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- PDB-5khk: HCN2 CNBD in complex with 2-aminopurine riboside-3', 5'-cyclic mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5khk
タイトルHCN2 CNBD in complex with 2-aminopurine riboside-3', 5'-cyclic monophosphate (2-NH2-cPuMP)
要素Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / protein-ligand complex / cycilc nucleotide binding domain / ion transport
機能・相同性
機能・相同性情報


HCN channels / HCN channel complex / ammonium transmembrane transport / cellular response to cGMP / regulation of membrane depolarization / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / sodium ion import across plasma membrane / voltage-gated sodium channel activity / voltage-gated potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane ...HCN channels / HCN channel complex / ammonium transmembrane transport / cellular response to cGMP / regulation of membrane depolarization / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / sodium ion import across plasma membrane / voltage-gated sodium channel activity / voltage-gated potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / cAMP binding / cellular response to cAMP / potassium ion transmembrane transport / somatodendritic compartment / dendrite membrane / regulation of membrane potential / dendritic shaft / PDZ domain binding / molecular adaptor activity / axon / neuronal cell body / dendrite / protein-containing complex binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / : / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Helix hairpin bin / : / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-Aminopurine riboside-3',5'-cyclic monophosphate / Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Ng, L.C.T. / Putrenko, I. / Baronas, V. / Van Petegem, F. / Accili, E.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Cyclic Purine and Pyrimidine Nucleotides Bind to the HCN2 Ion Channel and Variably Promote C-Terminal Domain Interactions and Opening.
著者: Ng, L.C. / Putrenko, I. / Baronas, V. / Van Petegem, F. / Accili, E.A.
履歴
登録2016年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2132
ポリマ－23,8831
非ポリマー3291
水93752
1
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8508
ポリマ－95,5334
非ポリマー1,3174
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area8580 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area37030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.429, 96.429, 46.423
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-812-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2 / Brain cyclic nucleotide-gated channel 2 / BCNG-2 / Hyperpolarization-activated cation channel 1 / HAC-1


分子量: 23883.330 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 443-643 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hcn2, Bcng2, Hac1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O88703
#2: 化合物 ChemComp-6SZ / 2-Aminopurine riboside-3',5'-cyclic monophosphate / 2-NH2-cPuMP / 2-アミノプリンリボシド3′,5′-りん酸


分子量: 329.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 200 mM NaCl, 0.1 mM sodium citrate pH 4.6, 12% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月22日 / 詳細: 1000 um thick sensor
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→38.4 Å / Num. obs: 13521 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.86 % / Biso Wilson estimate: 49.461 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 26.99
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.08-2.210.7674.08194.4
2.21-2.360.57.82199.8
2.36-2.550.29913.211100
2.55-2.790.17120.871100
2.79-3.120.09232.31100
3.12-3.60.05446.191100
3.6-4.40.04256.291100
4.4-6.20.03759.71100
6.2-48.1740.04458.27199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q5O

1q5o


解像度: 2.07→38.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.397 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: molecular replacement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2614 692 5 %RANDOM
Rwork0.2161 ---
obs0.2183 13132 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.2 Å2 / Biso mean: 47.952 Å2 / Biso min: 27.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.07→38.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1612 0 22 52 1686
Biso mean--50.48 46.79 -
残基数----201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191702
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7361.9782306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.833628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7695210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.14923.17685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.48215293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5781515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02424
LS精密化 シェル解像度: 2.068→2.121 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 46 -
Rwork0.322 912 -
all-958 -
obs--94.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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