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- PDB-5kkp: Crystal Structure of Human Pseudouridylate Synthase 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kkp
タイトルCrystal Structure of Human Pseudouridylate Synthase 7
要素Pseudouridylate synthase 7
キーワードISOMERASE / PUS7 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mesoderm development / tRNA pseudouridine(13) synthase activity / pseudouridine synthesis / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / RNA splicing ...regulation of mesoderm development / tRNA pseudouridine(13) synthase activity / pseudouridine synthesis / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / RNA splicing / mRNA processing / negative regulation of translation / enzyme binding / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase TruD, conserved site / tRNA pseudouridine synthase D (TruD) / Uncharacterized protein family UPF0024 signature. / Pseudouridine synthase, TruD, insertion domain / TRUD domain profile. / Pseudouridine synthase, TruD / Pseudouridine synthase, TruD, catalytic domain / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pseudouridylate synthase 7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者DONG, A. / ZENG, H. / WALKER, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Human Pseudouridylate Synthase 7
著者: ZENG, H. / DONG, A. / WALKER, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2016年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudouridylate synthase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3115
ポリマ－65,2491
非ポリマー624
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.356, 73.400, 138.179
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pseudouridylate synthase 7


分子量: 65249.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PUS7, KIAA1897 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus RIL
参照: UniProt: Q96PZ0, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 23% PEG 3350, 0.2 M Sodium formate, pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97901 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 27643 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 54.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.856 / Net I/av σ(I): 34.267 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 364318
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.26-2.38.80.823195.3
2.3-2.349.90.781197.9
2.34-2.3910.90.711199.4
2.39-2.4312.20.642199.6
2.43-2.4913.10.62199.8
2.49-2.5513.40.521199.8
2.55-2.6113.60.458199.9
2.61-2.6813.80.391100
2.68-2.7613.90.311100
2.76-2.85140.2491100
2.85-2.9514.10.217199.9
2.95-3.0714.10.1681100
3.07-3.2114.20.141100
3.21-3.3814.30.1091100
3.38-3.5914.30.0931100
3.59-3.8614.40.0831100
3.86-4.2514.40.0761100
4.25-4.8714.10.0671100
4.87-6.1313.80.071100
6.13-5012.10.074199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.10.2精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
RESOLVE位相決定
WARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.26→27.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.275 / SU Rfree Blow DPI: 0.223 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.226
詳細: Due to ambiguous electron density, it is possible the region from residue 163 to 178 may be assigned to the sequence incorrectly.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 695 2.52 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.21 27570 98.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 161.37 Å2 / Biso mean: 59.6 Å2 / Biso min: 28.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.9025 Å20 Å20 Å2
2--0.4189 Å20 Å2
3---6.4835 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.26→27.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3899 0 7 82 3988
Biso mean--54.92 52.51 -
残基数----509
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1363SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes86HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes594HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4026HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion540SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4486SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4026HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5462HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.15
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.11
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 58 2.29 %
Rwork0.224 2476 -
all-2534 -
obs--88.68 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.2466 Å / Origin y: 53.2764 Å / Origin z: 17.303 Å
111213212223313233
T-0.1029 Å20.0141 Å2-0.0296 Å2--0.1281 Å20.0136 Å2---0.1637 Å2
L0.6458 °2-0.1872 °2-0.498 °2-1.1243 °20.0972 °2--1.1127 °2
S0.0413 Å °0.0934 Å °0.0366 Å °-0.0611 Å °0.0234 Å °-0.0901 Å °-0.0252 Å °0.0027 Å °-0.0647 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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