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- PDB-5khd: Structure of 1.75 A BldD C-domain-c-di-GMP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5khd
タイトルStructure of 1.75 A BldD C-domain-c-di-GMP complex
要素DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / BldD / streptomyces / C-di-GMP
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #1930 / BldD, C-terminal / BldD-like, C-terminal domain superfamily / DNA-binding protein BldD-like, C-terminal domain / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #1930 / BldD, C-terminal / BldD-like, C-terminal domain superfamily / DNA-binding protein BldD-like, C-terminal domain / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7501 Å
データ登録者Schumacher, M.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Tetrameric c-di-GMP mediates effective transcription factor dimerization to control Streptomyces development.
著者: Tschowri, N. / Schumacher, M.A. / Schlimpert, S. / Chinnam, N.B. / Findlay, K.C. / Brennan, R.G. / Buttner, M.J.
履歴
登録2016年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: DNA-binding protein
A: DNA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0766
ポリマ－20,3152
非ポリマー2,7624
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area8000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.160, 95.580, 99.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11R-355-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein


分子量: 10157.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
遺伝子: SVEN_1089 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RCL8
#2: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Potassium/sodium phosphate, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→27.977 Å / Num. obs: 17238 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 10

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7501→27.977 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185 1724 10 %
Rwork0.183 --
obs0.1832 17238 96.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / Bsol: 59.56 Å2 / ksol: 0.462 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 91.46 Å2 / Biso mean: 33.92 Å2 / Biso min: 15.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.497 Å20 Å2-0 Å2
2--1.2979 Å20 Å2
3----9.7949 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7501→27.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1137 0 207 127 1471
Biso mean--24.35 42.69 -
残基数----145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0361362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d3.1381895
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.635225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d48.479684
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7501-1.81270.27111420.2531275141781
1.8127-1.88520.23191720.2391546171898
1.8852-1.9710.23981710.20951547171898
1.971-2.07490.20281730.20761554172798
2.0749-2.20480.20921730.1871557173098
2.2048-2.3750.18021770.17731581175899
2.375-2.61380.19221750.17541580175599
2.6138-2.99170.17981790.189216181797100
2.9917-3.76780.16771790.158516091788100
3.7678-27.98030.17211830.18391647183096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23280.06420.09230.1544-0.03020.1129-0.0390.06610.0226-0.04610.1175-0.00810.2106-0.0488-00.1413-0.03940.0080.1913-0.01390.1871-21.7594-20.4805-2.7526
20.1142-0.10170.04770.0016-0.0111-0.0066-0.07470.0617-0.1094-0.21710.0233-0.07510.1567-0.1119-00.1534-0.0010.030.1837-0.0230.2179-16.2955-15.85475.4338
30.02780.02970.01610.044-0.05690.0616-0.0255-0.0630.3113-0.28950.0751-0.2662-0.11410.098100.159-0.0381-0.00510.2158-0.00320.198-24.0335-8.699-7.1484
40.13170.06740.00640.0852-0.0377-0.01280.0649-0.10570.04080.04470.04520.23340.0288-0.012-00.2081-0.04780.02010.2356-0.01080.2764-31.743-16.1615-4.5072
50.26710.0972-0.03590.04810.03040.0198-0.0483-0.07860.03820.6061-0.094-0.1373-0.13940.1913-00.4586-0.0613-0.0840.23010.00420.2304-7.97033.236922.4312
60.055-0.06480.03130.0372-0.02920.09040.06920.076-0.10290.54890.005-0.0218-0.03870.2769-00.3366-0.0318-0.01220.2023-0.01780.1463-19.15140.304518.774
70.1398-0.1606-0.05090.11730.05930.05620.12940.04880.02730.0479-0.2043-0.07650.07040.1145-00.1898-0.0037-0.02970.20950.00330.1879-12.33375.195112.2012
80.11720.0005-0.05760.0159-0.020.02250.46730.371-0.21460.4062-0.3588-0.34480.3068-0.149-00.2899-0.1264-0.13190.34950.03990.3486-2.83586.423515.8554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 84:110)A84 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 111:125)A111 - 125
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 126:137)A126 - 137
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 138:155)A138 - 155
5X-RAY DIFFRACTION5(chain R and resid 83:99)R83 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6(chain R and resid 100:118)R100 - 118
7X-RAY DIFFRACTION7(chain R and resid 119:138)R119 - 138
8X-RAY DIFFRACTION8(chain R and resid 139:155)R139 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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