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- PDB-5kl4: Wilms Tumor Protein (WT1) ZnF2-4 Q369H in complex with formylated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kl4
タイトルWilms Tumor Protein (WT1) ZnF2-4 Q369H in complex with formylated DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*(5FC)P*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*(5CM)P*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
  • Wilms tumor protein
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Wilms Tumor Protein / WT1 / zinc finger / 5-formyl cytosine / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development ...posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development / Nephron development / glomerular basement membrane development / diaphragm development / sex determination / metanephric mesenchyme development / metanephric S-shaped body morphogenesis / mesenchymal to epithelial transition / positive regulation of male gonad development / cellular response to gonadotropin stimulus / gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / podocyte differentiation / cardiac muscle cell fate commitment / double-stranded methylated DNA binding / tissue development / hemi-methylated DNA-binding / male genitalia development / glomerulus development / camera-type eye development / C2H2 zinc finger domain binding / ureteric bud development / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / germ cell development / vasculogenesis / cellular response to cAMP / epithelial cell differentiation / RNA splicing / kidney development / negative regulation of cell growth / positive regulation of miRNA transcription / male gonad development / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / negative regulation of translation / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Wilm's tumour protein, N-terminal / Wilm's tumour protein / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type ...Wilm's tumour protein, N-terminal / Wilm's tumour protein / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Wilms tumor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.783 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Denys-Drash syndrome associated WT1 glutamine 369 mutants have altered sequence-preferences and altered responses to epigenetic modifications.
著者: Hashimoto, H. / Zhang, X. / Zheng, Y. / Wilson, G.G. / Cheng, X.
履歴
登録2016年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年12月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Wilms tumor protein
B: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*(5FC)P*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*(5CM)P*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
D: Wilms tumor protein
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*(5FC)P*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*AP*(5CM)P*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,70817
ポリマ－36,0896
非ポリマー62011
水3,153175
1
A: Wilms tumor protein
B: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*(5FC)P*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*(5CM)P*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3438
ポリマ－18,0443
非ポリマー2985
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8560 Å2
2
D: Wilms tumor protein
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*(5FC)P*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*AP*(5CM)P*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3669
ポリマ－18,0443
非ポリマー3216
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8040 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)35.766, 43.853, 54.808
Angle α, β, γ (deg.)81.95, 88.57, 88.51
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Wilms tumor protein / WT33


分子量: 11292.900 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 333-420 / 変異: Q369H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WT1 / Variant: -KTS / プラスミド: pXC1305 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL codon plus / 参照: UniProt: P19544

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*(5FC)P*GP*T)-3')


分子量: 3458.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*(5CM)P*GP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3293.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 186分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.82 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月20日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.783→30 Å / Num. obs: 29040 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.783→1.85 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 69.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2257: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R2R

4r2r


解像度: 1.783→29.558 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2462 1453 5.01 %Random
Rwork0.2165 ---
obs0.218 28982 92.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.783→29.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1510 896 17 175 2598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3673683
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.4731430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.783-1.84680.30021010.28061937X-RAY DIFFRACTION65
1.8468-1.92070.31631350.27132518X-RAY DIFFRACTION85
1.9207-2.00810.32141420.2572818X-RAY DIFFRACTION94
2.0081-2.11390.30181550.23442897X-RAY DIFFRACTION97
2.1139-2.24630.25951460.22232903X-RAY DIFFRACTION97
2.2463-2.41970.27441540.2192907X-RAY DIFFRACTION97
2.4197-2.66310.25971530.21852902X-RAY DIFFRACTION98
2.6631-3.04810.26911530.22562926X-RAY DIFFRACTION98
3.0481-3.83890.23591550.20742866X-RAY DIFFRACTION96
3.8389-29.56180.19791590.19542855X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.87480.5386-0.92216.6561-0.39567.1642-0.09250.4655-0.176-0.49670.0131-0.0660.43830.17470.02180.2090.031-0.01240.2356-0.01270.246293.434126.9232-145.6934
22.5307-0.91980.67294.5506-0.64523.88310.0947-0.15780.01530.2282-0.2158-0.3773-0.05790.2380.12410.1725-0.0405-0.02320.1634-0.00060.165283.4124141.1401-130.3545
37.2557-2.7168-0.47175.42-1.71082.6017-0.09730.02930.33930.16550.04450.2092-0.3625-0.89780.02490.26730.042-0.00330.27850.00120.237572.0576153.6633-145.3389
41.3767-0.74110.31111.01050.61092.9304-0.01790.41930.1530.1153-0.0991-0.12740.00190.03770.0970.2065-0.0308-0.01350.2510.04880.264483.4629139.3199-142.6845
57.9421.0106-1.23072.8858-1.61171.0914-0.54610.16740.6634-0.13240.2790.03540.04090.10810.24440.21360.00870.00180.3030.05630.237885.1447140.1404-142.2209
66.0849-0.15683.97945.59891.69628.6367-0.5952-0.13440.6914-0.3676-0.0343-0.101-1.959-0.53220.54180.48930.0565-0.02590.3601-0.07020.369969.7303131.39-104.9204
71.468-0.4656-0.6931.74851.13373.7058-0.0118-0.2158-0.08170.068-0.0110.11470.1774-0.13740.0480.1812-0.02520.00050.22390.03010.197877.921112.7927-110.6252
85.1416-0.3174-2.16718.6184-0.72286.4727-0.03920.11250.0339-0.3699-0.0942-0.66470.15510.23990.17530.18360.0203-0.00960.19440.02740.199791.3209117.2574-129.8828
92.1570.7535-0.30012.69380.31241.0098-0.10270.30460.17960.02410.01120.0914-0.0356-0.01490.07220.1973-0.0156-0.0070.2810.0230.160280.1975120.686-115.9081
108.98030.18662.12120.56810.34634.5109-0.59860.508-0.044-0.07690.26740.0113-0.23790.07140.31980.23370.0351-0.01330.25040.03090.225278.855120.3556-116.651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 348 through 378 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 379 through 411 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 412 through 437 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 11 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 11 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 351 through 366 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 367 through 411 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 412 through 436 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 1 through 11 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 1 through 11 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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