PDB-5kn1: Recombinant bovine skeletal calsequestrin, high-Ca2+ form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kn1

タイトル

Recombinant bovine skeletal calsequestrin, high-Ca2+ form

要素

Calsequestrin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / calsequestrin / polymer / calcium

機能・相同性

機能・相同性情報

Stimuli-sensing channels / regulation of store-operated calcium entry / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum lumen / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / endoplasmic reticulum organization / sarcomere organization / protein polymerization / sarcoplasmic reticulum membrane / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.137 Å

データ登録者

Lewis, K.M. / Byrd, S. / Kang, C.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2016
タイトル: Characterization of Post-Translational Modifications to Calsequestrins of Cardiac and Skeletal Muscle.
著者: Lewis, K.M. / Munske, G.R. / Byrd, S.S. / Kang, J. / Cho, H.J. / Rios, E. / Kang, C.

履歴

登録	2016年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2016年10月5日	ID: 4TLY
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kn1.cif.gz	631.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kn1.ent.gz	534.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kn1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5kn1_validation.pdf.gz	459.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kn1_full_validation.pdf.gz	465.7 KB	表示
XML形式データ	5kn1_validation.xml.gz	41.5 KB	表示
CIF形式データ	5kn1_validation.cif.gz	60 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5kn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5kn1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5kn0C 5kn2C 5kn3C 3trpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5crg-2 5crh-d 5kn2-1 5crg-1 5kn2-2 6ue4-d 6oww-2 6oww-1 2vaf-1 6oww-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calsequestrin

B: Calsequestrin

C: Calsequestrin

ヘテロ分子

127 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Calsequestrin

ヘテロ分子

A: Calsequestrin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
84.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Calsequestrin

C: Calsequestrin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
84.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.669, 165.604, 156.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

対称性

点対称性: (シェーンフリース記号: C₂ (2回回転対称))
らせん対称: (Rotation per n subunits: 120 °)

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-625- HOH
2	1	A-686- HOH

#1: タンパク質	Calsequestrin 分子量: 41554.277 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 35-395 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: casq1, CASQ1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05JF3
#2: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.46 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 27.5 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.137→43.626 Å / Num. obs: 96658 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.0922 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.137→2.213 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.8878 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. measured obs: 9078 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
HKL-2000	v712	データ削減
HKL-2000	v712	データスケーリング
PHENIX	1.10_2155	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3trp

3trp

解像度: 2.137→43.626 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2011	2000	2.07 %
R_work	0.1836	-	-
obs	0.184	96587	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.137→43.626 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8458	0	73	461	8992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8690
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.684	11813
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.509	5227
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1275
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1572

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1371-2.1905	0.2525	131	0.2417	6228	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1905-2.2497	0.3231	141	0.2508	6658	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2497-2.3159	0.2669	142	0.2445	6720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3159-2.3907	0.2097	142	0.2154	6735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3907-2.4761	0.2225	143	0.2115	6740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4761-2.5752	0.2422	142	0.2148	6745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5752-2.6924	0.2422	144	0.2155	6774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6924-2.8343	0.2511	143	0.2228	6782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8343-3.0119	0.2174	144	0.218	6793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0119-3.2444	0.2313	144	0.216	6798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2444-3.5707	0.1937	144	0.1846	6808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5707-4.0871	0.1777	145	0.1573	6820	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0871-5.148	0.1484	145	0.1336	6890	X-RAY DIFFRACTION	100
5.148-43.6347	0.1923	150	0.169	7096	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.135	0.3143	0.249	0.5803	0.5546	0.4582	0.1089	-0.0483	0.1458	0.2638	-0.2073	0.2314	-0.3555	-0.484	-0.0003	0.3506	-0.1338	-0.0493	0.5862	0.1143	0.4408	-32.2053	-12.0309	-2.7993
2	0.871	-0.9729	-0.2508	1.1136	0.2112	0.2095	-0.4018	-0.0604	-0.7739	0.6224	0.3328	0.5803	0.9532	-0.5553	-0.0363	0.664	-0.3222	-0.0295	0.5285	0.0961	0.4712	-33.0491	-26.6992	10.6502
3	0.8847	0.508	0.1819	0.7949	-0.759	1.3273	-0.0049	0.1983	-0.234	0.3184	-0.3263	0.4795	0.2323	-0.8103	0.0001	0.3359	-0.0702	0.0305	0.5715	0.0149	0.3942	-32.0319	-12.8072	12.9499
4	0.0901	0.0117	0.0627	0.0348	0.0275	0.0376	0.4227	0.133	0.4634	0.2124	0.4437	0.0761	0.5715	-0.236	0.0008	0.7694	0.1115	0.0586	0.9896	0.0794	0.81	-42.1739	-0.6015	11.8606
5	1.1999	0.3042	0.011	1.9542	0.2618	0.9778	0.1539	0.1207	-0.0309	-0.114	-0.089	0.4058	0.1226	-0.6619	-0.0003	0.3174	-0.0517	-0.0341	0.4928	0.0651	0.3545	-30.71	-11.5505	3.2023
6	0.2245	-0.4089	0.0324	1.0111	0.233	0.4365	0.3908	-0.481	-0.7407	0.3384	-0.392	0.834	0.4708	-0.5767	-0.0146	0.4931	-0.2363	-0.0046	0.7102	0.1094	0.422	-33.9378	-18.4991	20.9748
7	1.7044	0.9133	0.1039	0.491	0.2294	0.8481	0.1627	-0.1016	-0.0473	-0.0042	-0.1304	-0.0571	0.0744	-0.1794	-0.0002	0.3468	-0.0839	-0.0083	0.3136	0.0853	0.2684	-20.8035	-13.1699	10.7647
8	0.2469	0.1555	-0.0401	0.0658	0.1023	0.0439	-0.1166	0.916	-0.6414	0.1205	-0.0097	-0.3212	0.2541	-0.147	0.0002	0.4208	0.0438	-0.0289	0.4158	0.0303	0.3318	-3.5379	-20.0356	2.1459
9	1.4516	0.1618	0.563	0.4199	0.3506	1.1905	-0.0408	0.0406	-0.0239	0.1357	0.1271	-0.0552	-0.1773	0.1827	-0	0.2946	0.0405	-0.0552	0.3227	-0.0085	0.383	4.5086	-13.0267	5.1434
10	1.599	-0.1111	1.0595	0.3491	-0.0407	0.8942	0.0472	-0.0205	-0.5783	0.0046	0.1596	0.2346	0.4696	-0.0831	-0	0.4808	0.0402	-0.0696	0.2917	0.0305	0.4479	-1.7703	-23.115	9.9575
11	0.0855	0.0257	-0.0086	0.0552	-0.0777	0.1296	-0.1843	0.1217	0.7901	-0.3303	0.0919	-0.6214	0.1552	1.128	0.0003	0.3653	0.1182	-0.0823	0.5281	0.0483	0.5256	14.5827	-17.1702	5.4367
12	0.6707	-0.4058	0.1353	0.36	-0.168	0.9445	-0.0446	-0.1428	0.1542	0.4074	0.0785	-0.6648	0.0972	0.2003	-0	0.324	0.1016	-0.1015	0.3747	0.0172	0.4123	6.9645	-13.1523	15.1959
13	0.2401	0.2444	-0.0241	0.1789	-0.0548	0.622	-0.079	-0.5588	-0.3175	0.9124	0.1796	-0.3823	0.0623	0.1194	0.0002	0.5183	0.09	-0.0495	0.5146	0.118	0.4015	0.3371	-20.7893	21.4104
14	0.2321	-0.0594	0.156	0.0387	-0.0491	0.0556	-0.2344	-0.9138	-0.2521	0.128	0.3282	0.3921	-0.2168	-0.4159	-0.0004	0.3677	0.067	0.0106	0.4585	0.0578	0.3567	-5.0094	-3.7376	19.5396
15	1.6077	1.0134	-0.2837	1.0958	0.3767	0.7547	0.0507	-0.1207	-0.0236	0.0833	-0.008	-0.0563	0.0218	-0.0699	-0.0001	0.3033	0.024	0.0129	0.3097	0.0421	0.27	-10.1537	3.3367	14.1903
16	0.1864	0.1167	0.1061	0.1273	-0.0241	0.1845	0.2226	0.2114	0.0755	-0.4588	-0.1021	-0.8793	0.455	0.3117	-0.0002	0.3772	0.0369	0.0089	0.3675	-0.016	0.3901	2.5668	8.2029	12.6727
17	0.9274	0.1319	-0.5404	1.7952	0.5631	0.6359	-0.2447	-0.1455	0.2217	0.407	0.0709	-0.2169	-0.0386	0.0965	0.0004	0.3782	0.0426	0.0038	0.2907	0.0448	0.2704	-5.0807	3.329	15.9034
18	0.1106	0.0891	0.1597	0.1205	0.1026	0.1397	0.0176	0.0049	0.6942	-0.121	-0.2286	0.3484	-0.2083	-0.0057	-0	0.3154	0.0548	0.0738	0.3859	-0.0123	0.3566	-18.5654	13.9896	12.9003
19	0.6527	-0.7437	-0.0421	1.3231	0.4621	0.3991	-0.0329	-0.0276	0.078	0.2699	-0.1271	0.3846	-0.1816	-0.0973	-0.0001	0.3561	-0.0033	0.1107	0.3261	-0.0504	0.3452	-11.5114	14.1232	19.4708
20	1.2408	0.346	0.3392	0.8833	0.7555	0.5713	0.4363	-0.3516	0.2394	0.072	0.128	-0.3219	0.0055	-0.2913	0.0121	0.412	-0.0393	-0.0186	0.4578	-0.0545	0.376	0.1777	16.0072	20.7195
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17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 273:294)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 295:304)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 305:326)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 327:349)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 4:12)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 13:22)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 23:33)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 34:43)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 44:56)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 57:82)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 83:123)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 124:132)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 133:150)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 151:165)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 166:200)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 201:204)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 205:224)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 225:231)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 232:263)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 264:273)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 274:301)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 302:318)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 319:326)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 327:349)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain C and resid 5:13)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain C and resid 14:25)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain C and resid 26:31)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain C and resid 32:43)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain C and resid 44:53)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain C and resid 54:82)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain C and resid 83:110)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain C and resid 111:125)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain C and resid 126:134)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain C and resid 135:164)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain C and resid 165:201)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain C and resid 202:224)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain C and resid 225:232)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain C and resid 233:255)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain C and resid 256:266)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain C and resid 267:282)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain C and resid 283:301)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain C and resid 302:318)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain C and resid 319:326)
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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