+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kkp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Human Pseudouridylate Synthase 7 | ||||||
要素 | Pseudouridylate synthase 7 | ||||||
キーワード | ISOMERASE / PUS7 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of mesoderm development / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of translation / enzyme binding ...regulation of mesoderm development / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of translation / enzyme binding / RNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å | ||||||
データ登録者 | DONG, A. / ZENG, H. / WALKER, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal Structure of Human Pseudouridylate Synthase 7 著者: ZENG, H. / DONG, A. / WALKER, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kkp.cif.gz | 211 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5kkp.ent.gz | 173.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kkp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5kkp_validation.pdf.gz | 439 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5kkp_full_validation.pdf.gz | 440.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5kkp_validation.xml.gz | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5kkp_validation.cif.gz | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/5kkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/5kkp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65249.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PUS7, KIAA1897 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus RIL 参照: UniProt: Q96PZ0, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 23% PEG 3350, 0.2 M Sodium formate, pH7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97901 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月3日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97901 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 27643 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 54.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.856 / Net I/av σ(I): 34.267 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 364318 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.26→27.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.275 / SU Rfree Blow DPI: 0.223 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.226 詳細: Due to ambiguous electron density, it is possible the region from residue 163 to 178 may be assigned to the sequence incorrectly.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 161.37 Å2 / Biso mean: 59.6 Å2 / Biso min: 28.35 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.26→27.36 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / Total num. of bins used: 14
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 32.2466 Å / Origin y: 53.2764 Å / Origin z: 17.303 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |