.44220.3161340.22944015X-RAY DIFFRACTION92
5.4422-5.78150.31691420.24974095X-RAY DIFFRACTION92
5.7815-6.22530.27421380.24984022X-RAY DIFFRACTION93
6.2253-6.84690.27031430.23384156X-RAY DIFFRACTION94
6.8469-7.82670.27391440.22284266X-RAY DIFFRACTION97
7.8267-9.81960.22531560.18154310X-RAY DIFFRACTION98
9.8196-33.53750.31771510.23574331X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77180.2898-0.24483.5521.04631.76680.24010.24180.0176-1.0538-0.30230.66270.15360.1306-0.25551.06270.0669-0.17080.4916-0.38030.980236.246851.90325.5074
22.66470.2857-0.46651.7130.9831.27690.25360.18810.5281-0.59970.0856-0.0253-0.6734-0.1555-0.30081.246-0.12540.01650.72130.07040.876819.792274.12839.6599
31.33461.2780.92973.01932.1411.53070.1653-0.11770.0904-0.11620.1054-0.128-0.45130.1479-0.27971.2114-0.02130.04380.885-0.23211.106344.454488.518444.5204
41.34360.48440.15420.19460.19180.68540.0277-0.06130.18210.2182-0.19460.23180.1578-0.2150.15070.7707-0.1234-0.00840.4655-0.10240.939719.999969.240123.61
50.38190.41970.07940.22130.0263-0.08010.0071-0.5002-0.41770.17030.20050.40740.39810.4637-0.2321.1886-0.11590.23361.044-0.29311.12571.31792.042646.3151
66.04762.9099-3.10271.1092-1.68392.03440.5001-0.71090.66580.31640.05680.331-0.54970.2487-0.6450.82760.09520.27811.28840.03291.12120.876255.707384.3237
71.30930.2645-0.86770.6186-0.49681.5075-0.0675-0.06810.0690.00210.1134-0.05360.24470.0886-0.05240.8885-0.03680.1651.1081-0.01660.870552.732647.97274.3532
86.5087-1.64271.59824.78460.2435.8379-0.39161.1214-0.6492-0.49490.38310.105-0.53110.3669-0.04460.56070.06260.19020.7655-0.07390.723464.93362.249437.424
90.6258-0.522-0.10661.4943-0.30990.8251-0.17680.0023-0.2962-0.20080.1447-0.12770.2661-0.0412-0.02250.9132-0.15810.04540.9372-0.12930.837437.954238.307868.8125
103.5256-1.0733-1.41111.51280.25930.7780.1529-0.73110.7308-0.40070.1622-0.2346-0.16090.6194-0.33011.0217-0.28360.24551.3698-0.2090.92766.941219.287652.1522
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 152 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 153 through 323 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 324 through 572 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 573 through 961 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 962 through 1272 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 28 through 153 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 154 through 479 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 480 through 581 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 582 through 961 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 962 through 1271 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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