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- PDB-5knp: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis hypoxanthine guan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5knp
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase in complex with [3S,4R]-(4-(Hypoxanthin-9-yl)pyrrolidin-3-yl)-oxymethanephosphonic acid
要素Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / inhibitor / complex / phosphoribosyltransferase / nucleoside phosphonates / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP biosynthetic process / purine-containing compound salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / GMP biosynthetic process ...IMP biosynthetic process / purine-containing compound salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / GMP biosynthetic process / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6W7 / PYROPHOSPHATE 2- / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Eng, W.S. / Rejman, D. / Keough, D.T. / Guddat, L.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase in complex with pyrrolidine nucleoside phosphonate
著者: Eng, W.S. / Rejman, D. / Keough, D.T. / Guddat, L.W.
履歴
登録2016年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,03820
ポリマ－91,8794
非ポリマー2,15916
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,01910
ポリマ－45,9402
非ポリマー1,0808
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
3
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,01910
ポリマ－45,9402
非ポリマー1,0808
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area15390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.264, 85.678, 154.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / HGPRTase


分子量: 22969.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: hpt, hprT, Rv3624c, MTCY15C10.28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WHQ9, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-6W7 / [(3~{S},4~{R})-4-(6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)pyrrolidin-3-yl]oxymethylphosphonic acid / [3S,4R]-(4-(Hypoxanthin-9-yl)pyrrolidin-3-yl)-oxymethanephosphonic acid


分子量: 315.222 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O5P
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The well solution: 20% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 0.2 M MgCl2. The drop consisted of an equal volume of well solution and protein inhibitor complex

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→46.44 Å / Num. obs: 27104 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RHT

4rht


解像度: 2.45→46.44 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2979 1997 7.38 %
Rwork0.23 --
obs0.235 27051 96.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.31 Å2 / Biso mean: 45.4514 Å2 / Biso min: 4.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→46.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5510 0 164 164 5838
Biso mean--51.2 34.64 -
残基数----711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5587914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022926
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002993
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.082078
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4459-2.50710.36551400.30711772191298
2.5071-2.57490.33741420.30851773191598
2.5749-2.65060.35271430.30961788193198
2.6506-2.73620.36391420.31161779192198
2.7362-2.8340.36181420.31481789193198
2.834-2.94740.33361420.29351781192398
2.9474-3.08150.35111440.27671802194698
3.0815-3.2440.3471410.25741770191198
3.244-3.44720.28111430.23111779192297
3.4472-3.71320.31681410.2281780192197
3.7132-4.08670.28321430.19581792193597
4.0867-4.67760.23941430.16851790193396
4.6776-5.89130.2351430.18081804194795
5.8913-46.44950.27751480.19071855200393
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0741-0.1424-0.86781.907-0.0162.6632-0.32441.08940.354-0.46880.2026-0.052-0.2490.05110.12320.4514-0.0392-0.02480.42780.00510.162-29.254910.8926-39.9248
21.161-1.67740.9544.638-4.6125.54980.70661.1879-0.6263-0.9935-0.5787-0.58591.05652.6886-0.24570.44140.05740.03271.1504-0.3970.8882-3.60437.2786-31.1812
33.68580.2233-0.44413.40070.92341.6641-0.0941-0.22940.11340.20670.2193-0.16720.02710.0882-0.11980.34120.0146-0.03840.2769-0.00020.189-19.31229.1762-22.835
47.58590.1861-0.8736.3924-0.1411.72070.2147-0.02980.26890.0511-0.03070.2573-0.5986-0.2043-0.15060.3286-0.00740.01310.23650.05870.1991-33.543915.1917-31.0743
55.5824-1.0245-2.29893.0116-0.09843.32620.07710.3773-0.187-0.4675-0.15010.13560.1118-0.00260.08270.3926-0.0034-0.0160.1516-0.05950.2037-22.9718-10.6662-40.2023
66.04541.97844.59017.06973.30228.6530.046-0.0780.8096-0.37620.00970.87690.3533-0.7846-0.05470.4145-0.0757-0.01570.30160.13750.3455-38.123-6.3243-27.5969
72.9134-0.138-0.13161.297-0.69186.320.1791-0.2586-0.09770.22730.020.22990.4721-0.1222-0.18920.2899-0.0160.05520.18740.00350.2737-31.742-5.2049-22.5055
83.7527-5.5448-2.61178.38185.09529.0879-0.5315-0.34240.0670.49030.4282-0.37890.90870.23320.03190.388-0.0886-0.00880.34860.02960.3603-30.6346-14.7275-20.9136
97.9339-1.8626-3.1764.36833.79314.469-0.2362-0.144-0.82820.59910.15460.43920.5634-0.01190.07860.394-0.0002-0.00660.19420.03350.3555-31.5148-19.3651-27.4796
105.35144.64592.82956.28922.15957.6391-0.0905-0.2905-0.58150.2887-0.0754-0.41670.24470.45790.17840.2240.10740.01540.389-0.06290.3387-14.9788-12.3752-31.474
114.13680.9535-3.01262.90710.25035.27070.01480.2307-0.36280.02950.2665-1.26980.91150.517-0.24310.30510.0593-0.10550.2741-0.16470.4177-10.4194-9.7204-34.5042
126.3678-5.0043-1.34677.88921.6915.1457-0.3517-1.137-0.29630.89350.43370.64720.020.02830.06360.4208-0.10680.13420.52370.00130.3424-36.0325-3.108719.9359
132.4729-0.29340.88292.6681-0.37097.9325-0.167-0.051-0.31440.1516-0.0495-0.43230.031-0.0711-0.06740.2399-0.01440.06280.30340.00370.4005-27.967-8.27455.3221
141.8455-0.7596-0.93224.78770.98343.84550.0494-0.0126-0.2870.1067-0.2590.24020.3823-0.32130.22640.2957-0.0335-0.00080.34390.03670.3303-36.9361-9.38145.5913
150.8046-0.4805-2.12889.65874.45246.74040.55820.33860.5334-0.05210.04440.8669-0.1487-0.7138-0.54520.32850.14340.06650.5070.13110.5351-42.58869.661813.414
164.5112-2.00150.66428.1436-1.93395.3337-0.1719-0.83420.00381.4682-0.0716-0.1664-0.5650.49980.21510.5159-0.07950.03320.5054-0.01530.2836-17.13576.615418.8591
173.3685-1.1812-3.21274.76712.0558.52270.1124-0.060.06730.081-0.18790.0529-0.10670.23670.07190.2335-0.0519-0.02890.30280.03790.2318-23.7548.20563.2438
184.253-0.99210.82576.2008-0.66429.37910.198-0.1060.0842-0.3082-0.2094-0.2109-0.13890.56780.07160.294-0.08510.01070.24990.04750.3596-13.791912.31153.7877
193.41970.38450.30646.64512.80412.7243-0.3279-0.029-0.041-0.06570.4116-0.86210.1820.6579-0.02370.26530.0174-0.01640.46960.13850.4671-8.519-1.454211.6026
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 47 )A17 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 58 )A48 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 59 through 151 )A59 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 152 through 200 )A152 - 200
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 18 through 47 )B18 - 47
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 48 through 68 )B48 - 68
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 69 through 116 )B69 - 116
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 117 through 141 )B117 - 141
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 142 through 167 )B142 - 167
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 168 through 187 )B168 - 187
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 188 through 201 )B188 - 201
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 17 through 48 )C17 - 48
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 49 through 107 )C49 - 107
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 108 through 186 )C108 - 186
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 187 through 202 )C187 - 202
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 17 through 55 )D17 - 55
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 56 through 116 )D56 - 116
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 117 through 157 )D117 - 157
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 158 through 202 )D158 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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