PDB-5klc: Structure of CBM_E1, a novel carbohydrate-binding module found by...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5klc

タイトル

Structure of CBM_E1, a novel carbohydrate-binding module found by sugar cane soil metagenome

要素

Carbohydrate binding module E1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate-binding protein / metagenomics / cellulose / biofuels

機能・相同性

Carbohydrate binding module E1

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.746 Å

データ登録者

Liberato, M.V. / Campos, B.M. / Zeri, A.C.M. / Squina, F.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: A Novel Carbohydrate-binding Module from Sugar Cane Soil Metagenome Featuring Unique Structural and Carbohydrate Affinity Properties.
著者: Campos, B.M. / Liberato, M.V. / Alvarez, T.M. / Zanphorlin, L.M. / Ematsu, G.C. / Barud, H. / Polikarpov, I. / Ruller, R. / Gilbert, H.J. / Zeri, A.C. / Squina, F.M.

履歴

登録	2016年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5klc.cif.gz	51.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5klc.ent.gz	35.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5klc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5klc_validation.pdf.gz	398 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5klc_full_validation.pdf.gz	398 KB	表示
XML形式データ	5klc_validation.xml.gz	6.9 KB	表示
CIF形式データ	5klc_validation.cif.gz	9.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5klc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5klc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kleC 5klfSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bqp-1 5klf-d 4bd3-d 2j8b-d 1iqz-d 2zzs-32 5j7d-7 4bvc-d 1b3c-d 2vkr-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Carbohydrate binding module E1

10 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.391, 26.514, 99.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.780, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-589- HOH

#1: タンパク質	Carbohydrate binding module E1 分子量: 10011.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R5P8X1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.74 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M CAPS, pH 10.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.46 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.46 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→27.62 Å / Num. obs: 7638 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.74-1.78	5.5	0.972	1.9	1	81
9.06-27.62	5.9	0.034	29.8	1	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.2	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.10.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KLF

5klf

解像度: 1.746→26.922 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2073	412	5.4 %
R_work	0.1539	-	-
obs	0.1566	7635	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 48.25 Å² / B_iso mean: 17.0854 Å² / B_iso min: 8.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.746→26.922 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	676	0	0	116	792
B_iso mean	-	-	-	29.64	-
残基数	-	-	-	-	93

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	690
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.815	937
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	103
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	121
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.846	393

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7464-1.9991	0.2794	134	0.1859	2336	2470	98
1.9991-2.5183	0.184	173	0.1479	2373	2546	100
2.5183-26.9248	0.201	105	0.1478	2514	2619	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4162	-0.1035	0.3891	2.0687	-0.7893	1.982	-0.0315	0.163	-0.0119	0.121	0.0308	0.0622	-0.0697	0.0095	0.0048	0.1421	-0.0172	0.0057	0.1415	-0.0214	0.1044	-5.3022	-7.6245	-20.3094
2	2.6653	-2.1064	1.7992	4.1887	-0.1377	1.8642	0.0307	0.2852	-0.2466	-0.0876	0.0075	0.0776	0.1166	0.2012	0.0649	0.099	0.0236	0.0022	0.1418	0.0276	0.1352	2.0824	-2.7958	-18.3776
3	2.7097	1.8009	0.0605	6.674	-2.7144	4.5793	0.049	0.0388	-0.0823	-0.2533	0.0067	0.107	0.4681	-0.0914	-0.0641	0.1246	-0.0151	-0.0165	0.1085	-0.0192	0.1381	-7.6913	-10.6979	-16.083
4	3.5288	0.1837	0.44	1.6429	-0.7328	2.8911	0.106	-0.1898	-0.0691	0.0377	-0.035	0.2117	0.3208	-0.1464	-0.075	0.1639	-0.0287	0.0052	0.1176	0.015	0.1096	-6.0013	-10.5825	-6.2028
5	3.3225	0.0834	0.8127	4.3214	-1.4117	2.8374	0.0344	0.199	0.0369	0.0044	-0.2403	-0.181	-0.1381	0.1681	0.1711	0.1418	-0.0345	-0.0192	0.1446	0.02	0.1198	6.9348	-1.3257	-7.2491
6	2.7853	0.1759	0.6035	2.5124	-0.9451	2.3953	-0.0357	-0.062	0.128	0.1316	0.0085	0.0569	-0.1555	-0.1001	0.0627	0.1132	0.0017	-0.0017	0.0996	-0.0087	0.1055	-5.3893	-1.374	-7.91
7	4.6276	2.2498	1.0551	3.0932	-0.425	1.8732	-0.0501	-0.1149	0.0757	-0.0553	0.1152	0.2686	0.1233	-0.12	-0.089	0.0946	0.0183	0.0087	0.126	-0.0094	0.1209	-9.4688	-5.0587	-13.6178
8	4.1379	4.9952	-3.0206	8.3783	-5.9175	5.2783	-0.0523	0.1146	-0.0838	0.0017	0.015	-0.0151	0.1434	0.2197	0.0146	0.0929	0.0204	-0.0003	0.1056	0.0123	0.1479	1.7227	-6.6631	-10.1613

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 335 through 352 )	A	335 - 352
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 353 through 359 )	A	353 - 359
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 360 through 365 )	A	360 - 365
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 366 through 374 )	A	366 - 374
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 375 through 379 )	A	375 - 379
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 380 through 401 )	A	380 - 401
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 402 through 416 )	A	402 - 416
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 417 through 427 )	A	417 - 427

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関連情報:EMDBヘッダ

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