PDB-5kj4: Crystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC9-10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kj4

タイトル

Crystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC9-10

要素

Protocadherin-15

キーワード

Calcium-binding protein / hearing / mechanotransduction / adhesion

機能・相同性

機能・相同性情報

detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / inner ear receptor cell stereocilium organization / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / righting reflex / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium bundle / stereocilium / non-motile cilium assembly / auditory receptor cell stereocilium organization / adult walking behavior ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Araya-Secchi, R. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: An elastic element in the protocadherin-15 tip link of the inner ear.
著者: Araya-Secchi, R. / Neel, B.L. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2016年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kj4.cif.gz	361.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kj4.ent.gz	297.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kj4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5kj4_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kj4_full_validation.pdf.gz	447 KB	表示
XML形式データ	5kj4_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	5kj4_validation.cif.gz	41.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/5kj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/5kj4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4xhzSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h6g-1 5ndh-d 1h6g-2 6gdh-d 1yca-d 1ycb-d 1qve-d 6ley-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Protocadherin-15

B: Protocadherin-15

C: Protocadherin-15

D: Protocadherin-15

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Protocadherin-15

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Protocadherin-15

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protocadherin-15

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protocadherin-15

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	143.541, 143.541, 95.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	A	A	898 - 1125	1 - 228
2	1	GLU	GLU	B	B	898 - 1125	1 - 228
1	2	ASP	ASP	A	A	898 - 1118	1 - 221
2	2	ASP	ASP	C	C	898 - 1118	1 - 221
1	3	ASP	ASP	A	A	898 - 1118	1 - 221
2	3	ASP	ASP	D	D	898 - 1118	1 - 221
1	4	ASP	ASP	B	B	898 - 1118	1 - 221
2	4	ASP	ASP	C	C	898 - 1118	1 - 221
1	5	ASP	ASP	B	B	898 - 1118	1 - 221
2	5	ASP	ASP	D	D	898 - 1118	1 - 221
1	6	HIS	HIS	C	C	898 - 1119	1 - 222
2	6	HIS	HIS	D	D	898 - 1119	1 - 222

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Protocadherin-15 分子量: 25971.160 Da / 分子数: 4 / 断片: Cadherin 9 and 10, residues 924-1149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pcdh15 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99PJ1
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.47 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.095M HEPES (pH7.5), 0.19M CaCl2, 26.6% v/v PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: oxford cryo-jet crystal cryocoolers

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.258
1	1	-K, -H, -L	2	0.244
1	1	-h,-k,l	3	0.244
1	1	K, H, -L	4	0.254

反射

解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 31590 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 69.9 Å² / CC_1/2: 0.91 / R_merge(I) obs: 0.256 / Net I/σ(I): 6.96

反射シェル

解像度: 3.35→3.41 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0151	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XHZ

4xhz

解像度: 3.35→46.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 16.758 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1959	1367	4.3 %	RANDOM
R_work	0.15789	-	-	-
obs	0.15943	30204	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.308 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→46.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6986	0	12	25	7023

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	7140
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.078	1.971	9766
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.688	3	15576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.461	5	896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.926	24.259	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.094	15	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.113	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	8090
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.597	4.994	3596
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.597	4.993	3595
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.682	7.487	4488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.682	7.488	4489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.348	5.099	3544
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.348	5.099	3545
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.309	7.611	5279
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.015	95.919	28626
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.015	95.919	28627
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13980	0.08
1	2	B	13980	0.08
2	1	A	13698	0.07
2	2	C	13698	0.07
3	1	A	13614	0.08
3	2	D	13614	0.08
4	1	B	13906	0.06
4	2	C	13906	0.06
5	1	B	13910	0.06
5	2	D	13910	0.06
6	1	C	13852	0.06
6	2	D	13852	0.06

LS精密化シェル

解像度: 3.354→3.441 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	106	-
R_work	0.215	2257	-
obs	-	-	99.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.539	-0.4474	-0.0389	0.3995	0.0409	0.0141	-0.2668	-0.3641	-0.0806	0.3035	0.2691	-0.0275	0.0544	0.0516	-0.0023	0.6082	0.0211	-0.0976	0.4677	0.1921	0.4616	11.5155	32.4421	16.1228
2	1.0013	1.3458	-0.8388	4.4841	-1.0002	1.1629	0.0328	0.0651	-0.1962	-0.4707	0.0267	-0.3607	-0.143	-0.2187	-0.0596	0.1529	0.0402	0.0698	0.0757	0.0339	0.2332	-10.5413	15.1988	-10.4764
3	0.7548	-0.7954	-0.687	1.4226	1.9275	3.1281	-0.3127	-0.1908	0.0351	0.1505	-0.134	0.2325	-0.0836	-0.5307	0.4466	0.4798	0.0448	0.026	0.3136	-0.1623	0.4064	-10.4085	53.1381	14.6756
4	2.3418	1.7099	0.491	2.2331	1.1291	0.7334	-0.1304	0.1239	-0.2102	-0.1781	0.2362	-0.185	-0.039	0.1471	-0.1058	0.2355	-0.0319	0.0187	0.0488	0.0035	0.2239	12.7283	68.666	-11.7257
5	1.469	1.0778	-1.0431	0.8249	-0.7099	0.9012	0.0834	0.1432	0.229	0.0303	0.1536	0.0625	-0.1847	0.1413	-0.237	0.4485	-0.0287	0.0342	0.4952	0.0691	0.5196	10.3409	49.6391	-53.9602
6	3.1263	-4.0191	-1.1097	5.5302	1.6441	1.6875	-0.0826	-0.0893	-0.0038	0.2183	0.2112	-0.0556	0.0117	0.01	-0.1286	0.1456	0.0241	-0.0201	0.0427	-0.0392	0.1436	-9.5246	66.1447	-26.4288
7	1.4788	0.7092	1.7832	0.5937	1.203	3.0382	-0.0716	0.0599	0.0041	0.0025	-0.1686	0.2854	0.3171	-0.4179	0.2402	0.5305	-0.0743	-0.0311	0.3701	-0.0971	0.3882	-10.572	29.6403	-51.7138
8	3.7828	-3.2248	0.2302	4.0774	-0.1349	0.9264	0.0426	-0.0658	0.0102	0.1222	0.1603	0.0313	-0.0626	0.108	-0.2029	0.1117	0.002	-0.0501	0.0262	-0.0012	0.193	12.1491	15.824	-25.3439

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	898 - 1006
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2001
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1007 - 1125
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	2002 - 2003
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	898 - 1006
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2001
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1007 - 1125
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2002 - 2003
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	898 - 1006
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2001
11	X-RAY DIFFRACTION	6	C	1007 - 1119
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	2002 - 2003
13	X-RAY DIFFRACTION	7	D	898 - 1006
14	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2001
15	X-RAY DIFFRACTION	8	D	1007 - 1119
16	X-RAY DIFFRACTION	8	D	2002 - 2003

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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