PDB-5kn2: Native bovine skeletal calsequestrin, high-Ca2+ form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kn2

タイトル

Native bovine skeletal calsequestrin, high-Ca2+ form

要素

Calsequestrin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / calsequestrin / calcium / polymerization / glycosylation

機能・相同性

機能・相同性情報

Stimuli-sensing channels / regulation of store-operated calcium entry / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum lumen / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / endoplasmic reticulum organization / sarcomere organization / protein polymerization / sarcoplasmic reticulum membrane / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.601 Å

データ登録者

Lewis, K.M. / Byrd, S.S. / Kang, C.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2016
タイトル: Characterization of Post-Translational Modifications to Calsequestrins of Cardiac and Skeletal Muscle.
著者: Lewis, K.M. / Munske, G.R. / Byrd, S.S. / Kang, J. / Cho, H.J. / Rios, E. / Kang, C.

履歴

登録	2016年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kn2.cif.gz	615.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kn2.ent.gz	522.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kn2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kn2_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kn2_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5kn2_validation.xml.gz	35.8 KB	表示
CIF形式データ	5kn2_validation.cif.gz	49.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5kn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5kn2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kn0C 5kn1SC 5kn3C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5crh-d 5kn1-2 2b8t-d 5kn1-1 6ue4-d 5crg-2 5crg-1 5cre-1 3v1w-2 2vaf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calsequestrin

B: Calsequestrin

C: Calsequestrin

ヘテロ分子

127 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Calsequestrin

ヘテロ分子

A: Calsequestrin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Calsequestrin

C: Calsequestrin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.363, 169.194, 155.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-505- HOH

#1: タンパク質

Calsequestrin

分子量: 41554.277 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 35-395 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q05JF3

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 27.5 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.601→49.957 Å / Num. obs: 52807 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.0633 / Net I/σ(I): 13.25
反射シェル	解像度: 2.601→2.674 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 1.416 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. measured obs: 5112 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
HKL-2000	v712	データ削減
HKL-2000	v712	データスケーリング
PHENIX	1.10_2155	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KN1

5kn1

解像度: 2.601→49.947 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2411	1998	3.78 %
R_work	0.2053	-	-
obs	0.2066	52795	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.601→49.947 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8540	0	39	5	8584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8741
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.843	11908
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.046	5224
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1312
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1585

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6013-2.6663	0.3501	136	0.3364	3469	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6663-2.7384	0.3517	142	0.3085	3611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7384-2.819	0.3273	140	0.2999	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.819-2.91	0.3175	143	0.2888	3595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.0139	0.3336	142	0.2905	3608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0139-3.1346	0.3583	142	0.2757	3617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1346-3.2772	0.3668	143	0.2564	3624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2772-3.45	0.2613	142	0.2307	3623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.6661	0.259	143	0.206	3625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6661-3.949	0.2408	142	0.1925	3647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.949-4.3462	0.2223	144	0.1704	3635	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3462-4.9746	0.2125	144	0.1511	3672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9746-6.2656	0.2236	146	0.2017	3701	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2656-49.9566	0.1993	149	0.1967	3785	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6194	1.2322	0.6729	1.7848	-0.5556	2.3126	0.0285	-0.0706	-0.037	0.0053	-0.172	-0.1814	-0.2526	0.6921	0.0001	0.7183	-0.1434	-0.0293	0.9367	-0.0754	0.6818	154.9905	14.7509	7.0403
2	2.7317	-0.6821	0.4417	1.6541	-1.1126	1.7592	-0.0675	-0.2334	0.3438	0.194	0.2527	0.3417	-0.2477	-0.1825	-0.0001	0.6946	0.084	0.0643	0.5441	-0.0397	0.5485	124.7099	18.4242	10.5052
3	0.9854	0.854	-0.4152	1.3074	-0.1398	1.2749	-0.0018	0.1141	-0.0959	0.0974	0.0856	-0.0267	0.0146	0.1667	0	0.6834	0.0972	-0.0576	0.6356	-0.0102	0.5115	134.5204	-7.8678	17.3926
4	1.016	-0.4565	1.0789	0.1342	-0.4176	1.0874	0.073	0.4544	-0.528	0.0405	0.1565	-0.2672	0.6133	0.0285	0.0002	1.0609	-0.2037	0.0757	1.2936	-0.3815	1.0747	158.4844	7.0916	43.0531
5	1.0597	0.9751	0.3707	1.8166	-0.8005	3.2918	-0.3796	0.6904	-0.4601	-0.1288	0.2768	-0.0479	0.3339	-0.2651	-0.0007	0.9885	-0.3217	0.0219	1.1453	-0.1877	0.847	156.838	15.2699	41.6445
6	1.7473	-0.1106	0.2379	0.4678	-0.3028	0.9321	-0.1949	1.0509	1.3122	-0.1951	-0.0071	0.1538	-0.1107	-0.0647	-0.0003	0.8845	-0.2141	-0.2101	1.1086	0.2193	1.1878	146.6407	39.1807	45.2294
7	1.6957	0.2666	0.6405	2.1923	-0.8859	0.858	-0.4365	1.2917	1.828	-0.5399	-0.0882	0.1632	-0.6307	0.2327	-0.0038	1.2538	-0.3304	-0.3548	1.5824	0.4472	1.4818	148.4309	43.7786	36.5037
8	0.0575	0.2141	0.3391	0.8094	0.7753	0.9701	-0.3495	1.254	0.0301	0.1007	0.398	0.5322	-0.0989	0.0934	0.0026	0.9399	-0.4614	-0.0419	1.6562	0.1534	0.8944	169.4822	37.7637	35.3414
9	0.2548	0.0256	-0.2195	0.107	-0.0061	0.3437	0.2523	1.0156	0.6471	-0.4025	0.5589	-1.2988	-0.0925	0.4583	0.0009	1.3641	-0.3802	0.183	2.0069	0.0821	1.3118	180.6661	32.7234	31.6056
10	0.3303	0.0356	0.0882	0.6075	0.1039	0.0347	0.069	-0.27	0.2005	-1.0995	0.4289	-1.2791	-0.822	1.1828	0.0044	1.7249	-0.3912	-0.01	2.197	0.1711	1.5452	178.0662	46.2108	26.8669
11	1.955	1.2818	0.237	4.057	0.3128	1.3417	-0.1814	0.3058	-0.0262	0.199	0.088	-0.9314	-0.1723	0.4638	0	0.7236	-0.1576	-0.1628	0.8737	-0.0105	1.1365	185.2595	32.5202	57.7297
12	3.8805	0.8883	-1.0194	0.2968	0.1213	1.3298	0.0149	0.179	0.1566	0.0241	-0.0307	-0.2902	-0.1231	0.4199	0.0001	0.8059	-0.174	-0.2128	0.5641	0.0267	0.7561	164.5639	33.5559	64.6894
13	2.5346	1.0517	-0.4295	0.7725	0.2264	0.3843	0.4458	-0.3161	0.1994	-0.2276	-0.1916	0.4706	0.4219	-0.4884	-0.0001	0.9075	-0.1285	-0.0161	0.6757	-0.0238	0.8918	154.7409	32.2518	71.4965

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:129)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 130:227)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 228:355)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 4:50)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 51:126)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 127:180)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 181:232)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 233:294)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 295:326)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 327:354)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 3:227)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 228:301)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 302:354)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)