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- PDB-5klf: Structure of CBM_E1, a novel carbohydrate-binding module found by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5klf
タイトルStructure of CBM_E1, a novel carbohydrate-binding module found by sugar cane soil metagenome, complexed with cellopentaose and gadolinium ion
要素Carbohydrate binding module E1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate-binding protein / metagenomics / cellulose / biofuels
機能・相同性beta-cellopentaose / GADOLINIUM ATOM / Carbohydrate binding module E1
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Liberato, M.V. / Campos, B.M. / Zeri, A.C.M. / Squina, F.M.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/04105-4 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/06336-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2008/58037-9 ブラジル
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: A Novel Carbohydrate-binding Module from Sugar Cane Soil Metagenome Featuring Unique Structural and Carbohydrate Affinity Properties.
著者: Campos, B.M. / Liberato, M.V. / Alvarez, T.M. / Zanphorlin, L.M. / Ematsu, G.C. / Barud, H. / Polikarpov, I. / Ruller, R. / Gilbert, H.J. / Zeri, A.C. / Squina, F.M.
履歴
登録2016年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate binding module E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,72814
ポリマ－10,0121
非ポリマー2,71613
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Carbohydrate binding module E1
ヘテロ分子

A: Carbohydrate binding module E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,45528
ポリマ－20,0242
非ポリマー5,43126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_565x,-y+1,-z+1/21
Buried area3780 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area9840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.410, 88.410, 88.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-107-

GD

21A-299-

HOH

31A-340-

HOH

41A-341-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Carbohydrate binding module E1


分子量: 10011.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R5P8X1
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム


分子量: 157.250 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.48 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.48 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→31.26 Å / Num. obs: 10827 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 16.98 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 113653 / Scaling rejects: 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.8410.30.81465956410.9080.2650.8574100
9-31.269.30.0719271000.9990.0240.07524.997.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.2データスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.801→31.258 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.16 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1911 526 4.86 %
Rwork0.1683 10295 -
obs0.1694 10821 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.47 Å2 / Biso mean: 21.2063 Å2 / Biso min: 7.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.801→31.258 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数670 0 67 141 878
Biso mean--67.83 30.52 -
残基数----93
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1811018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.609389
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8009-1.98210.24011540.192125282682
1.9821-2.26890.1931100.16525542664
2.2689-2.85820.20641230.176525772700
2.8582-31.26230.16831390.159426362775
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65-0.0805-0.02231.3646-0.77691.36290.03540.1181-0.01720.0443-0.0655-0.1482-0.12740.10550.02020.1189-0.01340.0040.15230.0310.134752.786142.937931.0692
24.9751.80671.30252.77230.60253.33390.0275-0.218-0.03090.2511-0.16290.0209-0.151-0.0007-0.05330.1363-0.00740.00330.14880.01160.134550.599438.587739.7162
33.2138-1.3450.72811.1588-0.41441.0435-0.06020.16760.0671-0.034-0.1978-0.3934-0.07030.34590.06930.1195-0.02110.00920.21410.07280.191958.709140.671631.3123
40.7766-0.1608-0.13541.2449-0.69421.73450.04860.02320.0256-0.1403-0.0912-0.12330.17060.27070.03990.11380.0313-0.00720.15540.01950.125656.17331.112933.472
51.68780.29280.23272.1827-0.66251.65240.07890.0111-0.1366-0.3167-0.1564-0.12680.46880.35050.09780.14850.05710.01550.20.01250.145158.826428.020534.3268
62.29770.2947-1.17882.061-1.50783.1816-0.01720.30450.2857-0.11650.1224-0.03610.08420.00170.00620.1320.0045-0.00670.18080.02390.132152.607736.652729.7958
74.42280.1273-1.23511.0527-0.79721.54440.01090.24770.03760.1406-0.0586-0.13790.00130.19010.01790.1136-0.0061-0.01560.18770.01020.09955.572533.67940.2009
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 20 )A6 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 29 )A21 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 30 through 35 )A30 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 36 through 60 )A36 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 61 through 76 )A61 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 77 through 86 )A77 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 87 through 97 )A87 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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