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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5klp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HopZ1a in complex with IP6 | ||||||
![]() | Orf34 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Ser/Thr acetyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() O-acetyltransferase activity / host cytoskeleton / inositol hexakisphosphate binding / metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / toxin activity / host cell cytoplasm / host cell nucleus / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Z.-M. / Song, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a pathogen effector reveals the enzymatic mechanism of a novel acetyltransferase family. 著者: Zhang, Z.M. / Ma, K.W. / Yuan, S. / Luo, Y. / Jiang, S. / Hawara, E. / Pan, S. / Ma, W. / Song, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 380 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 322.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38196.559 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 29-369 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CIT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 18-26% PEG 550 MME, 0.1 M sodium citrate, pH 5.2, 200 mM ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9774 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 119760 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 17.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.002→49.889 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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